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- PDB-5vna: Crystal structure of human YEATS domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vna
タイトルCrystal structure of human YEATS domain
要素YEATS domain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION / Histone reader / YEATS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle / HATs acetylate histones / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / histone binding / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YEATS domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cho, H.J. / Cierpicki, T.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: GAS41 Recognizes Diacetylated Histone H3 through a Bivalent Binding Mode.
著者: Cho, H.J. / Li, H. / Linhares, B.M. / Kim, E. / Ndoj, J. / Miao, H. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
履歴
登録2017年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YEATS domain-containing protein 4
B: YEATS domain-containing protein 4
C: YEATS domain-containing protein 4
D: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,48017
ポリマ－69,3244
非ポリマー1,15613
水7,080393
1
A: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4272
ポリマ－17,3311
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8959
ポリマ－17,3311
非ポリマー5658
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5233
ポリマ－17,3311
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6343
ポリマ－17,3311
非ポリマー3032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.158, 79.926, 121.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI1


分子量: 17330.924 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / プラスミド: pGST-parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95619
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 / 詳細: 1.24 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月24日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 40747 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 27.12
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4052 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QRL

3qrl


解像度: 2.1→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.713 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22228 2083 5.1 %RANDOM
Rwork0.17381 ---
obs0.17631 38396 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4205 0 67 393 4665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194390
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.9595943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03839535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9255505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28123.756205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42215743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1221518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5073.6892029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5083.6882028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0415.5032528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0415.5042529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5624.1062361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5614.1062362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3615.9623415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.94630.7124988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.85530.1624827
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 167 -
Rwork0.239 2775 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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