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万見
- PDB-5vte: Hetero antiparallel coiled coil hexamer formed by de novo peptides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vte
タイトルHetero antiparallel coiled coil hexamer formed by de novo peptides
要素
  • de novo peptide 1
  • de novo peptide 2
キーワードDE NOVO PROTEIN / antiparallel / hexamer / de novo / phe-ile zipper
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.023 Å
データ登録者Spencer, R.K. / Hochbaum, A.I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Phe-Ile Zipper: A Specific Interaction Motif Drives Antiparallel Coiled-Coil Hexamer Formation.
著者: Spencer, R.K. / Hochbaum, A.I.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02022年12月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo peptide 1
B: de novo peptide 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8782
ポリマ－6,8782
非ポリマー00
水81145
1
A: de novo peptide 1
B: de novo peptide 2

A: de novo peptide 1
B: de novo peptide 2

A: de novo peptide 1
B: de novo peptide 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6336
ポリマ－20,6336
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area12130 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.970, 48.970, 141.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

HOH

21A-108-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド de novo peptide 1


分子量: 3438.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド de novo peptide 2


分子量: 3438.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 / 詳細: 0.1 M sodium formate, pH 6.75, PEG 3350 24%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.023→47.274 Å / Num. obs: 8400 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.04451 / Net I/σ(I): 10.63
反射 シェル解像度: 2.023→2.096 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09103 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique obs: 342 / CC1/2: 0.977 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
iMOSFLMdata processing
Aimlessデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.023→47.274 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 769 10.03 %
Rwork0.2074 --
obs0.2103 7666 92.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.023→47.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数474 0 0 45 519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.816287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0233-2.17950.25341470.2181315X-RAY DIFFRACTION87
2.1795-2.39880.28431460.25621321X-RAY DIFFRACTION88
2.3988-2.74590.28131630.21321417X-RAY DIFFRACTION95
2.7459-3.45930.21681610.20541452X-RAY DIFFRACTION100
3.4593-47.28660.20661520.18531392X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.6263 Å / Origin y: 6.4853 Å / Origin z: 12.2695 Å
111213212223313233
T0.1715 Å20.0167 Å2-0.0114 Å2-0.1654 Å20.0116 Å2--0.3072 Å2
L1.9895 °20.1489 °2-0.0958 °2-1.8504 °20.3781 °2--3.3028 °2
S-0.0015 Å °-0.2771 Å °-0.1044 Å °0.0874 Å °-0.0664 Å °-0.0295 Å °0.3547 Å °0.2566 Å °-0.0812 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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