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- PDB-5vo8: X-ray crystal structure of a bacterial reiterative transcription ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vo8
タイトルX-ray crystal structure of a bacterial reiterative transcription complex of pyrG promoter
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
  • RNA polymerase sigma factor SigA
キーワードtranscription/DNA/RNA / Thermus thermophilus / RNA polymerase / reiterative transcription / holoenzyme / transcription-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Murakami, K.S. / Shin, Y. / Turnbough Jr, C.L. / Molodtsov, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM087350 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: X-ray crystal structure of a reiterative transcription complex reveals an atypical RNA extension pathway.
著者: Murakami, K.S. / Shin, Y. / Turnbough, C.L. / Molodtsov, V.
履歴
登録2017年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
I: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)444,99614
ポリマ－444,6419
非ポリマー3555
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54330 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area143500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.537, 101.984, 296.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 6674.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量: 8412.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FI

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 48598.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKW1
#8: RNA鎖 RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 2876.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8), 0.2M KCl, 50 mM MgCl2, 9.5 % PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 78332 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 9.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q4Z

4q4z


解像度: 3.3→29.883 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1999 2.56 %
Rwork0.185 --
obs0.1865 78219 94.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27548 973 13 0 28534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01329156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5839623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.86517759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0884464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0115026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.38240.34441140.30153970X-RAY DIFFRACTION70
3.3824-3.47370.30691210.27714440X-RAY DIFFRACTION78
3.4737-3.57580.33251270.27544967X-RAY DIFFRACTION86
3.5758-3.6910.31711390.25325296X-RAY DIFFRACTION92
3.691-3.82270.29021410.24165537X-RAY DIFFRACTION96
3.8227-3.97540.29581520.21495662X-RAY DIFFRACTION98
3.9754-4.15590.24211500.1875709X-RAY DIFFRACTION99
4.1559-4.37430.22841540.17545764X-RAY DIFFRACTION100
4.3743-4.64750.19471460.15945774X-RAY DIFFRACTION100
4.6475-5.00480.23081460.16165756X-RAY DIFFRACTION100
5.0048-5.50560.25631550.16735793X-RAY DIFFRACTION100
5.5056-6.29580.23361550.18575809X-RAY DIFFRACTION100
6.2958-7.90760.23541510.18125822X-RAY DIFFRACTION100
7.9076-29.88420.20821480.14145921X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0285-0.6463-1.12990.77070.15450.965-0.2508-0.2622-0.14030.67650.4113-0.09470.39611.0573-0.19710.8669-0.0161-0.19192.0891-0.29390.5907484.5778.9459710.5579
20.94021.05951.07122.18750.16552.58780.1935-1.26930.17560.7298-0.1989-0.50170.06471.35470.01480.8505-0.1595-0.08312.7013-0.27730.896504.62986.6919700.9865
33.8661-0.2851-0.25973.603-1.12.20870.413-1.43030.23160.75350.125-0.0658-0.66691.5575-0.38950.9125-0.07730.0231.965-0.32940.592475.642912.2961715.6474
42.3136-2.025-3.7666.01152.4226.34730.52330.29840.4319-0.4440.193-0.6821-1.0375-0.0979-0.70241.4435-0.25310.04110.836-0.1530.7078466.56629.0927701.1777
55.5568-0.0783-1.10111.6050.1062.80850.092-0.22220.10780.33010.06070.5451-0.5377-0.8236-0.23990.94030.15320.21421.2029-0.00410.6529442.194616.0142714.2266
69.76421.98487.23154.31741.38246.1240.0860.03950.0817-0.5256-0.2709-0.4092-0.78660.7030.20481.23030.05160.20051.11650.08120.8491446.909128.249722.1387
73.4953-0.39280.19971.9478-0.86562.916-0.2335-0.6480.83030.1483-0.19310.306-1.068-1.27040.43631.56480.49250.23871.4781-0.15151.0844431.22628.0934717.4471
86.4925-1.0601-1.86311.98540.17544.5184-0.3364-1.2026-0.01290.33960.29950.3368-0.644-0.1794-0.08261.33510.23440.25781.3835-0.04490.6481440.182515.4135722.1259
92.7473-0.68350.37552.2731-1.39110.8613-0.0781-0.53640.3055-0.03710.2769-0.3621-0.49560.8625-0.2361.1863-0.10530.14311.1822-0.3470.817466.769322.708707.4216
104.0191-0.1674-1.3051.9679-0.03253.663-0.29240.2081-0.71750.17090.276-0.59190.66691.32770.09130.74380.4713-0.02721.5887-0.11570.9785505.2824-25.4481658.201
113.31820.7897-0.78872.98450.98943.6439-0.7391.4183-0.9294-0.56410.13630.09831.0268-0.21790.55051.16830.07230.1461.6332-0.39981.0305483.6909-35.6669637.6987
