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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vl5 | ||||||
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タイトル | Coordination Chemistry within a Protein Host: Regulation of the Secondary Coordination Sphere | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | BIOTIN BINDING PROTEIN / streptavidin / biotin / copper / azide / secondary coordination sphere / hydrogen bond | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mann, S.I. / Heinisch, T. / Ward, T.R. / Borovik, A.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Coordination chemistry within a protein host: regulation of the secondary coordination sphere. 著者: Mann, S.I. / Heinisch, T. / Ward, T.R. / Borovik, A.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 762 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 766.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16570.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-S31 / [ |
#3: 化合物 | ChemComp-CU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→55.1 Å / Num. obs: 27425 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1349 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.371 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→55.07 Å
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拘束条件 |
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