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万見
- PDB-5vqj: Discovery of a first GH11 exo-1,4-beta-xylanase from a diverse mi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vqj
タイトルDiscovery of a first GH11 exo-1,4-beta-xylanase from a diverse microbial sugar cane bagasse composting community
要素exo-beta-1,4-xylanase
キーワードHYDROLASE / beta-jelly roll
機能・相同性Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Mello, B.L. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/21608-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2010/52362-5 ブラジル
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2017
タイトル: Targeted metatranscriptomics of compost-derived consortia reveals a GH11 exerting an unusual exo-1,4-beta-xylanase activity.
著者: Mello, B.L. / Alessi, A.M. / Riano-Pachon, D.M. / deAzevedo, E.R. / Guimaraes, F.E.G. / Espirito Santo, M.C. / McQueen-Mason, S. / Bruce, N.C. / Polikarpov, I.
履歴
登録2017年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exo-beta-1,4-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5371
ポリマ－24,5371
非ポリマー00
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.326, 64.326, 105.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 exo-beta-1,4-xylanase


分子量: 24537.000 Da / 分子数: 1 / 断片: glycoside hydrolase family 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pETTRXA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) pLys
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: BIS-TRIS propane, PEG 3350, NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→45.49 Å / Num. obs: 22638 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 23.4 / Num. measured all: 543074 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.76-1.818.31.5312260.7670.361.57396
8.98-45.4918.40.04410.010.04599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XNK

1xnk


解像度: 1.761→41.792 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1131 5.01 %
Rwork0.194 --
obs0.1953 22585 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.6 Å2 / Biso mean: 19.5011 Å2 / Biso min: 4.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.761→41.792 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 0 281 2012
Biso mean---30.44 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0422432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.84615
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7608-1.84090.29691370.25122574271197
1.8409-1.93790.2641350.21492632276799
1.9379-2.05940.22311420.18222614275699
2.0594-2.21840.23751400.188226562796100
2.2184-2.44160.22961470.195326502797100
2.4416-2.79480.22981340.202827142848100
2.7948-3.52090.21211430.187627272870100
3.5209-41.80350.18931530.186528873040100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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