PDB-5vl6: Peptide 38138 modified from fragment 21-37 of Plasmodium falcipar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vl6

タイトル

Peptide 38138 modified from fragment 21-37 of Plasmodium falciparum Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoite (Pf-CelTOS)

要素

Peptide 38138

キーワード

CELL INVASION / Modified peptide / Chemically synthesized / Pf-CelTOS / Alpha helix residues 8-14

機能・相同性

Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites / Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites / Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Bermudez, A. / Patarroyo, M.E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Peptide 38138 modified from fragment 21-37 of Plasmodium falciparum Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoite (Pf-CelTOS)
著者: Bermudez, A. / Patarroyo, M.E.

履歴

登録	2017年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vl6.cif.gz	46.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vl6.ent.gz	31.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vl6_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vl6_full_validation.pdf.gz	543.4 KB	表示
XML形式データ	5vl6_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	5vl6_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vln
類似構造データ	6v1n-d 6uxs-d 2m1t-d 1mzi-d 5mxs-d 2bp4-d 5mlo-3 6bvx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30287Peptide 38138 modified from fragment 21-37 of Plasmodium falciparum Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoite (Pf-CelTOS)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide 38138

1.87 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	9 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Peptide 38138 分子量: 1873.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Peptide 38138 modified from fragment 21-37 of Plasmodium falciparum Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoite (Pf-CelTOS) 由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q8I5P1*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	anisotropic	1	2D DQF-COSY; 2D 1H-1H TOCSY; 2D 1H-1H NOESY
2	2	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
3	3	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
4	4	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

NMR実験の詳細

Text: NULL

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 16.6 mg/mL 38138, trifluoroethanol/water
詳細: Peptide 38138 modified from fragment 21-37 of Plasmodium falciparum Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoite (Pf-CelTOS)
Label: 38138 / 溶媒系: trifluoroethanol/water

試料

濃度: 16.6 mg/mL / 構成要素: 38138 / Isotopic labeling: natural abundance

試料状態

イオン強度: NULL Not defined / pH: 3.7 / PH err: 0.1 / 圧: AMBIENT ATM mmHg / Temperature err: 0.1

Conditions-ID	詳細	Label	温度 (K)
1	TEMPERATURE AMBIENT	38138 (295)	295 K
2	TEMPERATURE 285 K	38138 (285)	285 K
3	TEMPERATURE 305 K	38138 (305)	305 K
4	TEMPERATURE 315 K	38138 (315)	315 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Insight II	ACCELRYS SOFTWARE INC.	精密化
Insight II		構造決定

精密化

手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 193 NOES

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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