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- PDB-5vrv: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of C-terminal Domain (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vrv
タイトル2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of C-terminal Domain (DUF2156) of Putative Lysylphosphatidylglycerol Synthetase from Agrobacterium fabrum.
要素Protein regulated by acid pH
キーワードHYDROLASE / OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / DUF2156
機能・相同性phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / : / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / phospholipid homeostasis / Acyl-CoA N-acyltransferase / plasma membrane / Protein regulated by acid pH
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of C-terminal Domain (DUF2156) of Putative Lysylphosphatidylglycerol Synthetase from Agrobacterium fabrum.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein regulated by acid pH
B: Protein regulated by acid pH
C: Protein regulated by acid pH
D: Protein regulated by acid pH
E: Protein regulated by acid pH
F: Protein regulated by acid pH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,29911
ポリマ－222,8356
非ポリマー4645
水12,052669
1
A: Protein regulated by acid pH
B: Protein regulated by acid pH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4624
ポリマ－74,2782
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area26200 Å2
手法PISA
2
C: Protein regulated by acid pH
D: Protein regulated by acid pH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4624
ポリマ－74,2782
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
3
E: Protein regulated by acid pH
F: Protein regulated by acid pH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3743
ポリマ－74,2782
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.403, 194.403, 50.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Protein regulated by acid pH


分子量: 37139.137 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 540-866 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: lpiA, Atu2521 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Gold / 参照: UniProt: A9CHP8
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 70.0 mg/ml, 0.01M HEPES (pH 7.5), Screen: 0.2M Potassium citrate, 0.3M 3-(1-Pyridinio)-1-propanesulfonate, 20% (w/v) P3350 20%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 133171 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.039 / Rsym value: 0.084 / Χ2: 1.138 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6765 / CC1/2: 0.694 / Rpim(I) all: 0.38 / Rsym value: 0.775 / Χ2: 1.002 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 10.737 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22818 6697 5 %RANDOM
Rwork0.18964 ---
obs0.19161 126438 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.957 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20.27 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14802 0 29 669 15500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01915252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.96320572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.881332566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.28851907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.23423.32744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.424152336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.14515130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.0217302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.023416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4993.0247634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4983.0247633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3244.5219539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3244.5219540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0163.3197618
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0153.3197618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1574.86711034
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.9136.66816974
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.85836.52216876
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 450 -
Rwork0.269 9391 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15480.20940.47011.6404-0.89062.47760.0537-0.26490.00110.2248-0.04670.1107-0.21990.1631-0.0070.0648-0.03960.01140.1024-0.00420.011918.963428.429226.3444
