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万見
- PDB-5voh: Crystal structure of engineered water-forming NADPH oxidase (TPNO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5voh
タイトルCrystal structure of engineered water-forming NADPH oxidase (TPNOX) bound to NADPH. The G159A, D177A, A178R, M179S, P184R mutant of LbNOX.
要素NADH oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH / redox active cysteine / water-forming oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...: / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-NDP / NADH oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis KB290 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Cracan, V. / Grabarek, Z.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A genetically encoded tool for manipulation of NADP(+)/NADPH in living cells.
著者: Cracan, V. / Titov, D.V. / Shen, H. / Grabarek, Z. / Mootha, V.K.
履歴
登録2017年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH oxidase
B: NADH oxidase
C: NADH oxidase
D: NADH oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,65523
ポリマ－224,8674
非ポリマー6,78719
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.264, 96.527, 119.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NADH oxidase


分子量: 56216.816 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-468 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis KB290 (バクテリア)
遺伝子: LVISKB_1491 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: M5B0V2

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非ポリマー , 6種, 300分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals were grown in 25 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4 for TPNOX at 21 oC. Crystals were briefly soaked for 1-3 min in the formulation with 15 % (v/v) of ethylene ...詳細: Crystals were grown in 25 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4 for TPNOX at 21 oC. Crystals were briefly soaked for 1-3 min in the formulation with 15 % (v/v) of ethylene glycol supplemented with 20-30 mM NADPH and were quickly frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月4日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.37
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 96175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 718655
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.347.10.5647770.9330.2250.6040.62499.9
2.34-2.387.40.52947930.9460.2080.5690.651100
2.38-2.437.40.49348010.9530.1930.530.663100
2.43-2.487.40.42848120.9670.1680.460.655100
2.48-2.537.50.36947700.9720.1450.3970.703100
2.53-2.597.50.33847790.9790.1320.3630.707100
2.59-2.667.50.30547500.9830.1190.3270.731100
2.66-2.737.50.28148080.980.1090.3020.865100
2.73-2.817.50.23447590.9880.0910.2510.832100
2.81-2.97.60.2148450.9910.0810.2250.879100
2.9-37.50.17847650.9930.0690.1920.972100
3-3.127.50.14148100.9950.0550.1511.124100
3.12-3.267.50.12648210.9950.0490.1351.29100
3.26-3.447.50.10547800.9960.0410.1131.393100
3.44-3.657.40.09148280.9960.0360.0981.617100
3.65-3.937.40.08448020.9970.0330.091.837100
3.93-4.337.30.0748020.9970.0270.0751.873100
4.33-4.957.50.05948750.9980.0230.0631.925100
4.95-6.247.70.05748350.9980.0220.0621.547100
6.24-507.60.03749630.9990.0140.0391.39899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ER0

5er0


解像度: 2.302→47.888 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.91 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 2010 2.09 %
Rwork0.1915 94097 -
obs0.1942 96152 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.07 Å2 / Biso mean: 38.9966 Å2 / Biso min: 17.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.302→47.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13730 0 715 281 14726
Biso mean--50.5 32.23 -
残基数----1795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52519731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8198571
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3025-2.36010.29911450.257967096854
2.3601-2.42390.27991420.252866966838
2.4239-2.49520.30891430.253666666809
2.4952-2.57580.28411460.245566846830
2.5758-2.66780.31951380.241266816819
2.6678-2.77460.28311410.235367146855
2.7746-2.90080.32021410.236767196860
2.9008-3.05370.36631460.221866996845
3.0537-3.2450.25311420.207766966838
3.245-3.49540.29481440.191167146858
3.4954-3.84690.26561450.17467566901
3.8469-4.40290.19171440.15367346878
4.4029-5.54470.18811450.149167386883
5.5447-39.53960.21441480.171768917039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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