PDB-5vix: Crystal structure of Polyubiquitin with 3 ub domains, domains 1 a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vix

タイトル

Crystal structure of Polyubiquitin with 3 ub domains, domains 1 and 2, from Naegleria fowleri ATCC 30863

要素

Polyubiquitin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Structural Genomics / Naegleria fowleri / polyubiquitin / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of polyubiquitin with 3 ub domains, domains 1 and 2, from Naegleria fowleri ATCC 30863
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2019年7月3日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 2.0	2020年6月17日	Group: Atomic model / Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vix.cif.gz	85.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vix.ent.gz	62.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vix_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vix_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	5vix_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	5vix_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h07S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mby-d 4efo-d 2awx-d 5u0i-d 2poi-1 1sph-d 1yza-d 3gzl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NafoA.19251.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyubiquitin

ヘテロ分子

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.020, 67.710, 35.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polyubiquitin 分子量: 18232.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-152 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) プラスミド: NafoA.19251.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D2V6G7
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Rigaku Reagents JCSG+ C3: 200mM Ammonium nitrate, 20% PEG 3350: NafoA.19251.a.B1.PS38167 at 20mg/ml: cryo: 20% EG: tray 288541C3: puck FIQ0-2.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月12日

放射

モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→32.608 Å / Num. obs: 21353 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.16 % / B_iso Wilson estimate: 19.21 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	4.056	0.567	2.31	1549	0.873	0.653	99.7
1.59-1.63	4.232	0.462	2.88	1557	0.933	0.527	98
1.63-1.68	4.178	0.374	3.47	1460	0.956	0.428	99.4
1.68-1.73	4.23	0.294	4.5	1437	0.966	0.336	98.8
1.73-1.79	4.2	0.222	5.94	1428	0.98	0.253	98.6
1.79-1.85	4.202	0.17	7.42	1329	0.988	0.195	99.8
1.85-1.92	4.208	0.126	10.01	1328	0.991	0.144	99
1.92-2	4.186	0.102	12.29	1279	0.993	0.116	98.4
2-2.09	4.205	0.086	14.87	1203	0.994	0.098	100
2.09-2.19	4.187	0.071	17.09	1156	0.996	0.081	99
2.19-2.31	4.129	0.059	19.41	1098	0.996	0.068	99.5
2.31-2.45	4.165	0.056	21.07	1060	0.996	0.064	99.3
2.45-2.62	4.126	0.052	22.73	983	0.996	0.06	99.5
2.62-2.83	4.13	0.048	24.89	928	0.996	0.055	99.6
2.83-3.1	4.109	0.044	27.04	844	0.997	0.05	99.3
3.1-3.47	4.105	0.042	29.15	770	0.996	0.048	99.5
3.47-4	4.094	0.039	30.65	670	0.998	0.045	99.4
4-4.9	4.097	0.036	31.31	580	0.997	0.041	98.8
4.9-6.93	4.085	0.036	30.66	447	0.998	0.041	99.1
6.93-50	3.842	0.037	30.46	247	0.995	0.044	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5h07

5h07

解像度: 1.55→32.608 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.68

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2041	1862	8.73 %	RANDOM SELECTION, 0
R_work	0.1709	-	-	-
obs	0.1739	21330	99.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.72 Å² / B_iso mean: 31.2474 Å² / B_iso min: 12.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→32.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1214	0	12	170	1396
B_iso mean	-	-	34.73	40.39	-
残基数	-	-	-	-	154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1315
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	1792
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	215
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	236
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.691	830

