PDB-5vr5: Peptide 38142 modified from fragment 41-60 of Plasmodium falcipar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vr5

タイトル

Peptide 38142 modified from fragment 41-60 of Plasmodium falciparum Thrombospondin-Related Sporozoite Protein (TRSP)

要素

Thrombospondin-Related Sporozoite Protein (TRSP)

キーワード

CELL INVASION / Modified peptide / Chemically synthesized / TRSP / Alpha helix residues 7-10

機能・相同性

CCN, TSP1 domain / CCN3 Nov like TSP1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / signal transduction / plasma membrane / Thrombospondin-related sporozoite protein

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Bermudez, A. / Patarroyo, M.E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Peptide 38142 modified from fragment 41-60 of Plasmodium falciparum Thrombospondin-Related Sporozoite Protein (TRSP)
著者: Bermudez, A. / Patarroyo, M.E.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vr5.cif.gz	67.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vr5.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/5vr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/5vr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2b5k-d 2mu9-d 6gq5-d 2rmw-d 2mlq-d 1alf-d 2a1c-d 1k9g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30292Peptide 38142 modified from fragment 41-60 of Plasmodium falciparum Thrombospondin-Related Sporozoite Protein (TRSP)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thrombospondin-Related Sporozoite Protein (TRSP)

2.43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	Thrombospondin-Related Sporozoite Protein (TRSP) / Peptide 38142 分子量: 2434.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I2A0*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	anisotropic	1	2D DQF-COSY; 2D 1H-1H TOCSY; 2D 1H-1H NOESY
2	2	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
3	3	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
4	4	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

NMR実験の詳細

Text: NULL

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 16.6 mg/mL 38142, trifluoroethanol/water
詳細: Peptide 38142 modified from fragment 41-60 of Plasmodium falciparum Thrombospondin-Related Sporozoite Protein (TRSP)
Label: 38142 / 溶媒系: trifluoroethanol/water

試料

濃度: 16.6 mg/mL / 構成要素: 38142 / Isotopic labeling: natural abundance

試料状態

イオン強度: NULL Not defined / pH: 3.7 / PH err: 0.1 / 圧: AMBIENT atm / Temperature err: 0.1

Conditions-ID	詳細	Label	温度 (K)
1	TEMPERATURE AMBIENT	38142 (295)	295 K
2	TEMPERATURE 285 K	38142 (285)	285 K
3	TEMPERATURE 305 K	38142 (305)	305 K
4	TEMPERATURE 315 K	38142 (315)	315 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: Insight II / 分類: 精密化
精密化	手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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