125.1890.7267-1.69382.78021.1321.6955-0.29850.2677-0.41530.20380.0750.34420.54950.95490.08220.74590.41780.04040.84920.04970.592485.8432-20.2703662.4079
132.06510.2015-0.82081.05280.54112.5093-0.1839-0.5781-0.39150.28710.1341-0.42060.61491.25040.02980.72650.4027-0.07041.29050.04080.6917491.3041-14.9614680.1554
142.55220.614-1.27292.0358-0.57612.9991-0.0605-0.8012-0.06520.0188-0.0888-0.29750.10211.390.15620.54080.1447-0.10451.1138-0.12930.5246489.34092.2259680.6402
151.6781-0.1231-0.31060.38270.71592.36910.1642-0.41950.26250.204-0.12560.0653-0.79451.3749-0.04610.5611-0.08310.0270.3689-0.16680.5989472.943410.9446670.577
160.5731-0.9749-1.61761.51911.89912.95310.24710.6702-0.2154-0.3709-0.3430.0541-0.412-0.10440.12740.78860.1285-0.01722.0444-0.0950.7958492.5503-8.3036597.1171
171.5281-0.201-0.6730.8257-0.0323.76120.0417-0.0558-0.16020.0605-0.06370.2323-0.0277-0.1901-0.02050.3949-0.0025-0.01350.2337-0.11220.6427452.87283.0626666.5422
181.1215-0.57590.40032.40181.28482.9330.21030.13080.5092-0.22250.088-0.0892-1.29240.21520.00191.71020.24930.2445-0.2335-0.12110.926456.693332.9869665.7123
192.9955-0.3867-0.41684.4228-0.72180.66940.4727-0.61510.91250.43970.0066-0.4604-1.06370.3239-0.26472.0927-0.40620.23210.3541-0.23391.0327461.815140.6504672.834
200.0022-0.00810.00010.04950.0078-0.0003-0.0146-0.03870.24920.4738-0.0842-0.4247-0.80680.18090.12063.5631-0.43050.11021.3251-0.0191.9614463.480950.5272657.5232
211.5624-0.1762-0.40884.4225-2.69074.43050.40181.11120.0626-0.6749-0.4413-0.1183-0.53010.1631-0.0281.02940.21780.02552.3541-0.2190.8185498.4926-1.2347599.333
220.713-0.3647-0.38161.63961.78713.14220.4070.4912-0.0155-0.034-0.2901-0.3864-0.06110.4503-0.14330.7201-0.07560.06491.80910.06730.8052507.6621-1.6753631.9887
232.80763.25191.39163.84711.67470.75010.6101-0.37241.3290.6101-0.45561.1217-1.11080.78580.04751.8531-0.61890.31311.6765-0.30631.8757501.965648.623653.4212
241.95852.02691.98979.7452.0832.0262-0.19020.1316-2.1991-1.02180.1923-0.04140.6451-1.8622-0.27111.3684-0.31220.2211.7369-0.48761.6675460.6325-14.027631.4916
259.18546.05086.70274.5574.59514.9443-0.0324-0.2242-0.3696-0.1417-0.67970.092-0.04150.26980.66070.6146-0.1646-0.05920.9608-0.1410.8054472.52810.5364656.7105
267.9855-8.0382-5.90358.08735.94454.36070.10091.7956-0.8831-1.8575-0.6791-0.83490.62120.27720.56891.48640.35410.612.194-0.0891.233488.8886-0.0377660.8877
277.63931.4197-1.31296.8225-1.01026.42050.48950.4604-0.30870.0957-0.3221-0.25930.30981.1254-0.18280.8490.1072-0.09431.6282-0.17691.0571505.9614-16.7787615.0653
281.9958-3.4081-2.11336.24762.59438.31120.2301-0.5891-0.46310.5444-0.25390.17670.684-0.11570.12051.4894-0.1670.27031.4129-0.14851.4193463.1028-12.4717642.2532
292.30152.30162.03026.06265.73915.4422-0.71361.2674-2.2901-1.37122.511-3.6395-0.07232.5185-1.68952.25010.27730.11692.4505-0.38022.2016458.8412-14.5944624.5755
303.6092-0.66413.09012.5052-1.07552.752-0.02822.709-1.1739-0.9515-0.1144-0.4940.22850.39740.05420.96310.18580.13052.44-0.1380.9853478.7877-6.6775658.58
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 173 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 229 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 6 through 31 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 32 through 83 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 84 through 95 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 96 through 136 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 137 through 173 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 174 through 229 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 136 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 137 through 375 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 376 through 468 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 469 through 754 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 755 through 931 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 932 through 1118 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 3 through 582 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 583 through 1502 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 2 through 33 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 34 through 81 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 82 through 95 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 78 through 202 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 203 through 340 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 341 through 423 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 3 through 12 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 13 through 17 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 18 through 21 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 1 through 9 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 16 through 19 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 20 through 25 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'I' and (resid 2 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る