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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vnb | ||||||
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タイトル | YEATS in complex with histone H3 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Histone reader / YEATS domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression ...modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / lysine-acetylated histone binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / structural constituent of cytoskeleton / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / mitotic cell cycle / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / nuclear membrane / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of apoptotic process / Estrogen-dependent gene expression / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, H.J. / Cierpicki, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: GAS41 Recognizes Diacetylated Histone H3 through a Bivalent Binding Mode. 著者: Cho, H.J. / Li, H. / Linhares, B.M. / Kim, E. / Ndoj, J. / Miao, H. / Grembecka, J. / Cierpicki, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17330.924 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1085.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Histone H3 H3K23acK27ac peptide ALY-acetylation modification on Lys residue L-peptide linking 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 / 詳細: 1.36 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 27276 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1389 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5VNA 解像度: 2.4→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.422 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→48.67 Å
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拘束条件 |
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