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- PDB-5vm2: Crystal structure of ECK1772, an oxidoreductase/dehydrogenase of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vm2
タイトルCrystal structure of ECK1772, an oxidoreductase/dehydrogenase of unknown specificity involved in membrane biogenesis from Escherichia coli
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(H) or NADP(H)-dependent oxidoreductase / dehydrogenase / Rossman fold / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)-dependent alcohol dehydrogenase / Uncharacterized zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein YdjJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.983 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / McChesney, C. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSCN27220120026C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ECK1772, an oxidoreductase/dehydrogenase of unknown specificity involved in membrane biogenesis from Escherichia coli
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7087
ポリマ－75,4942
非ポリマー2155
水11,746652
1
A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8363
ポリマ－37,7471
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8724
ポリマ－37,7471
非ポリマー1253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6736
ポリマ－75,4942
非ポリマー1794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA
4
B: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7448
ポリマ－75,4942
非ポリマー2506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.994, 70.888, 149.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-403-

CL

21B-711-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase / Putative oxidoreductase


分子量: 37746.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ARC77_00615, AU473_19815, BFL24_13020, ECs2483 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: C3T6X7, UniProt: P77280*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 1 mM magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→40 Å / Num. obs: 47841 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2349 / CC1/2: 0.747 / Rpim(I) all: 0.293 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2733精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E3J

1e3j


解像度: 1.983→39.312 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.63
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 1950 4.18 %RANDOM
Rwork0.1814 ---
obs0.1832 46646 97.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.983→39.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5270 0 5 652 5927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9277340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.9132056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063843
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9829-2.03250.26721230.24552877X-RAY DIFFRACTION89
2.0325-2.08750.33091270.2343014X-RAY DIFFRACTION93
2.0875-2.14890.26441330.22463063X-RAY DIFFRACTION94
2.1489-2.21820.2691390.21033124X-RAY DIFFRACTION96
2.2182-2.29750.2681400.20643143X-RAY DIFFRACTION97
2.2975-2.38950.24071380.20493166X-RAY DIFFRACTION98
2.3895-2.49820.27261390.20823182X-RAY DIFFRACTION98
2.4982-2.62990.25911410.21043216X-RAY DIFFRACTION99
2.6299-2.79460.27561420.20773252X-RAY DIFFRACTION99
2.7946-3.01040.2541440.20463262X-RAY DIFFRACTION100
3.0104-3.31320.21251410.18273277X-RAY DIFFRACTION99
3.3132-3.79220.20111450.16083314X-RAY DIFFRACTION100
3.7922-4.77650.17631470.14233341X-RAY DIFFRACTION100
4.7765-39.31930.21411510.17133465X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8986-0.5022-0.81813.34721.11311.60350.0645-0.04350.53840.72480.1956-0.4312-0.36620.3862-0.26880.63950.0001-0.07040.46110.01050.35861.531-2.267535.0954
20.4935-0.37010.01792.54030.97552.9069-0.1215-0.14760.06850.42080.12360.1346-0.0407-0.0706-0.00770.23340.02770.00960.31170.00650.302-8.909-5.385622.1246
37.6732-2.2299-3.00573.97350.1443.63030.08230.1356-0.4105-0.1869-0.2181-0.26510.3510.26170.15390.28990.0258-0.04150.2279-0.02820.38152.2808-22.76114.4283
48.1601-1.025-0.9877.151-1.77275.9935-0.0248-0.3020.1571-0.0141-0.0176-0.6927-0.37121.1607-0.10510.1738-0.0144-0.0020.36540.01890.36273.1605-8.95341.7506
50.61050.4235-0.90691.8849-1.57764.71430.0622-0.0487-0.05790.09870.0184-0.00210.11940.2255-0.0590.25620.0325-0.02760.28-0.02090.3233-4.1546-10.594713.5065
67.1082.86675.69248.04621.46266.73490.03020.0828-0.14891.13510.5118-1.17860.72951.0652-0.43340.47890.1079-0.17760.4375-0.08090.47038.2279-16.175730.5421
76.47650.2409-0.94663.70380.52264.1498-0.10110.46240.3969-0.9264-0.09290.1401-0.2256-0.30420.11760.59910.0665-0.0670.22860.00620.2929-31.9893-26.3905-22.8345
88.17224.8043-0.00837.65040.72466.5628-0.2880.22090.2835-1.01120.10550.3954-0.195-0.10350.19270.37760.0519-0.01670.23760.02350.2367-27.1087-11.0992-19.6038
90.6477-0.1292-0.71422.42231.21013.0099-0.04660.0496-0.0096-0.12620.0345-0.22870.09910.16310.00520.27360.01770.0210.23210.03220.2822-25.1234-21.6463-5.0877
107.452-0.9756-1.98645.91571.75194.11580.0911-0.2909-0.1050.4511-0.1310.07840.00760.03720.06980.2607-0.01850.02260.15620.03370.1576-36.9642-18.946613.4679
117.72330.1594-1.53546.8548-0.75235.21860.19260.1912-0.1658-0.1999-0.16440.8497-0.0267-0.6742-0.01540.1901-0.003-0.02050.219-0.00860.3035-36.5986-4.73675.1537
123.38221.58920.82295.39330.50633.01090.1194-0.0076-0.2695-0.1376-0.17720.19020.2598-0.3110.02770.22780.02680.03110.2232-0.03360.2114-33.3399-28.4102-7.7552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:76)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 77:189)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 190:235)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 236:274)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 275:321)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 322:347)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:88)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 89:122)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 123:194)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 195:236)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 237:288)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 289:347)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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