PDB-5vol: Bacint_04212 ferulic acid esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vol

タイトル

Bacint_04212 ferulic acid esterase

要素

Putative esterase

キーワード

HYDROLASE / ferulic acid esterase / Bacteroides intestinalis / arabinoxylan esterase / carbohydrate esterase family 1 / CE1

機能・相同性

Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold / ISOPROPYL ALCOHOL / Putative esterase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Koropatkin, N.M. / Cann, I. / Mackie, R.I.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Biochemical and Structural Analyses of Two Cryptic Esterases in Bacteroides intestinalis and their Synergistic Activities with Cognate Xylanases.
著者: Wefers, D. / Cavalcante, J.J.V. / Schendel, R.R. / Deveryshetty, J. / Wang, K. / Wawrzak, Z. / Mackie, R.I. / Koropatkin, N.M. / Cann, I.

履歴

登録	2017年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vol.cif.gz	457.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vol.ent.gz	375.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vol_validation.pdf.gz	498.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vol_full_validation.pdf.gz	511.3 KB	表示
XML形式データ	5vol_validation.xml.gz	85.7 KB	表示
CIF形式データ	5vol_validation.cif.gz	121.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6uah-1 7l52-1 6gfp-1 6u0y-d 2fu6-3 1v8f-2 6u2z-1 2r7q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative esterase

B: Putative esterase

C: Putative esterase

D: Putative esterase

E: Putative esterase

F: Putative esterase

G: Putative esterase

H: Putative esterase

ヘテロ分子

254 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative esterase

B: Putative esterase

C: Putative esterase

F: Putative esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Putative esterase

E: Putative esterase

G: Putative esterase

H: Putative esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.920, 135.790, 172.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative esterase 分子量: 31617.898 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 21-294 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア) 遺伝子: BACINT_04212 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3CET1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 10 % v/v 2-propanol, 20 % w/v polyethylene glycol 4000 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→56.65 Å / Num. obs: 207704 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.07951 / Net I/σ(I): 16.77
反射シェル	解像度: 1.98→2.051 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.7454 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 20663 / CC_1/2: 0.757 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house SAD model

解像度: 1.98→56.649 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1975	10450	5.03 %
R_work	0.1672	-	-
obs	0.1687	207681	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.23 Å² / B_iso mean: 32.6191 Å² / B_iso min: 13.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→56.649 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16996	0	224	1403	18623
B_iso mean	-	-	54.85	36.06	-
残基数	-	-	-	-	2095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.986	23720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.696	6330

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.98-2.0025	0.2986	366	0.2656	6546	6912	100
2.0025-2.0261	0.2819	369	0.2502	6517	6886	100
2.0261-2.0508	0.282	355	0.24	6507	6862	100
2.0508-2.0767	0.2699	357	0.2401	6498	6855	100
2.0767-2.1041	0.2588	348	0.2328	6544	6892	100
2.1041-2.1329	0.277	347	0.2248	6528	6875	100
2.1329-2.1634	0.2363	343	0.2106	6529	6872	100
2.1634-2.1957	0.254	355	0.2031	6563	6918	100
2.1957-2.23	0.2485	353	0.2069	6529	6882	100
2.23-2.2665	0.2588	357	0.2018	6537	6894	100
2.2665-2.3056	0.2352	351	0.1976	6552	6903	100
2.3056-2.3475	0.2281	386	0.1866	6490	6876	100
2.3475-2.3927	0.2289	340	0.1867	6587	6927	100
2.3927-2.4415	0.2324	353	0.1878	6529	6882	100
2.4415-2.4946	0.2385	311	0.1897	6607	6918	100
2.4946-2.5526	0.2331	334	0.1843	6582	6916	100
2.5526-2.6165	0.2053	328	0.1798	6606	6934	100
2.6165-2.6872	0.233	342	0.183	6523	6865	100
2.6872-2.7663	0.205	358	0.1759	6560	6918	100
2.7663-2.8556	0.2093	336	0.1699	6600	6936	100
2.8556-2.9576	0.2058	364	0.1751	6567	6931	100
2.9576-3.076	0.2011	345	0.174	6539	6884	100
3.076-3.216	0.2103	329	0.1714	6645	6974	100
3.216-3.3856	0.1921	355	0.164	6573	6928	99
3.3856-3.5976	0.1855	322	0.1522	6626	6948	99
3.5976-3.8754	0.1671	336	0.1443	6622	6958	99
3.8754-4.2652	0.1472	351	0.129	6592	6943	99
4.2652-4.8821	0.1339	309	0.1216	6698	7007	99
4.8821-6.1498	0.1661	377	0.1363	6635	7012	99
6.1498-56.672	0.1453	373	0.1384	6800	7173	97

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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