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- PDB-5vvw: Structure of MurC from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vvw
タイトルStructure of MurC from Pseudomonas aeruginosa
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / MurC / Pseudomonas aeruginosa / SSGCID / Beryllium / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily ...UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of MurC from Pseudomonas aeruginosa
著者: Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2017年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,19815
ポリマ－270,7648
非ポリマー4347
水15,799877
1
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,6929
ポリマ－135,3824
非ポリマー3105
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5066
ポリマ－135,3824
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)284.820, 109.400, 108.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 33845.449 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 16-322 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murC, PA4411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus A2: 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dihydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.812 Å / Num. obs: 136319 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2744: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HV4

4hv4


解像度: 2.3→29.812 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 2006 1.47 %
Rwork0.1888 --
obs0.189 136319 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17923 0 28 877 18828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91625186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3466553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.32411450.28139555X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.42120.25931450.25769557X-RAY DIFFRACTION100
2.4212-2.49240.31091400.24479582X-RAY DIFFRACTION100
2.4924-2.57280.24711360.23779522X-RAY DIFFRACTION100
2.5728-2.66470.2381420.22479610X-RAY DIFFRACTION100
2.6647-2.77130.27281490.21699569X-RAY DIFFRACTION100
2.7713-2.89740.23651440.20559577X-RAY DIFFRACTION100
2.8974-3.050.22591430.20369619X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.24090.25741440.2049614X-RAY DIFFRACTION100
3.2409-3.49070.2021420.19099575X-RAY DIFFRACTION100
3.4907-3.84140.18781430.17689608X-RAY DIFFRACTION100
3.8414-4.39570.1731450.15099641X-RAY DIFFRACTION100
4.3957-5.53230.14751450.14799695X-RAY DIFFRACTION100
5.5323-29.81460.14661430.16799589X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 50.9837 Å / Origin y: -3.0553 Å / Origin z: -37.703 Å
111213212223313233
T0.2044 Å2-0.0178 Å2-0.0041 Å2-0.2452 Å20.015 Å2--0.217 Å2
L0.2001 °2-0.0725 °2-0.0065 °2-0.2441 °20.0493 °2--0.1871 °2
S0.0266 Å °0.0304 Å °-0.0118 Å °-0.0105 Å °-0.0119 Å °-0.0498 Å °0.0143 Å °0.0286 Å °-0.0155 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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