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- PDB-5vm1: Crystal structure of a xyloylose kinase from Brucella ovis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vm1
タイトルCrystal structure of a xyloylose kinase from Brucella ovis
要素Xylulokinase
キーワードTRANSFERASE / NIAID / structural genomics / brucellosis / kinase / ATP-dependent / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


xylulokinase / xylulose catabolic process / D-xylulokinase activity / D-xylose metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Xylulokinase / : / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain ...Xylulokinase / : / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Brucella ovis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a xyloylose kinase from
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Letesson, J.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylulokinase
B: Xylulokinase
C: Xylulokinase
D: Xylulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,2924
ポリマ－209,2924
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Xylulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3231
ポリマ－52,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xylulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3231
ポリマ－52,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Xylulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3231
ポリマ－52,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Xylulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3231
ポリマ－52,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Xylulokinase

C: Xylulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6462
ポリマ－104,6462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32730 Å2
手法PISA
6
B: Xylulokinase

D: Xylulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6462
ポリマ－104,6462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area2300 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.660, 167.070, 117.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 or (resid 1 and (name...
21(chain B and (resid 0 through 31 or (resid 32...
31(chain C and (resid 0 or (resid 1 and (name...
41(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and (resid 0 or (resid 1 and (name...AA08
12METMETMETMET(chain A and (resid 0 or (resid 1 and (name...AA19
13HISHISASPASP(chain A and (resid 0 or (resid 1 and (name...AA0 - 4838 - 491
14HISHISASPASP(chain A and (resid 0 or (resid 1 and (name...AA0 - 4838 - 491
15HISHISASPASP(chain A and (resid 0 or (resid 1 and (name...AA0 - 4838 - 491
16HISHISASPASP(chain A and (resid 0 or (resid 1 and (name...AA0 - 4838 - 491
21HISHISLEULEU(chain B and (resid 0 through 31 or (resid 32...BB0 - 318 - 39
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 0 through 31 or (resid 32...BB3240
23HISHISASPASP(chain B and (resid 0 through 31 or (resid 32...BB0 - 4838 - 491
24HISHISASPASP(chain B and (resid 0 through 31 or (resid 32...BB0 - 4838 - 491
25HISHISASPASP(chain B and (resid 0 through 31 or (resid 32...BB0 - 4838 - 491
26HISHISASPASP(chain B and (resid 0 through 31 or (resid 32...BB0 - 4838 - 491
31HISHISHISHIS(chain C and (resid 0 or (resid 1 and (name...CC08
32METMETMETMET(chain C and (resid 0 or (resid 1 and (name...CC19
33HISHISASPASP(chain C and (resid 0 or (resid 1 and (name...CC0 - 4838 - 491
34HISHISASPASP(chain C and (resid 0 or (resid 1 and (name...CC0 - 4838 - 491
35HISHISASPASP(chain C and (resid 0 or (resid 1 and (name...CC0 - 4838 - 491
36HISHISASPASP(chain C and (resid 0 or (resid 1 and (name...CC0 - 4838 - 491
41HISHISHISHIS(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD08
42METMETMETMET(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD19
43HISHISASPASP(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD0 - 4838 - 491
44HISHISASPASP(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD0 - 4838 - 491
45HISHISASPASP(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD0 - 4838 - 491
46HISHISASPASP(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD0 - 4838 - 491

-
要素

#1: タンパク質
Xylulokinase


分子量: 52322.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (バクテリア)
株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: xylB, BOV_0550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3APL8, xylulokinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: BrovA.00232.a.B1.PS02131 at 15.8 mg/mL against MCSG1 screen condition B3 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG3350 supplemented with 20% EG as cryo in 2 steps, unique puck ID ...詳細: BrovA.00232.a.B1.PS02131 at 15.8 mg/mL against MCSG1 screen condition B3 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG3350 supplemented with 20% EG as cryo in 2 steps, unique puck ID zxp4-1, crystal tracking ID 257586b3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→47.481 Å / Num. obs: 50090 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.263 % / Biso Wilson estimate: 54.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 15.21 / Num. measured all: 163446 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.75-2.823.2530.542.4237160.7570.64799.7
2.82-2.93.2520.4262.9936240.8280.50999.3
2.9-2.983.2630.3343.7835150.8970.499.5
2.98-3.073.260.2654.8734630.9240.31798.9
3.07-3.183.260.211633000.9510.25299.6
3.18-3.293.2540.1617.6332030.9690.19398.9
3.29-3.413.270.1249.8930980.9810.14899.1
3.41-3.553.260.09712.2929570.9880.11698.8
3.55-3.713.2670.07714.9928830.9930.09298.6
3.71-3.893.280.06317.9126830.9940.07598.7
3.89-4.13.2630.05320.5926000.9960.06398.6
4.1-4.353.280.04523.4424660.9970.05498.4
4.35-4.653.2850.0426.4722770.9970.04898.1
4.65-5.023.2610.03728.4621190.9970.04497.8
5.02-5.53.2740.03728.3119500.9970.04497.3
5.5-6.153.3030.03728.5417760.9970.04497.6
6.15-7.13.2620.03231.715660.9980.03897.5
7.1-8.73.2890.02338.7313350.9990.02896.8
8.7-12.33.2150.02144.7810160.9990.02697
12.3-47.4813.0640.02245.415430.9990.02690

