PDB-5vpj: The crystal structure of a thioesterase from Actinomadura verruco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vpj

タイトル

The crystal structure of a thioesterase from Actinomadura verrucosospora

要素

Thioesterase

キーワード

HYDROLASE / Natural product / thioresterase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

Thioesterase-like superfamily / : / thiolester hydrolase activity / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Thioesterase

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura verrucosospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Tan, K. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Phillips Jr., G.N. / Joachmiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a thioesterase from Actinomadura verrucosospora.
著者: Tan, K. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Phillips Jr., G.N. / Joachmiak, A.

履歴

登録	2017年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_mod_residue / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5vpj.ent.gz	559.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vpj_validation.pdf.gz	537.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vpj_full_validation.pdf.gz	553.8 KB	表示
XML形式データ	5vpj_validation.xml.gz	65.8 KB	表示
CIF形式データ	5vpj_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vpj	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2w3x-2 4ijj-d 2xfl-1 5oxo-d 4ikx-d 6mr7-d 4ikv-d 5t07-d 6qpo-1 6exs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC116030

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: APC116030

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioesterase

B: Thioesterase

C: Thioesterase

D: Thioesterase

E: Thioesterase

F: Thioesterase

G: Thioesterase

H: Thioesterase

I: Thioesterase

J: Thioesterase

K: Thioesterase

L: Thioesterase

ヘテロ分子

217 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Thioesterase

B: Thioesterase

C: Thioesterase

D: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.6 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Thioesterase

F: Thioesterase

G: Thioesterase

H: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.4 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Thioesterase

J: Thioesterase

K: Thioesterase

L: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.4 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.680, 96.358, 114.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thioesterase 分子量: 18084.746 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura verrucosospora (バクテリア) 遺伝子: EspE7 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: A0A2D0TCG5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris:HCl, 1.26 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月19日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→33.68 Å / Num. obs: 93028 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.041 / Χ²: 0.733 / Net I/av σ(I): 16.1 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4593 / CC_1/2: 0.812 / R_pim(I) all: 0.477 / Χ²: 0.873 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→33.68 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.15

