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- PDB-5vmd: Crystal structure of UBR-box from UBR6 in a domain-swapping confo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vmd
タイトルCrystal structure of UBR-box from UBR6 in a domain-swapping conformation
要素F-box only protein 11
キーワードLIGASE / domain swapping / zinc finger / zinc / ubr-box / ubr6 / fbxo11
機能・相同性
機能・相同性情報


protein modification process => GO:0036211 / protein-arginine N-methyltransferase activity / ubiquitin ligase complex / post-translational protein modification / sensory perception of sound / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome / Neddylation ...protein modification process => GO:0036211 / protein-arginine N-methyltransferase activity / ubiquitin ligase complex / post-translational protein modification / sensory perception of sound / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / protein ubiquitination / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
F-box only protein 11 / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat-2 / Putative zinc finger in N-recognin (UBR box) / Periplasmic copper-binding protein NosD, beta helix domain / Periplasmic copper-binding protein (NosD) / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Zinc finger, UBR-type ...F-box only protein 11 / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat-2 / Putative zinc finger in N-recognin (UBR box) / Periplasmic copper-binding protein NosD, beta helix domain / Periplasmic copper-binding protein (NosD) / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / F-box domain / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
F-box only protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Munoz-Escobar, J. / Kozlov, G. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the UBR-box from UBR6/FBXO11 reveals domain swapping mediated by zinc binding.
著者: Munoz-Escobar, J. / Kozlov, G. / Gehring, K.
履歴
登録2017年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box only protein 11
B: F-box only protein 11
C: F-box only protein 11
D: F-box only protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,96127
ポリマ－34,4874
非ポリマー1,47423
水2,108117
1
A: F-box only protein 11
C: F-box only protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,01214
ポリマ－17,2432
非ポリマー76812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
2
B: F-box only protein 11
D: F-box only protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,95013
ポリマ－17,2432
非ポリマー70611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.570, 69.200, 82.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...
21(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...
31(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...
41(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSCYSCYS(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA835 - 8568 - 29
12ARGARGARGARG(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA86134
13GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
14GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
15GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
16GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
17GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
18GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
19GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
110GLNGLNALAALA(chain A and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...AA834 - 9027 - 75
21CYSCYSCYSCYS(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB835 - 8568 - 29
22ARGARGARGARG(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB86134
23GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
24GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
25GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
26GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
27GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
28GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
29GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
210GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...BB-4 - 9011 - 74
31CYSCYSCYSCYS(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC835 - 8568 - 29
32ARGARGARGARG(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC86134
33GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
34GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
35GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
36GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
37GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
38GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
39GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
310GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...CC-4 - 9011 - 74
41CYSCYSCYSCYS(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD835 - 8568 - 29
42ARGARGARGARG(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD86134
43GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74
44GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74
45GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74
46GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74
47GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74
48GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74
49GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74
410GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 835:856 or (resid 861 and (name...DD833 - 9016 - 74

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要素

#1: タンパク質
F-box only protein 11 / Protein arginine N-methyltransferase 9 / Vitiligo-associated protein 1 / VIT-1 / UBR6/FBXO11


