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- PDB-5vm8: Crystal structure of a Ribosomal RNA small subunit methyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vm8
タイトルCrystal structure of a Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E from Neisseria gonorrhoeae bound to S-adenosyl methionine
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
キーワードTRANSFERASE / NIAID / SAM / SAH / RNA methyltransferase / protein knot / trefoil knot / 2 domain protein / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase / methyltransferase activity / rRNA processing / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / RNA methyltransferase domain / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / PUA-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / : / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E from Neisseria gonorrhoeae bound to S-adenosyl methionine
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Edwards, T.E. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0823
ポリマ－55,6842
非ポリマー3981
水1,15364
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8421
ポリマ－27,8421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2402
ポリマ－27,8421
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.300, 71.540, 120.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 8 or (resid 9...
21(chain B and (resid 0 through 7 or (resid 8...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLUGLU(chain A and (resid 0 through 8 or (resid 9...AA0 - 88 - 16
12ASNASNASNASN(chain A and (resid 0 through 8 or (resid 9...AA917
13HISHISTHRTHR(chain A and (resid 0 through 8 or (resid 9...AA0 - 2418 - 249
14HISHISTHRTHR(chain A and (resid 0 through 8 or (resid 9...AA0 - 2418 - 249
15HISHISTHRTHR(chain A and (resid 0 through 8 or (resid 9...AA0 - 2418 - 249
16HISHISTHRTHR(chain A and (resid 0 through 8 or (resid 9...AA0 - 2418 - 249
21HISHISPROPRO(chain B and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB0 - 78 - 15
22GLUGLUASNASN(chain B and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB8 - 916 - 17
23HISHISSAMSAM(chain B and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB - C0 - 3018
24HISHISSAMSAM(chain B and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB - C0 - 3018
25HISHISSAMSAM(chain B and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB - C0 - 3018
26HISHISSAMSAM(chain B and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB - C0 - 3018

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量: 27841.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: rsmE, WHOW_01089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1D3F5D3, UniProt: Q5F4Y3*PLUS, 16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NegoA.00176.a.B1.PW37905 at 20 mg/mL with 4 mM SAM against JCSG+ screen condition C4 10% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0 supplemented with 20% EG and 2.5 mM AMP as cryo-protectant, crystal ...詳細: NegoA.00176.a.B1.PW37905 at 20 mg/mL with 4 mM SAM against JCSG+ screen condition C4 10% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0 supplemented with 20% EG and 2.5 mM AMP as cryo-protectant, crystal tracking ID 273658c4. unique puck ID llm2-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→28.944 Å / Num. obs: 21718 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.906 % / Biso Wilson estimate: 51.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.464.7440.5522.6916080.8570.61499.4
2.46-2.535.0070.3733.815500.9460.41399.4
2.53-2.64.9680.3614.314960.9470.499.3
2.6-2.685.0060.2865.4314580.9590.31799
2.68-2.775.0170.2157.0814390.9750.23799.2
2.77-2.874.9840.1689.0413870.9870.18699
2.87-2.985.0160.11912.2913210.9930.13299.1
2.98-3.14.9640.08416.6812830.9960.09398.8
3.1-3.244.9460.06620.8512330.9970.07399
3.24-3.394.9720.05523.9411820.9980.06198.8
3.39-3.584.8940.04628.4311370.9990.05198.4
3.58-3.794.9110.04133.0410580.9990.04598.7
3.79-4.064.8890.03240.669860.9990.03698.2
4.06-4.384.8850.02844.749530.9990.03298.1
4.38-4.84.8040.02746.338580.9990.0397.6
4.8-5.374.8210.02745.827770.9990.03197.4
5.37-6.24.7710.02645.416940.9990.02996.7
6.2-7.594.7580.02548.895920.9990.02895.3
7.59-10.734.6330.0253.054600.9990.02393.3
10.73-28.9443.890.01846.0824610.02183.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nxz

1nxz


解像度: 2.4→28.944 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 1902 8.77 %
Rwork0.1954 --
obs0.2006 21682 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.22 Å2 / Biso mean: 66.3046 Å2 / Biso min: 21.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→28.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3471 0 27 64 3562
Biso mean--55.91 52.92 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0154873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5222157
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1907X-RAY DIFFRACTION12.042TORSIONAL
12B1907X-RAY DIFFRACTION12.042TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4002-2.46020.33511420.2871402154499
2.4602-2.52660.34991240.25891407153199
2.5266-2.60090.35571430.25051395153899
2.6009-2.68480.34171320.24061385151799
2.6848-2.78070.30041530.24021392154599
2.7807-2.8920.30791250.23971427155299
2.892-3.02350.28831380.22821415155399
3.0235-3.18270.33731450.22351399154499
3.1827-3.38180.26831240.22861410153499
3.3818-3.64240.29411350.22181420155599
3.6424-4.00810.24081390.17791425156499
4.0081-4.58610.19451440.14831410155498
4.5861-5.77050.21311300.16811449157997
5.7705-28.9460.21131280.17281444157293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1349-3.23991.23112.1992-0.58070.5963-0.1108-1.35340.45150.95430.6828-0.39470.12120.15620.12791.27850.0507-0.24530.9013-0.01580.390813.988816.61130.0754
25.1268-2.62723.02271.2414-1.32794.5982-0.3331-0.7418-0.48721.68440.2792-0.1512-0.01880.23020.0441.2090.1393-0.32770.72310.02660.660916.560315.3847-3.1591
37.02140.52830.46663.58810.32391.5238-0.0948-0.3102-0.23730.60930.01550.09140.2887-0.04680.08530.41750.00260.01770.2728-0.0020.2415-0.716.9361-19.3029
46.99976.20923.38699.0660.38163.58910.1239-0.68970.92351.2993-0.76311.2692-0.3028-0.62890.83310.5180.06090.09230.643-0.14540.6498-8.706132.0225-22.9132
57.4621-2.8173-1.37817.678-0.87333.53340.17790.6470.2705-0.45490.05230.62-0.359-0.4408-0.10120.38870.07250.04820.3938-0.01390.3834-5.961531.3376-31.4358
67.2322-2.9994-1.67076.6637-1.11352.92290.02940.04480.53280.0627-0.1166-0.4639-0.22020.08090.12310.2827-0.0178-0.03240.25170.06670.36564.938229.3508-30.539
77.27822.55193.95264.41851.1763.21390.20540.9657-0.5665-1.2656-0.0794-0.34230.325-0.02-0.10560.92210.1515-0.0290.7229-0.07050.40222.646710.4559-56.8241
83.55961.63853.25871.68123.05355.51390.09110.06030.3521-1.88740.1576-0.1894-0.9035-1.1890.06021.35210.2121-0.18090.83250.28120.72436.761722.6749-54.544
93.0007-0.86090.9243.52361.33274.63680.32710.1140.1223-0.2769-0.0494-0.9670.27930.4269-0.21040.3813-0.00730.09890.3621-0.02820.654420.917714.3563-38.1888
105.85670.1042-0.17321.67441.61292.5145-0.0935-0.14230.60580.14250.1528-1.621-0.39660.68150.00250.3975-0.0709-0.01770.4874-0.07040.989923.470926.6704-29.6155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 19 )A0 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 76 )A20 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 152 )A77 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 169 )A153 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 170 through 207 )A170 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 208 through 241 )A208 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 59 )B0 - 59
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 60 through 76 )B60 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 77 through 164 )B77 - 164
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 165 through 241 )B165 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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