21.12750.08330.06250.8253-0.14911.0602-0.04140.0959-0.1206-0.0830.0568-0.02030.05360.2595-0.01550.0665-0.0437-0.00680.1293-0.01680.028926.429528.55116.6095
32.31710.2392-0.27030.3903-0.09271.0579-0.00670.1904-0.0001-0.0150.07010.0162-0.19160.1036-0.06340.0913-0.0673-0.01490.11430.00530.018320.900836.39784.7966
42.2082-0.6753-0.8970.30260.70242.55860.05530.0807-0.0286-0.05940.01730.0035-0.09170.0454-0.07260.0812-0.0543-0.0150.06680.010.100714.436424.27479.2494
50.95890.02640.73182.13960.39862.0465-0.07090.1796-0.092-0.17150.0631-0.1186-0.1934-0.06680.00780.1183-0.01010.00690.1234-0.01490.0293-12.859930.8962-3.9458
61.2088-0.8912-0.45973.01642.73183.3358-0.06950.0602-0.19490.0941-0.07350.21130.1101-0.36770.1430.0456-0.01220.03060.14740.00760.0703-23.880326.235513.7006
71.48860.0878-0.23911.09210.18551.0555-0.0483-0.07770.01890.01580.02490.0098-0.2946-0.14860.02340.15360.0736-0.0230.0658-0.00470.0058-15.202441.933818.3603
82.68120.4753-0.66290.2092-0.35121.69030.0097-0.1564-0.11190.0701-0.01410.0473-0.1611-0.04290.00430.07440.02030.00620.0394-0.00860.0739-10.555126.125312.9612
92.54190.16630.24611.665-0.6092.4623-0.05080.2258-0.0193-0.24140.05110.06560.040.1041-0.00040.0659-0.0441-0.00540.1169-0.01480.005934.3385114.29823.9159
101.06090.2310.59220.8529-0.06741.2992-0.0356-0.03430.1734-0.0296-0.01820.1016-0.3222-0.00660.05380.1169-0.040.01710.1323-0.0350.085837.0211121.677623.751
111.04320.37840.2941.57820.22361.23290.01910.0576-0.01210.01580.0206-0.03170.01880.1565-0.03970.0182-0.03070.0020.1422-0.00220.003243.07111.847925.3481
120.6520.67480.08272.25190.7622.09680.0218-0.06530.08250.17890.02330.00880.0292-0.0146-0.04510.0195-0.0026-0.01590.12930.01990.088428.4063112.92321.0438
132.3542-0.0595-0.6632.3191-0.08282.22350.0712-0.25640.05180.2438-0.0545-0.0580.20490.2525-0.01670.1211-0.0232-0.01460.11750.01010.005720.62684.64334.8446
140.63690.2792-0.46511.14910.05171.62840.0384-0.0023-0.0502-0.0901-0.02890.02250.26970.064-0.00950.1180.0367-0.02740.0591-0.00850.009723.000479.936914.848
151.6180.09940.17962.4129-0.22561.7609-0.01780.0902-0.0773-0.10990.021-0.03070.33670.2031-0.00320.15850.00810.0240.0828-0.03210.018824.485378.941212.5988
161.86870.78610.35471.83760.12831.55030.01250.15890.07760.00320.00640.15270.12110.0207-0.0190.0299-0.01190.01030.0349-0.00010.023616.667590.296719.4608
172.2655-0.159-1.47373.2075-0.11475.705-0.09130.2625-0.008-0.11670.00940.02450.52960.01030.08190.123-0.0028-0.0060.04650.00150.004883.068215.493410.9354
182.5154-0.5793-1.70372.55460.97172.33210.06640.24640.1411-0.3138-0.06320.06370.0817-0.0468-0.00320.07760.02080.00310.10690.03580.019387.98527.52097.2717
191.0506-0.1591-0.08341.08370.01560.8223-0.0548-0.0421-0.03180.18980.0469-0.05630.36490.15180.00790.20220.0624-0.00590.06660.01480.016284.868917.698529.4421
201.4220.3819-0.24251.2933-0.25371.30440.0306-0.02080.1802-0.0341-0.0393-0.06910.20920.12690.00870.04780.00170.00030.06290.00360.068187.39929.614823.4486
211.0460.32580.30361.42710.43911.98780.0636-0.12640.04970.2668-0.0692-0.1028-0.0295-0.12060.00560.0732-0.0458-0.01620.1059-0.01080.021465.326750.583335.1402
222.03521.3998-1.56445.8428-3.20586.0564-0.01450.18020.2987-0.18390.26410.206-0.2901-0.4499-0.24960.052-0.0201-0.00210.20220.00070.125846.479548.31178.6809
231.9237-0.01170.62611.14110.03710.93610.02790.01740.0744-0.0114-0.0352-0.04870.0166-0.14720.00740.0171-0.04370.00270.1499-0.00460.026757.253442.749217.3749
240.8003-1.0952-0.13032.0051-0.52071.74730.07690.06650.0984-0.0993-0.0132-0.02790.0149-0.0052-0.06370.0719-0.0578-0.00940.13920.00590.186270.106247.995722.1676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A537 - 612
2X-RAY DIFFRACTION2A613 - 686
3X-RAY DIFFRACTION3A687 - 810
4X-RAY DIFFRACTION4A811 - 865
5X-RAY DIFFRACTION5B537 - 621
6X-RAY DIFFRACTION6B622 - 662
7X-RAY DIFFRACTION7B663 - 810
8X-RAY DIFFRACTION8B811 - 863
9X-RAY DIFFRACTION9C537 - 612
10X-RAY DIFFRACTION10C613 - 682
11X-RAY DIFFRACTION11C683 - 812
12X-RAY DIFFRACTION12C813 - 864
13X-RAY DIFFRACTION13D537 - 612
14X-RAY DIFFRACTION14D614 - 714
15X-RAY DIFFRACTION15D715 - 822
16X-RAY DIFFRACTION16D823 - 863
17X-RAY DIFFRACTION17E537 - 562
18X-RAY DIFFRACTION18E563 - 611
19X-RAY DIFFRACTION19E612 - 822
20X-RAY DIFFRACTION20E823 - 865
21X-RAY DIFFRACTION21F537 - 653
22X-RAY DIFFRACTION22F654 - 685
23X-RAY DIFFRACTION23F686 - 812
24X-RAY DIFFRACTION24F813 - 864

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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