分子量: 8621.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXO11, FBX11, PRMT9, VIT1, UG063H01 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86XK2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.2822 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.72 Å / Num. obs: 20183 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.851 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 14.67
反射 シェル解像度: 2.202→2.281 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique obs: 1952 / Rrim(I) all: 0.608 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.202→41.72 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 詳細: Phasing using Zn anomalous signal
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 1010 5.01 %
Rwork0.1947 --
obs0.1974 20172 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→41.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 50 117 2377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6843068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2891337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004396
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1095X-RAY DIFFRACTION9.592TORSIONAL
12B1095X-RAY DIFFRACTION9.592TORSIONAL
13C1095X-RAY DIFFRACTION9.592TORSIONAL
14D1095X-RAY DIFFRACTION9.592TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2016-2.31770.34991400.2752656X-RAY DIFFRACTION99
2.3177-2.46290.28811420.23022701X-RAY DIFFRACTION100
2.4629-2.6530.28021430.22262709X-RAY DIFFRACTION100
2.653-2.920.31781430.21972707X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.34240.22311440.1972741X-RAY DIFFRACTION100
3.3424-4.21080.20131450.16452761X-RAY DIFFRACTION100
4.2108-48.35680.24321530.18412887X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.79641.7143-1.9627.04491.2329.1590.5139-0.74630.31380.8464-0.37170.0648-1.48140.0401-0.16820.7219-0.1010.02370.49160.11840.448926.0266-11.491651.8478
23.15384.14040.1516.92830.84481.5313-0.17750.08870.3916-0.17070.2373-0.1251-0.13150.2861-0.06460.3528-0.00530.05060.5193-0.09080.32752.83251.076449.7834
38.22644.3167.40381.85683.71176.44860.3109-0.52230.01080.0441-0.2217-0.217-0.067-0.2938-0.15530.3096-0.04690.05420.4526-0.00960.305238.4555-0.52942.9063
48.3547-0.9372.36724.00313.50494.3542-0.2020.58930.8560.04590.57140.2107-1.3987-0.9552-0.24110.55570.09460.04910.62450.16050.526729.62124.752130.4719
55.14940.85093.61885.21942.98475.57910.1807-0.28720.24410.1336-0.3499-0.17330.11780.010.20960.29690.06510.05580.4718-0.01590.384340.681426.068886.6995
66.54472.31972.25063.036-1.12675.13530.3193-0.3653-1.4333-0.2954-0.121-0.55970.8826-0.082-0.15860.39030.0205-0.06280.32380.00930.583831.244-2.385477.7995
72.12020.7975-0.96113.4281-1.75953.4302-0.1097-0.112-0.0784-0.540.0399-0.15730.0390.31860.04880.42790.0169-0.00580.3663-0.06050.347944.692210.686371.0536
88.8618-4.8476-3.43043.07291.17543.69890.11410.3723-0.2393-0.5891-0.1589-0.1575-0.06480.3335-0.01680.3369-0.0064-0.01640.5769-0.0040.348949.671-26.516443.5102
97.841-2.57662.20124.3361-3.66829.27330.16570.72890.3764-0.1528-0.1538-0.1246-0.597-0.0080.0020.3161-0.04280.05410.3860.01180.267541.522-0.568331.9568
107.1734-0.3148-0.43957.1222-0.11895.55750.0315-0.123-0.23890.08290.1391-0.6175-0.31941.0863-0.04660.2917-0.03560.01840.4961-0.04320.292458.1248-5.502549.2772
116.7422-7.5477-4.73916.50265.17792.93070.0663-0.93910.4443-0.34650.2625-0.1806-0.16570.4344-0.24210.3546-0.00830.0110.42420.03880.335124.076916.041269.2909
125.9785-1.702-4.0635.06236.41579.3137-0.3111-0.2762-0.34480.2864-0.10140.35820.37510.43940.25850.44510.10910.05650.4182-0.06760.319244.59755.990464.7474
138.10080.5596-2.77481.4443-0.08684.20560.21670.5019-0.3178-0.3275-0.13690.05670.006-0.2745-0.09210.37510.0956-0.07420.3427-0.0780.325232.60995.460367.0182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 834 through 845 )A834 - 845
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 846 through 877 )A846 - 877
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 878 through 892 )A878 - 892
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 893 through 902 )A893 - 902
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -4 through 845 )B-4 - 845
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 846 through 877 )B846 - 877
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 878 through 901 )B878 - 901
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid -4 through 846 )C-4 - 846
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 847 through 884 )C847 - 884
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 885 through 901 )C885 - 901
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 833 through 853 )D833 - 853
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 854 through 865 )D854 - 865
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 866 through 901 )D866 - 901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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