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IFR

3ifr


解像度: 2.75→47.481 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 2062 4.12 %
Rwork0.1664 --
obs0.1691 50052 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.91 Å2 / Biso mean: 62.8348 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→47.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13968 0 0 136 14104
Biso mean---43.54 -
残基数----1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0219579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7148334
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8107X-RAY DIFFRACTION9.312TORSIONAL
12B8107X-RAY DIFFRACTION9.312TORSIONAL
13C8107X-RAY DIFFRACTION9.312TORSIONAL
14D8107X-RAY DIFFRACTION9.312TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7499-2.81390.33071330.25863230336399
2.8139-2.88420.31511410.24183212335399
2.8842-2.96220.2961340.2213197333199
2.9622-3.04940.33211260.21513250337699
3.0494-3.14780.29851330.21473163329699
3.1478-3.26030.26561470.21973236338399
3.2603-3.39080.28091290.20873195332499
3.3908-3.5450.29981440.18023197334199
3.545-3.73190.23321490.16413210335999
3.7319-3.96560.22661280.15053228335699
3.9656-4.27160.19711380.13643196333498
4.2716-4.70110.16251350.11973180331598
4.7011-5.38050.17261260.12743168329498
5.3805-6.77580.24261550.1683162331797
6.7758-47.48820.18371440.14893166331096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9909-1.0972-0.25913.6887-0.13322.46820.21330.01850.9550.0768-0.1372-0.1294-0.7355-0.3591-0.10120.35580.10070.00040.36210.00740.359569.272212.836144.5924
24.4176-0.3640.43212.8339-0.12242.8237-0.0503-0.56560.14350.15890.0753-0.1681-0.13350.2082-0.03050.21670.0374-0.00340.44260.05040.288577.4206-1.284349.7176
31.5280.0045-0.19950.59640.37064.88610.0131-0.167-0.0868-0.07270.13490.1913-0.5128-0.2145-0.13280.23890.01170.01410.32390.04550.366762.6543-2.22933.3443
42.88280.0058-0.33292.4049-1.045.3469-0.17550.1273-0.1478-0.4160.2094-0.01970.0854-0.2278-0.06740.2721-0.0448-0.00010.2145-0.04560.314966.7033-8.428918.0612
51.7561-0.8397-0.35491.73911.90965.18510.0491-0.1725-0.1591-0.1477-0.11030.2474-0.0533-0.81480.06750.2396-0.04260.01570.40120.10310.407755.9215-4.906529.6438
60.4807-0.2412-0.55562.7506-0.55811.81230.1286-0.1306-0.09340.30890.0751.28440.5915-0.6342-0.07470.6084-0.30240.00360.84190.4261.086238.8648-45.15853.8087
70.7436-0.51011.03110.3593-0.86332.69890.28520.2566-0.39120.54240.13760.85960.7476-0.70330.08910.7658-0.53390.16051.33180.88261.283234.6011-47.922362.618
81.1663-0.2937-0.15352.5311-0.71851.9638-0.02490.06440.02940.33230.38390.4459-0.0116-0.7215-0.34550.4672-0.06790.02460.65540.28160.592248.0441-28.651752.8846
90.99220.1248-0.29490.64970.50620.5884-0.1453-0.6791-0.050.71380.47160.4949-0.0331-0.457-0.19170.6401-0.05350.03590.64360.23740.506453.7137-32.635262.4342
101.2315-0.1829-0.57461.17160.59020.5115-0.2595-0.4351-0.2585-0.00450.34190.25551.0763-0.25-0.10620.8511-0.1018-0.10410.58930.22680.505958.456-46.163850.6776
110.6014-0.0724-0.35510.0149-0.07241.23560.22480.0303-0.2765-0.0726-0.1543-0.12260.6887-0.1167-0.07530.871-0.1225-0.09980.36280.13490.512154.6471-49.769128.4062
121.0625-0.12690.74692.1267-0.3090.55650.5847-0.3878-0.29520.4418-0.291-0.12771.2673-0.2742-0.08131.2975-0.2426-0.08860.55830.18290.616656.5735-58.687440.5793
130.27730.0934-1.01720.2369-0.28624.34390.2068-0.1716-0.40140.3714-0.04010.01030.69260.1409-0.01291.0566-0.1061-0.12220.49510.23170.571959.2883-53.480141.8389
142.33681.64380.15743.1187-2.1393.07450.11460.73250.66010.05470.32480.4533-0.75280.1285-0.43681.4497-0.1205-0.03510.68370.09190.589646.51042.0284.2951
151.4520.2907-0.23992.162-0.04962.0983-0.39310.69360.3249-1.15180.40620.0001-0.4238-0.3605-0.03481.457-0.2295-0.02510.85910.10470.610247.978-1.886178.0861
162.5415-0.2919-0.57690.6813-0.91722.9291-0.19330.8295-0.1551-0.73230.21540.1632-0.0667-0.141-0.04051.1807-0.2492-0.0510.7191-0.09430.46443.2623-17.39685.4855
