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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vna | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human YEATS domain | ||||||
![]() | YEATS domain-containing protein 4 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Histone reader / YEATS domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle / HATs acetylate histones / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / histone binding / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, H.J. / Cierpicki, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: GAS41 Recognizes Diacetylated Histone H3 through a Bivalent Binding Mode. 著者: Cho, H.J. / Li, H. / Linhares, B.M. / Kim, E. / Ndoj, J. / Miao, H. / Grembecka, J. / Cierpicki, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17330.924 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-NHE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 / 詳細: 1.24 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月24日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 40747 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 27.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4052 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3QRL 解像度: 2.1→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.713 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.951 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.4 Å
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拘束条件 |
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