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- PDB-5vo3: Crystal structure of DapE in complex with the products (succinic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vo3
タイトルCrystal structure of DapE in complex with the products (succinic acid and diaminopimelic acid)
要素Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / DapE / hydrolaze / Succinic acid / diaminopimelic acid / M28 / Structural Genomics / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / succinyl-diaminopimelate desuccinylase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cobalt ion binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 ...Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / SUCCINIC ACID / Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.954 Å
データ登録者Nocek, B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Evidence of a Major Conformational Change Triggered by Substrate Binding in DapE Enzymes: Impact on the Catalytic Mechanism.
著者: Nocek, B. / Reidl, C. / Starus, A. / Heath, T. / Bienvenue, D. / Osipiuk, J. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Becker, D.P. / Holz, R.C.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0935
ポリマ－41,6541
非ポリマー4394
水4,125229
1
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子

A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,18710
ポリマ－83,3082
非ポリマー8788
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.648, 135.536, 149.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-691-

HOH

21A-824-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / SDAP desuccinylase / N-succinyl-LL-2 / 6-diaminoheptanedioate amidohydrolase


分子量: 41654.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: dapE, HI_0102
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P44514, succinyl-diaminopimelate desuccinylase
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H6O4
#3: 化合物 ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14N2O4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.15 M Hepes pH 7.5, 0.06 M Sodium potassium tartrate, 26 % Peg 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 60902 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.9539→1.9844 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ISZ

3isz


解像度: 1.954→35.321 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 3023 5.11 %
Rwork0.1623 --
obs0.1634 59180 73.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.954→35.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2929 0 2 229 3160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1744105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9251110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9539-1.98440.1799760.18071232X-RAY DIFFRACTION36
1.9844-2.0170.2275760.17341413X-RAY DIFFRACTION40
2.017-2.05170.2269920.18311487X-RAY DIFFRACTION44
2.0517-2.0890.2054810.17911677X-RAY DIFFRACTION48
2.089-2.12920.2185880.17941904X-RAY DIFFRACTION54
2.1292-2.17270.1902780.17452074X-RAY DIFFRACTION59
2.1727-2.21990.1871170.18572202X-RAY DIFFRACTION63
2.2199-2.27150.19971290.18252276X-RAY DIFFRACTION65
2.2715-2.32830.20531240.18092324X-RAY DIFFRACTION67
2.3283-2.39130.19921270.18682350X-RAY DIFFRACTION68
2.3913-2.46160.20131280.18372477X-RAY DIFFRACTION70
2.4616-2.5410.16521360.16832526X-RAY DIFFRACTION73
2.541-2.63180.18881360.17862606X-RAY DIFFRACTION75
2.6318-2.73720.2051530.17072825X-RAY DIFFRACTION81
2.7372-2.86170.16371910.17773007X-RAY DIFFRACTION87
2.8617-3.01250.18611890.1733258X-RAY DIFFRACTION93
3.0125-3.20110.2281780.17183352X-RAY DIFFRACTION97
3.2011-3.44810.21292060.16393415X-RAY DIFFRACTION99
3.4481-3.79470.1871670.1543494X-RAY DIFFRACTION99
3.7947-4.3430.15842020.133411X-RAY DIFFRACTION98
4.343-5.46840.15221560.12563484X-RAY DIFFRACTION100
5.4684-35.32680.1681930.17523363X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.57851.29260.36583.1920.10861.7476-0.090.3472-0.80930.03910.1684-0.29430.45030.04140.03010.2379-0.03950.05440.0544-0.09060.2508-16.385810.810130.9508
20.3346-0.03780.61770.21620.06932.62050.0409-0.0623-0.0180.0219-0.01740.0442-0.0084-0.4399-0.02490.0791-0.01930.0320.15320.01440.111-30.563730.993413.7888
31.77670.84530.30031.77080.16012.2171-0.01220.1813-0.12180.01110.0727-0.1060.04730.0807-0.10050.1116-0.01330.01730.0905-0.02310.1065-13.008922.057732.1952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 172 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 173 through 313 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 314 through 376 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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