170.4432-0.0112-0.58790.0163-0.28354.37180.12140.3650.3837-0.98760.2906-0.1420.0293-0.1132-0.29011.2068-0.30910.09420.79010.04380.525558.1196-4.607986.5628
181.7806-0.4445-0.69440.4961-0.72062.9931-0.01950.2273-0.0227-0.56910.2573-0.2562-0.17820.308-0.23680.5925-0.20730.12970.4884-0.13240.414255.9919-8.0128110.182
194.99230.51530.65184.09260.43263.1516-0.08070.44620.0101-0.8706-0.0144-0.1079-0.88750.8750.13890.7713-0.26790.1770.7102-0.09040.465465.5976-2.1077104.1123
201.6507-0.9831-0.68131.033-0.15241.8967-0.22260.40240.0415-1.1220.4005-0.5541-0.70440.8963-0.23711.1643-0.48320.24091.0563-0.10270.666467.0728-2.27988.6977
218.7617.6719-3.58398.8492-2.55295.5827-0.40980.13390.0768-0.4530.3447-0.06490.57030.36230.00780.4509-0.02510.02920.497-0.06870.318559.3586-14.102120.1726
227.5275-3.96975.65697.2075-5.96328.5746-0.751-0.06740.348-0.28480.2322-0.2285-0.0596-0.25740.47720.7695-0.0709-0.10710.3324-0.05780.541475.8889-58.794196.5877
232.41391.16350.80392.69430.87812.2039-0.6180.4788-0.6038-0.68210.7618-0.4079-0.00470.4607-0.18680.8467-0.1820.11070.4921-0.19170.554788.5253-55.302294.0988
241.29941.0223-0.10051.49361.41393.733-0.19230.18570.0151-0.37280.1920.13210.056-0.28910.02160.6025-0.0056-0.10410.26490.01920.410279.2598-42.0828112.3633
252.2896-0.0107-1.11972.08861.0814.1939-0.0037-0.0992-0.2304-0.09020.04550.12180.0233-0.0453-0.09030.5347-0.0368-0.09590.286-0.01360.38781.4552-40.715123.0777
263.25560.00581.79020.5650.74311.9829-0.3590.01950.1395-0.6880.13590.3214-0.3822-0.25640.18720.72270.0458-0.18350.40920.0130.490671.0351-36.845109.6065
271.23570.87320.23151.61551.22464.5893-0.14510.11580.151-0.54880.28940.2883-0.8816-0.5562-0.13380.7484-0.0411-0.13240.34250.07820.466577.008-36.9301108.4835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 60 )A0 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 220 )A61 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 221 through 328 )A221 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 329 through 384 )A329 - 384
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 385 through 483 )A385 - 483
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 44 )B0 - 44
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 45 through 77 )B45 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 78 through 175 )B78 - 175
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 176 through 228 )B176 - 228
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 229 through 286 )B229 - 286
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 287 through 384 )B287 - 384
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 385 through 424 )B385 - 424
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 425 through 483 )B425 - 483
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 0 through 60 )C0 - 60
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 61 through 90 )C61 - 90
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 91 through 220 )C91 - 220
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 221 through 258 )C221 - 258
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 259 through 384 )C259 - 384
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 385 through 424 )C385 - 424
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 425 through 458 )C425 - 458
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 459 through 483 )C459 - 483
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 0 through 44 )D0 - 44
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 45 through 258 )D45 - 258
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 259 through 328 )D259 - 328
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 329 through 384 )D329 - 384
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 385 through 424 )D385 - 424
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 425 through 483 )D425 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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