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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vr0 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus | ||||||||||||
![]() | Xylose isomerase | ||||||||||||
![]() | ISOMERASE / Oxidoreductase / ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) / radiation damage | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Borek, D. / Otwinowski, Z. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Real-space analysis of radiation-induced specific changes with independent component analysis. 著者: Borek, D. / Bromberg, R. / Hattne, J. / Otwinowski, Z. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xibS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: xylA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 507分子 ![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M CaCl2, 16-22% MPD (v/v) and 0.1 M Tris-HCl pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K Ambient temp details: The deposited F_AVE were obtained by averaging data sets acquired at 15, 40, 80, 100, 130 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→50.01 Å / Num. obs: 49609 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 43.1 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 125 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XIB 解像度: 1.7→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.957 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.813 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→38.9 Å
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拘束条件 |
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