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- PDB-5vmv: Kaiso (ZBTB33) zinc finger DNA binding domain in complex with its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vmv
タイトルKaiso (ZBTB33) zinc finger DNA binding domain in complex with its double CpG-methylated DNA consensus binding site
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*A)-3')
  • Transcriptional regulator Kaiso
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA methylation / Zinc finger / Transcriptional regulator / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / methyl-CpG binding / regulation of cytokine production / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...regulation of immune system process / methyl-CpG binding / regulation of cytokine production / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator Kaiso
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.313 Å
データ登録者Nikolova, E.N. / Stanfield, R.L. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM36643 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: CH···O Hydrogen Bonds Mediate Highly Specific Recognition of Methylated CpG Sites by the Zinc Finger Protein Kaiso.
著者: Nikolova, E.N. / Stanfield, R.L. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2017年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Kaiso
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5397
ポリマ－27,3073
非ポリマー2324
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, complex formation also monitored by NMR and biolayer interferometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.219, 183.792, 104.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

CL

21A-846-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator Kaiso / Zinc finger and BTB domain-containing protein 33


分子量: 16217.771 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 471-604 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB33, KAISO, ZNF348 / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) [DNAY] / 参照: UniProt: Q86T24
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5544.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 30 % (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.313→45.443 Å / Num. obs: 17383 / % possible obs: 90.81 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.35 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08636 / Net I/σ(I): 13.11
反射 シェル解像度: 2.313→2.396 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2765 / Mean I/σ(I) obs: 4.29 / Num. unique obs: 946 / CC1/2: 0.945 / % possible all: 51.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F6N

4f6n


解像度: 2.313→45.443 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1738 10.01 %
Rwork0.203 --
obs0.2075 17361 90.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.313→45.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数983 736 4 76 1799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2033012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.666822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3135-2.38160.2967770.2229692X-RAY DIFFRACTION50
2.3816-2.45840.2331970.2323863X-RAY DIFFRACTION61
2.4584-2.54630.3081310.23441175X-RAY DIFFRACTION84
2.5463-2.64820.26281490.23531341X-RAY DIFFRACTION95
2.6482-2.76870.26881570.2321412X-RAY DIFFRACTION98
2.7687-2.91470.26851570.21331409X-RAY DIFFRACTION100
2.9147-3.09720.25651560.22071410X-RAY DIFFRACTION100
3.0972-3.33630.28231590.21981437X-RAY DIFFRACTION100
3.3363-3.67190.24861610.18891439X-RAY DIFFRACTION100
3.6719-4.20290.22361590.17361432X-RAY DIFFRACTION100
4.2029-5.2940.21151630.17541471X-RAY DIFFRACTION100
5.294-45.45180.24941720.21831542X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7296-1.792-0.66775.49210.40511.9339-0.1111-0.2972-0.6070.34740.0726-0.09770.43790.1881-0.30060.88130.0558-0.02040.1874-0.12951.289820.6944.886527.6925
23.85942.68362.43784.04731.8574.79640.08720.2245-0.4898-0.11870.20120.2610.50840.2725-0.20640.72430.04430.00360.0781-0.16341.053217.03179.4921.9111
30.5135-0.53240.64682.53730.14481.36880.1431-0.2746-0.7745-0.0790.28941.42170.863-0.29820.09510.4353-0.1216-0.03460.19090.02321.44475.525818.742223.5479
41.08531.23840.46691.57580.12421.28080.18210.0191-0.332-0.5424-0.00750.89310.3983-0.2259-0.25820.53650.0207-0.28110.0277-0.14321.31262.125424.762818.0569
51.5341-1.19440.49772.214-2.29134.7098-0.1007-0.1025-0.4803-0.03480.37760.32130.0726-0.3137-0.28030.38770.028-0.0380.2296-0.08150.65986.82331.649621.0907
67.65570.8547-2.0680.71970.6411.76310.00770.3741-0.0117-0.1465-0.02740.37590.070.0418-0.02930.20660.0481-0.05070.15610.00460.401621.243841.528919.3166
76.2006-3.1204-5.53455.08375.15416.5144-0.5048-1.2796-1.08461.41990.4116-0.88431.03350.83630.23010.44160.0223-0.07480.40160.00610.701431.092338.542524.4438
83.9535-3.81020.54773.99850.54163.3327-0.1462-0.7279-0.8330.58910.08810.39240.3563-0.0884-0.13490.40630.06020.03350.17690.03010.532212.274638.865329.9899
92.8524-0.64783.09564.3756-4.80637.39310.42150.77040.237-0.29780.19060.756-0.54670.3205-0.49080.70330.1370.18310.4702-0.00030.491919.719929.61610.6758
106.3471.55581.19350.9323-0.89375.56910.1177-1.75960.39352.46780.38060.89390.7411-1.067-0.41081.3790.16950.43240.80660.08650.934711.426722.111439.3357
115.4242-1.3399-1.85081.00790.79590.8049-0.4082-2.5111-0.7051.98040.03780.23731.98770.36530.96461.706-0.01940.5121.13680.37011.06649.404919.956843.7955
128.1278-3.4594-1.33326.02682.11462.6601-0.26481.8078-0.3831-1.57270.1095-0.01650.2552-0.29650.20690.9167-0.21950.09590.566-0.06390.485620.346425.712913.8652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 481 through 496 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 497 through 505 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 506 through 527 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 528 through 533 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 534 through 545 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 546 through 573 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 574 through 583 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 584 through 596 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 8 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 9 through 18 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 19 through 26 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 27 through 36 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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