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2268	4168	5.09 %	random
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.1881	81838	86.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→33.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12782	0	18	246	13046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.491	17801
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.985	4550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	2037
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.3767	0.2752	74	0.2451	1299	X-RAY DIFFRACTION	44
2.3767-2.4047	0.3508	75	0.2378	1465	X-RAY DIFFRACTION	49
2.4047-2.434	0.2908	92	0.2426	1563	X-RAY DIFFRACTION	53
2.434-2.4648	0.3094	107	0.2409	1719	X-RAY DIFFRACTION	58
2.4648-2.4972	0.2855	107	0.2259	1791	X-RAY DIFFRACTION	61
2.4972-2.5314	0.2898	107	0.2259	1975	X-RAY DIFFRACTION	66
2.5314-2.5675	0.2592	104	0.2176	2055	X-RAY DIFFRACTION	69
2.5675-2.6059	0.2324	124	0.2165	2258	X-RAY DIFFRACTION	75
2.6059-2.6466	0.2594	122	0.2228	2390	X-RAY DIFFRACTION	80
2.6466-2.6899	0.2537	143	0.2472	2541	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6899-2.7363	0.3113	155	0.2441	2786	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7363-2.786	0.2768	162	0.2376	2868	X-RAY DIFFRACTION	97
2.786-2.8396	0.2976	166	0.2396	2895	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8396-2.8975	0.2916	147	0.2316	2926	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8975-2.9605	0.2754	175	0.2277	2908	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9605-3.0293	0.2878	159	0.2396	2937	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0293-3.105	0.3376	171	0.2299	2945	X-RAY DIFFRACTION	98
3.105-3.1889	0.3111	159	0.2204	2895	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1889-3.2827	0.2307	140	0.2097	2923	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2827-3.3885	0.218	150	0.2002	2970	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3885-3.5095	0.2325	148	0.1952	2915	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5095-3.6499	0.2379	140	0.1795	2967	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6499-3.8158	0.2036	148	0.1818	2946	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8158-4.0166	0.2193	129	0.1602	2957	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0166-4.2678	0.1556	144	0.1386	2970	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2678-4.5966	0.1637	182	0.1236	2947	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5966-5.0578	0.1655	156	0.1307	2975	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0578-5.7865	0.1658	173	0.1526	2969	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7865-7.2782	0.2045	156	0.1732	3002	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2782-33.6832	0.2012	153	0.1626	2913	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.6381	-1.8006	-6.0804	0.8045	1.2281	3.9917	-0.0542	-0.0128	-0.7811	0.4791	0.0191	-0.4182	0.3966	-0.1886	0.2511	0.3152	-0.0871	-0.0393	0.1878	-0.023	0.2076	46.0055	0.3908	36.0151
2	3.2806	-1.8715	-0.1243	2.6936	3.2802	6.3592	0.1908	0.2429	0.416	-0.1225	-0.0727	-0.6764	-0.447	0.6219	-0.0895	0.305	-0.0602	-0.0208	0.1999	0.078	0.2624	58.3977	15.236	30.5996
3	7.1806	2.8987	-0.4164	2.978	-0.5482	1.7522	-0.0125	0.4098	-0.2762	0.0315	0.0176	0.1667	0.3005	-0.0323	-0.0219	0.301	0.0166	-0.0278	0.0972	-0.0389	0.1298	42.4538	9.2505	35.4882
4	5.1713	-5.4193	-3.0381	6.3484	2.4472	8.0375	0.3499	0.5107	-0.2835	-1.302	-1.1844	0.8798	-0.6882	-1.895	0.6794	0.5615	0.0066	-0.1101	0.7405	-0.2836	0.5509	24.7041	9.7818	33.4068
5	1.6476	-0.1908	-0.839	3.0079	2.4645	3.956	0.2136	-0.0916	-0.1365	0.1415	-0.2691	0.296	-0.0509	-0.1905	-0.0336	0.3677	-0.0289	-0.0043	0.1605	-0.048	0.1859	40.3694	15.7179	43.0061
6	5.0853	-1.2206	-3.1808	5.1118	4.1344	5.4292	0.149	0.1067	0.2934	-0.1749	0.4421	-0.5915	-0.288	0.4467	-0.3825	0.2554	0.0198	-0.0197	0.1194	0.0261	0.2118	59.8528	8.6315	36.5359
7	7.9433	-2.694	-3.4787	4.5828	2.1259	4.1662	0.0462	-0.1407	-0.2822	0.2333	-0.333	0.2344	0.1984	-0.3336	0.2146	0.3164	-0.0243	0.0016	0.1538	0.0039	0.1188	41.8116	6.5162	44.0872
8	8.1264	-3.7454	-1.9889	4.7563	1.9842	3.9637	-0.4785	-0.5585	-0.1394	0.3372	0.2131	-0.01	0.1382	0.1413	0.2199	0.2633	-0.0809	-0.0254	0.0874	0.061	0.0853	46.6149	7.2106	42.1105
9	8.0223	-7.1556	-2.0636	8.2779	3.6641	2.3077	-0.2244	0.4857	0.5567	0.2359	-0.2455	0.1025	-0.398	-1.3968	0.8139	0.5574	0.1052	-0.0244	0.489	-0.1535	0.5149	22.7483	15.9182	43.8634
10	6.6632	-4.828	-3.8446	3.6398	2.829	2.2664	-0.91	-0.8997	-0.7195	1.678	-0.1469	0.5809	1.5997	-0.3754	0.9247	0.95	-0.0952	0.2546	0.5015	-0.0284	0.5575	31.176	0.5737	44.5284
11	3.8258	-0.12	2.0793	3.541	3.1076	5.4592	0.3294	0.0875	0.4984	0.2411	-0.3683	0.2079	-0.1802	-0.297	0.3323	0.3633	-0.0164	0.0553	0.145	-0.016	0.2337	41.5649	29.0684	33.3147
12	7.5902	3.8578	1.5829	4.67	-0.5799	2.2967	0.2108	0.0914	0.2886	0.0736	-0.0686	-0.568	-0.4441	0.4036	-0.1239	0.406	-0.0757	0.0578	0.191	-0.0995	0.305	56.8048	26.6324	39.3023
13	3.9943	0.4413	0.8576	2.412	0.9544	4.5178	0.3392	-0.093	0.6247	0.2959	-0.2097	-0.0591	-0.3328	-0.0118	-0.1247	0.4185	-0.0127	0.0484	0.1283	-0.0639	0.2917	43.8411	30.8459	41.765
14	7.159	-0.1227	0.2831	3.7646	-0.1964	3.1213	-0.1779	-0.5954	0.2636	0.5868	0.0576	-0.8667	-0.346	0.4714	-0.0712	0.5702	-0.1122	-0.0501	0.2234	-0.1121	0.291	56.0626	28.2559	46.1532
15	0.8146	-0.4529	0.7552	3.4028	-2.2659	1.936	0.0745	0.1955	0.9711	-0.3425	-0.1143	0.1131	-0.3183	-0.0374	0.8481	0.7679	0.1648	0.1354	-0.049	0.0835	0.4924	50.0436	37.6196	20.6234
16	4.1163	0.9398	-0.6392	3.234	1.6002	4.7423	0.1864	-0.1761	0.1621	-0.2792	-0.2461	-0.7032	0.3205	0.5276	0.0496	0.4024	0.0377	0.0161	0.2056	0.0639	0.2299	59.148	22.0038	26.4155
17	8.5283	-7.3239	2.2549	8.3394	-2.4159	1.7377	0.1095	-0.3176	0.4255	0.0855	0.2583	0.4354	-0.6537	-0.2977	-0.278	0.4556	0.0697	0.0831	0.2251	0.0874	0.3029	45.0061	30.4138	19.8205
18	6.5734	3.4679	2.3867	2.7073	3.6159	7.2471	-0.1995	-0.2217	-0.175	0.8323	-0.6832	1.7299	-0.2152	-1.7509	0.593	0.699	0.3525	0.0849	0.8149	-0.099	0.9854	27.0865	32.3315	19.7492
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精密化 TLSグループ

