PDB-5vv8: Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vv8

タイトル

Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 4-(2-(((2-Aminoquinolin-7-yl)methyl)amino)ethyl)-2-methylbenzonitrile

要素

Nitric oxide synthase, endothelial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / nitric oxide synthase / inhibitor complex / heme enzyme / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / L-arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of blood pressure / response to hormone / nitric oxide biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Li, H. / Poulos, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Hydrophilic, Potent, and Selective 7-Substituted 2-Aminoquinolines as Improved Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors.
著者: Pensa, A.V. / Cinelli, M.A. / Li, H. / Chreifi, G. / Mukherjee, P. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2017年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vv8.cif.gz	356.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vv8.ent.gz	286.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vv8_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vv8_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5vv8_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	5vv8_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vuiC 5vujC 5vukC 5vulC 5vumC 5vunC 5vuoC 5vupC 5vuqC 5vurC 5vusC 5vutC 5vuuC 5vuvC 5vuwC 5vuxC 5vuyC 5vuzC 5vv0C 5vv1C 5vv2C 5vv3C 5vv4C 5vv5C 5vv6C 5vv7C 5vv9C 5vvaC 5vvbC 5vvcC 5vvdC 5vvgC 5vvnC 1nseS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ed6-d 3n6f-d 5vvn-d 4k5i-d 4cty-d 1d1w-d 1ed5-d 1m9q-d 1rs9-d 4nse-d 4d3a-d 4cu1-d 3n60-d 5fvz-d 6ngv-d 4v3w-d 5ad5-d 4cvg-d 3n5s-d 3q9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (22) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitric oxide synthase, endothelial

B: Nitric oxide synthase, endothelial

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.800, 106.380, 156.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nitric oxide synthase, endothelial / endothelial nitric oxide synthase / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS ...endothelial nitric oxide synthase / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS type III / NOSIII 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

#1: タンパク質

Nitric oxide synthase, endothelial / endothelial nitric oxide synthase / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS ...

分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 8種, 445分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN 分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₅O₃
#4: 化合物	ChemComp-9P7 / 4-(2-{[(2-aminoquinolin-7-yl)methyl]amino}ethyl)-2-methylbenzonitrile 分子量: 316.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₄
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE 分子量: 137.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇AsO₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 % / 解説: cube
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20-24% PEG3350, 0.1 M cacodylate, 140-200 mM magnesium acetate, 5 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→55 Å / Num. obs: 53350 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.066 / R_sym value: 0.139 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 1.699 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4320 / CC_1/2: 0.491 / R_pim(I) all: 0.815 / R_sym value: 1.699 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
iMOSFLM	7.1.3	データ削減
Aimless	0.5.8	データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1NSE

1nse

解像度: 2.15→53.19 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 22.57

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	5061	5 %	random
R_work	0.1629	-	-	-
obs	0.1652	53273	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→53.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6523	0	200	431	7154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.168	9469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.172	2502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	983
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.1744	0.3266	171	0.319	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1744-2.2	0.3152	168	0.2999	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.2268	0.3616	169	0.2948	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2268-2.255	0.3518	171	0.2807	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.255-2.2847	0.3349	152	0.2838	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2847-2.316	0.3586	159	0.2747	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.316-2.3491	0.2824	168	0.2551	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3491-2.3842	0.2821	171	0.2388	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3842-2.4214	0.2926	171	0.2357	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4214-2.4611	0.3141	178	0.2291	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4611-2.5035	0.2434	189	0.2146	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5035-2.5491	0.2525	182	0.2064	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5491-2.5981	0.2462	192	0.1884	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5981-2.6511	0.2264	159	0.1842	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6511-2.7088	0.2356	167	0.1812	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7088-2.7718	0.2488	165	0.1795	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.8411	0.2084	130	0.1736	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8411-2.9179	0.1934	160	0.172	3237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9179-3.0038	0.2409	179	0.1594	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0038-3.1007	0.195	184	0.1569	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1007-3.2115	0.2267	153	0.1601	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2115-3.3401	0.2248	160	0.1519	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3401-3.4921	0.1613	174	0.1391	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4921-3.6761	0.1839	175	0.1318	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6761-3.9064	0.1644	176	0.1285	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9064-4.2079	0.1689	158	0.1221	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2079-4.6311	0.145	177	0.1147	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6311-5.3007	0.2039	138	0.1211	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3007-6.6763	0.1699	173	0.1459	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6763-53.2063	0.1747	192	0.1486	3182	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0273	-0.4615	-0.6704	1.1497	0.2743	1.6248	0.0249	-0.008	0.0236	-0.131	0.0623	-0.1585	-0.0471	0.0957	-0.0696	0.2702	-0.0382	0.0081	0.2186	-0.0169	0.2601	11.7033	10.2127	31.9805
2	0.6386	-0.3	0.4437	1.227	-1.0152	2.8303	0.0575	-0.0846	-0.0701	0.0398	0.0481	0.0035	0.0205	-0.108	-0.0891	0.2206	-0.0102	-0.0006	0.2546	-0.0009	0.254	2.5296	5.6972	67.613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 67:482)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 69:482)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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