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- PDB-5vrq: Crystal structure of Legionella pneumophila effector AnkC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vrq
タイトルCrystal structure of Legionella pneumophila effector AnkC
要素Ankyrin repeat-containing protein
キーワードPROTEIN BINDING / bacterial effector / ankyrin repeats / Legionella / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ankyrin repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.205 Å
データ登録者Kozlov, G. / Wong, K. / Wang, W. / Skubak, P. / Munoz-Escobar, J. / Liu, Y. / Pannu, N.S. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)GSP-48370 カナダ
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Ankyrin repeats as a dimerization module.
著者: Kozlov, G. / Wong, K. / Wang, W. / Skubak, P. / Munoz-Escobar, J. / Liu, Y. / Siddiqui, N. / Pannu, N.S. / Gehring, K.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7431
ポリマ－45,7431
非ポリマー00
水724
1
A: Ankyrin repeat-containing protein

A: Ankyrin repeat-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4862
ポリマ－91,4862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.705, 78.705, 156.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat-containing protein


分子量: 45743.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: legA12, lpg0483 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZY89
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.25 M magnesium formate, 5 mM EDTA, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6307 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6307 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.205→50 Å / Num. obs: 8451 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 18.7 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 51.9
反射 シェル解像度: 3.205→3.318 Å / 冗長度: 19.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique obs: 832 / Rsym value: 0.558 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.205→13.689 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2804 456 5.4 %
Rwork0.2225 --
obs0.2257 8451 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.205→13.689 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 0 4 2350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5133240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1041433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003412
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2048-3.66070.35251630.25052573X-RAY DIFFRACTION100
3.6607-4.58320.24651360.21322654X-RAY DIFFRACTION100
4.5832-13.68930.2741570.2192768X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64680.5491-0.01581.0113-0.17290.0559-0.1691-0.4488-0.29011.424-0.25010.94031.240.4557-1.10721.210.02690.51871.19740.24520.9531-50.732333.286324.0601
21.10430.28850.09190.2165-0.04480.0265-0.0678-0.25280.3390.6563-0.23990.2689-0.088-0.9722-0.08850.76270.04290.06970.76180.1040.4586-40.487935.419119.1724
30.75810.79960.2030.84120.24510.0625-0.2843-0.17250.5230.33930.03030.88660.32360.1051-0.27360.85560.15460.40630.70590.21550.8837-44.477827.179314.0024
42.0140.13590.51651.5923-0.71410.971-0.32340.21640.2443-0.2649-0.0506-0.30490.2760.4502-3.78990.75480.2410.43590.47650.36330.6875-35.333114.88855.6216
52.5326-1.41661.21322.459-1.66151.1889-0.5833-1.35430.07070.49470.0816-0.35940.5310.2845-0.36480.7375-0.00190.23340.49160.06630.5547-37.331625.01672.2455
60.84120.2253-0.41085.3655-0.77770.246-0.44010.2145-0.0107-1.13930.27120.17910.6535-0.17920.03090.5977-0.02450.19650.3309-0.0580.5404-30.491127.9806-9.7492
72.71941.21160.42780.69650.68211.76380.36480.0084-0.43420.05250.2589-0.9692-0.42640.71110.02671.0441-0.02580.25020.3808-0.0680.6677-21.689121.9416-14.6694
83.4201-0.398-1.86160.3989-0.19431.46570.1333-0.69290.074-0.27090.2282-0.66-0.49440.69930.24831.0435-0.06710.40130.5537-0.12130.9403-14.41127.4877-19.9854
94.09053.0678-2.55495.4338-2.271.69710.05470.54140.5546-0.56340.56740.203-0.1359-0.0680.34430.84230.0590.49660.4205-0.07950.699-8.015319.7742-22.2038
102.7819-0.3070.25172.7928-0.8054.65280.94120.43820.0942-0.1105-0.02110.0715-0.7917-0.41413.35760.77240.05020.35110.124-0.12380.6378-8.231310.7447-27.5554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 131 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 132 through 176 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 177 through 228 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 229 through 252 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 253 through 299 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 300 through 331 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 332 through 366 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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