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万見
- PDB-5vle: Ultrahigh Resolution X-Ray Crystal Structure of Ruthenocene Conju... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vle
タイトルUltrahigh Resolution X-Ray Crystal Structure of Ruthenocene Conjugated Penicilloate and Penilloate Products in Complex with CTX-M-14 E166A Beta-Lactamase
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Beta-Lactamase / organometallic / Ruthenocene / CTX-M-14
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JSC / Chem-JSD / Chem-JSE / : / PHOSPHATE ION / RUTHENIUM ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Lewandowski, E.M. / Chen, Y.
資金援助 米国, ポーランド, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI03158 米国
Polish National Science CentreDEC-2013/11/B/ST5/00997 ポーランド
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Mechanisms of proton relay and product release by Class A beta-lactamase at ultrahigh resolution.
著者: Lewandowski, E.M. / Lethbridge, K.G. / Sanishvili, R. / Skiba, J. / Kowalski, K. / Chen, Y.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.02019年12月11日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,22412
ポリマ－55,8512
非ポリマー3,37310
水12,016667
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1327
ポリマ－27,9251
非ポリマー2,2066
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0935
ポリマ－27,9251
非ポリマー1,1674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.745, 106.418, 47.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27925.480 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-284 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 677分子

#2: 化合物 ChemComp-JSD / [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium


分子量: 494.506 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N2O4RuS
#3: 化合物 ChemComp-JSC / [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium


分子量: 538.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N2O6RuS
#4: 化合物 ChemComp-JSE / [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium


分子量: 538.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N2O6RuS
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-RU / RUTHENIUM ION


分子量: 101.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ru
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→50 Å / Num. obs: 374335 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 45.77
反射 シェル解像度: 0.85→0.86 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 17884 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 0.85→10 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.109 ---
obs-320421 98.7 %-
Rfree---RANDOM
Refine analyzeNum. disordered residues: 225 / Occupancy sum hydrogen: 3758.1 / Occupancy sum non hydrogen: 4594.4
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3899 0 170 668 4737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.112
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.099
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル最高解像度: 0.85 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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