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- PDB-5vk0: Crystal structure of human MDM2 in complex with a 12-mer lysine-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vk0
タイトルCrystal structure of human MDM2 in complex with a 12-mer lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
  • Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / MDM2-PEPTIDE INHIBITOR COMPLEX / ONCOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / LIGASE / METAL-BINDING / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / PROTO-ONCOGENE / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC-FINGER / stapled peptide / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / peroxisome proliferator activated receptor binding / SUMO transferase activity / negative regulation of protein processing / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / response to iron ion / AKT phosphorylates targets in the cytosol / cellular response to peptide hormone stimulus / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / regulation of protein catabolic process / blood vessel development / cardiac septum morphogenesis / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to magnesium ion / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / protein localization to nucleus / cellular response to UV-C / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein autoubiquitination / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / regulation of heart rate / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of protein export from nucleus / proteolysis involved in protein catabolic process / response to cocaine / ubiquitin binding / Stabilization of p53 / Regulation of RUNX3 expression and activity / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / establishment of protein localization / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / response to toxic substance / cellular response to gamma radiation / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / cellular response to hypoxia / 5S rRNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI116274 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Dithiocarbamate-inspired side chain stapling chemistry for peptide drug design.
著者: Li, X. / Tolbert, W.D. / Hu, H.G. / Gohain, N. / Zou, Y. / Niu, F. / He, W.X. / Yuan, W. / Su, J.C. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年7月10日Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
F: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
G: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
H: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
I: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
J: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
K: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
L: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
M: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
N: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
O: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
P: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
Q: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
R: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
S: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
T: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
U: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
V: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
W: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
X: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,82326
ポリマ－138,75224
非ポリマー712
水7,530418
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6120 Å2
手法PISA
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5983
ポリマ－11,5632
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
3
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
F: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6200 Å2
手法PISA
4
G: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
H: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5880 Å2
手法PISA
5
I: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
J: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6050 Å2
手法PISA
6
K: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
L: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
7
M: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
N: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
8
O: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
P: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
9
Q: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
R: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5690 Å2
手法PISA
10
S: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
T: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6020 Å2
手法PISA
11
U: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
V: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5830 Å2
手法PISA
12
W: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
X: Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5983
ポリマ－11,5632
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.838, 157.470, 196.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53- ...Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 10044.889 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 25-109 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド
Lysine-cysteine side chain dithiocarbamate stapled peptide inhibitor PMI


分子量: 1517.791 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1340 mM ammonium sulfate, 6.7% glycerol, 50 mM magnesium sulfate, 100 mM imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.338
111/2H+1/2K, 3/2H-1/2K, -L20.32
11-1/2H+1/2K, 3/2H+1/2K, -L30.343
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 123372 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4192 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EQS

3eqs


解像度: 1.8→41.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.755 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24656 6374 5.2 %RANDOM
Rwork0.19793 ---
obs0.20046 116968 95.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.8 Å20 Å20 Å2
2--5.31 Å20 Å2
3----16.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9689 0 2 418 10109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.029948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4951.99913252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3723.00122567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.27451118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.17123.202406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.576151872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4361548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0210282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9761.9314661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9761.9314659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3482.8735676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3482.8735677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8481.9865286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8481.9865287
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1842.9557575
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.09136.51441030
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.09136.51441028
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.803→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 517 -
Rwork0.185 8459 -
obs--93.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6328-0.85750.05743.3814-0.3781.10280.03710.0415-0.05380.23540.01020.2453-0.02850.0554-0.04730.04440.00190.02340.0243-0.00710.0219-3.6307-20.1555-27.7916
20.8466-0.4677-0.07713.4754-0.21251.11890.03990.05940.00010.2031-0.01840.09430.02670.078-0.02140.02310.00410.00720.0147-0.00260.004718.7919.1983-27.8852
30.4218-0.1985-0.07542.66170.13381.0204-0.00220.0203-0.010.2022-0.02280.049-0.0762-0.03230.0250.05020.0121-0.00620.10010.00750.058539.7361-22.9086-27.1111
42.32210.2788-0.49310.69290.09362.03740.03660.14490.0425-0.2061-0.0956-0.1135-0.12950.07560.0590.07060.03310.03490.03730.02950.02726.693-33.2233-60.6782
51.9429-0.089-0.15181.9129-0.07561.8922-0.0239-0.1120.09460.2402-0.09810.1942-0.1487-0.06530.1220.0407-0.00570.01340.0153-0.0220.0354-4.24396.7174-37.9134
60.94620.1488-0.25431.42430.07131.573-0.0672-0.19380.03390.08610.046-0.007-0.0257-0.00330.02120.0906-0.01050.00230.09030.00650.122537.7255-13.2251-4.8078
70.6712-0.2696-0.32891.00950.02731.60430.0205-0.14180.06160.0591-0.0204-0.0141-0.04430.115-00.0773-0.028-0.00320.07280.00270.0957-7.847-12.4535-5.1783
81.01410.1670.46491.05440.34771.1291-0.00450.1047-0.0502-0.08680.02910.0368-0.0752-0.0455-0.02460.10630.0167-0.00190.09340.00390.087812.0286-26.55275.8769
92.3716-0.3921-0.66711.0573-0.13131.8551-0.0368-0.1819-0.10090.2110.02730.10840.0220.10410.00940.04520.00420.02060.01570.00760.012816.9104-35.4843-38.8081
101.0772-0.2099-0.0623.0328-0.03031.3374-0.02870.0484-0.02660.13650.03870.0935-0.0451-0.0623-0.010.02250.01520.00490.05960.00990.061417.417-62.887-26.642
111.3724-0.7227-0.10471.2111-0.11571.0098-0.0088-0.16540.00110.16330.01920.11560.0171-0.0472-0.01040.1135-0.02560.00590.0999-0.0050.119811.0818-52.3736-5.9983
122.61030.0618-0.10451.3953-0.35192.24470.0123-0.2350.07730.2639-0.0380.1035-0.0591-0.11340.02580.0502-0.00790.02130.03-0.01390.021139.62712.7405-38.68
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2C25 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3E26 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4G25 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5I26 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6K27 - 109
7X-RAY DIFFRACTION7M25 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8O26 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9Q26 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10S25 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11U25 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12W25 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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