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50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 118 through 129 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 130 through 141 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 2 through 23 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 24 through 53 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 54 through 65 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 66 through 73 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 74 through 97 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 98 through 103 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 104 through 129 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 130 through 141 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resid 3 through 23 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 24 through 42 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 43 through 53 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 54 through 65 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'I' and (resid 66 through 85 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'I' and (resid 86 through 97 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'I' and (resid 98 through 103 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'I' and (resid 104 through 117 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'I' and (resid 118 through 129 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'I' and (resid 130 through 142 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'J' and (resid 4 through 23 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'J' and (resid 24 through 42 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'J' and (resid 43 through 65 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'J' and (resid 66 through 73 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'J' and (resid 74 through 84 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'J' and (resid 85 through 97 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'J' and (resid 98 through 103 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'J' and (resid 104 through 116 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'J' and (resid 117 through 129 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'J' and (resid 130 through 141 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'K' and (resid 4 through 23 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'K' and (resid 24 through 54 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'K' and (resid 55 through 65 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'K' and (resid 66 through 73 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'K' and (resid 74 through 85 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'K' and (resid 86 through 97 )
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'K' and (resid 98 through 103 )
87	X-RAY DIFFRACTION	87	chain 'K' and (resid 104 through 116 )
88	X-RAY DIFFRACTION	88	chain 'K' and (resid 117 through 129 )
89	X-RAY DIFFRACTION	89	chain 'K' and (resid 130 through 140 )
90	X-RAY DIFFRACTION	90	chain 'L' and (resid 1 through 23 )
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92	X-RAY DIFFRACTION	92	chain 'L' and (resid 43 through 65 )
93	X-RAY DIFFRACTION	93	chain 'L' and (resid 66 through 85 )
94	X-RAY DIFFRACTION	94	chain 'L' and (resid 86 through 129 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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