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5501-1.592	0.3219	152	0.2578	1457	1609	100
1.592-1.6388	0.276	139	0.2512	1497	1636	98
1.6388-1.6917	0.3149	148	0.2445	1482	1630	99
1.6917-1.7522	0.2638	139	0.2234	1460	1599	99
1.7522-1.8223	0.2581	152	0.2078	1496	1648	99
1.8223-1.9053	0.2197	147	0.1865	1490	1637	99
1.9053-2.0057	0.1975	127	0.1722	1519	1646	99
2.0057-2.1314	0.2225	114	0.1645	1524	1638	100
2.1314-2.2959	0.207	139	0.175	1509	1648	100
2.2959-2.5268	0.226	119	0.1804	1534	1653	100
2.5268-2.8923	0.21	150	0.1805	1496	1646	100
2.8923-3.6432	0.1905	170	0.156	1484	1654	100
3.6432-32.6147	0.1665	166	0.141	1520	1686	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2426	-4.6505	-4.0344	7.8315	5.8166	9.8852	-0.1342	-0.177	0.0062	0.2818	0.2426	-0.3285	0.8986	0.3525	-0.2103	0.2503	0.0388	-0.0019	0.251	0.0184	0.2464	7.5946	-3.7591	6.4503
2	4.2136	0.2085	2.3576	1.2468	-1.3476	3.1912	0.1382	-0.4812	-0.107	0.3143	0.2244	-0.0522	0.5995	-0.3884	-0.3023	0.2168	-0.0266	0.0037	0.2238	0.0807	0.1834	0.9897	-1.9789	8.6484
3	6.8264	0.6622	-1.387	8.0209	-1.0073	4.36	-0.0013	-0.2792	-0.642	-0.0357	-0.0364	0.5352	0.5759	-0.518	0.0549	0.1955	-0.0739	-0.0491	0.2189	0.0419	0.2393	-6.3873	-2.9491	3.2072
4	5.2705	-0.4031	2.8557	5.4804	-0.0372	4.1212	-0.0169	0.2713	-0.0685	-0.2201	-0.0611	-0.1283	0.0424	0.2228	0.0447	0.1393	-0.0066	0.0178	0.1664	0.0185	0.1051	4.998	3.0432	-1.0075
5	1.3035	-1.3271	0.3452	1.8607	-0.5316	0.1395	-0.3218	-0.5122	-0.1197	0.0464	0.2601	0.4381	0.2414	-0.9406	-0.0061	0.1304	-0.0621	-0.0106	0.4534	0.0061	0.2434	-9.0677	6.9438	3.2739
6	2.1206	1.3172	3.0763	6.643	0.3225	5.4244	-0.0832	-0.166	-0.1904	0.5015	0.0977	-0.2399	0.5732	0.5671	-0.0095	0.1888	-0.0029	-0.0093	0.3917	0.0221	0.1582	-4.5398	6.0354	-13.7432
7	6.1951	0.1698	3.4621	6.3094	-0.359	5.6534	-0.1627	-0.447	0.5593	0.4557	-0.1423	-0.045	-0.5786	0.0787	0.3464	0.2412	-0.0432	-0.0097	0.2119	-0.0768	0.1588	-6.2207	17.3089	-11.4785
8	7.1803	2.2962	3.1568	5.1084	0.5858	1.4452	-0.5141	0.7454	0.3862	-0.3224	0.0462	-0.4975	-0.5423	1.5037	0.1269	0.1886	-0.1735	-0.0193	0.5253	0.0683	0.2601	0.5095	16.0274	-19.4796
9	7.505	0.0724	0.6241	6.9812	3.4294	6.181	-0.0941	-0.1333	0.4657	-0.2172	-0.1895	0.467	-0.5574	-0.3558	0.1723	0.1351	0.012	-0.0181	0.2148	-0.0553	0.1703	-13.862	14.871	-19.9717
10	3.7121	3.5212	-3.4484	7.3711	-2.8117	3.486	-0.4731	0.3755	-0.3301	-0.0721	0.2047	-0.9129	-0.1844	-0.0131	0.0813	0.1955	-0.0275	0.0084	0.3034	-0.0007	0.262	0.0863	10.7112	-22.3244

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 7 )	A	-3 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 22 )	A	8 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 44 )	A	23 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 65 )	A	45 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 66 through 77 )	A	66 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 92 )	A	78 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 93 through 110 )	A	93 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 111 through 120 )	A	111 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 121 through 141 )	A	121 - 141
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 142 through 150 )	A	142 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)