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- PDB-5vit: Crystal structure of a Pseudomonas malonate decarboxylase hetero-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vit
タイトルCrystal structure of a Pseudomonas malonate decarboxylase hetero-tetramer in complex with malonate
要素
  • MdcA
  • MdcC
  • MdcD
  • MdcE
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein / acetyl-CoA carboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase / biotin-independent malonate decarboxylase / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / carboxy-lyase activity / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malonate decarboxylase delta subunit / Malonate decarboxylase/citrate lyase acyl carrier protein / Malonate decarboxylase delta subunit (MdcD) / Acetyl-S-ACP:malonate ACP transferase / Biotin-dependent malonate decarboxylase, gamma subunit / Biotin-independent malonate decarboxylase, beta subunit / Malonate decarboxylase gamma subunit / Malonate decarboxylase, alpha subunit, transporter / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. ...Malonate decarboxylase delta subunit / Malonate decarboxylase/citrate lyase acyl carrier protein / Malonate decarboxylase delta subunit (MdcD) / Acetyl-S-ACP:malonate ACP transferase / Biotin-dependent malonate decarboxylase, gamma subunit / Biotin-independent malonate decarboxylase, beta subunit / Malonate decarboxylase gamma subunit / Malonate decarboxylase, alpha subunit, transporter / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / NagB/RpiA transferase-like / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Biotin-independent malonate decarboxylase subunit beta / Malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase MADD / Malonate decarboxylase acyl carrier protein / Malonate decarboxylase gamma subunit / Malonate decarboxylase beta subunit / Malonate decarboxylase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Maderbocus, R. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a Pseudomonas malonate decarboxylase holoenzyme hetero-tetramer.
著者: Maderbocus, R. / Fields, B.L. / Hamilton, K. / Luo, S. / Tran, T.H. / Dietrich, L.E.P. / Tong, L.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MdcA
C: MdcC
D: MdcD
E: MdcE
P: MdcA
R: MdcC
S: MdcD
T: MdcE
I: MdcA
K: MdcC
L: MdcD
M: MdcE
V: MdcA
X: MdcC
Y: MdcD
Z: MdcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)532,07720
ポリマ－531,66916
非ポリマー4084
水26,2841459
1
A: MdcA
C: MdcC
D: MdcD
E: MdcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,0195
ポリマ－132,9174
非ポリマー1021
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
P: MdcA
R: MdcC
S: MdcD
T: MdcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,0195
ポリマ－132,9174
非ポリマー1021
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: MdcA
K: MdcC
L: MdcD
M: MdcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,0195
ポリマ－132,9174
非ポリマー1021
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
V: MdcA
X: MdcC
Y: MdcD
Z: MdcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,0195
ポリマ－132,9174
非ポリマー1021
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: MdcA
C: MdcC
P: MdcA
R: MdcC
Y: MdcD
Z: MdcE
ヘテロ分子

L: MdcD
M: MdcE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,03810
ポリマ－265,8348
非ポリマー2042
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
Buried area30830 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area77170 Å2
手法PISA
6
I: MdcA
K: MdcC
V: MdcA
X: MdcC
ヘテロ分子

S: MdcD
T: MdcE

D: MdcD
E: MdcE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,03810
ポリマ－265,8348
非ポリマー2042
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area30770 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area76690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.510, 161.450, 102.720
Angle α, β, γ (deg.)90.80, 93.76, 90.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 4種, 16分子 APIVCRKXDSLYETMZ

#1: タンパク質
MdcA / Malonate decarboxylase alpha subunit


分子量: 61501.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: mdcA, PA0208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6T0
#2: タンパク質
MdcC / Malonate decarboxylase acyl carrier protein / Malonate decarboxylase subunit delta


分子量: 10692.981 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: mdcC, PFL_5818 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K4F7
#3: タンパク質
MdcD / Biotin-independent malonate decarboxylase subunit beta / Malonate decarboxylase subunit beta / ...Biotin-independent malonate decarboxylase subunit beta / Malonate decarboxylase subunit beta / Malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase MADC / Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit


分子量: 30371.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: madC, mdcD, AO964_31600, AOY09_06294, BH593_13640, PAERUG_E15_London_28_01_14_07061, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_04127, PAMH19_0209
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A071KS24, UniProt: Q9I6S7*PLUS, malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase, methylmalonyl-CoA carboxytransferase
#4: タンパク質
MdcE / Biotin-independent malonate decarboxylase subunit gamma / Malonate decarboxylase / gamma subunit / ...Biotin-independent malonate decarboxylase subunit gamma / Malonate decarboxylase / gamma subunit / Malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase MADD


分子量: 30351.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: madD, AO964_31595, AOY09_06293, PAERUG_E15_London_28_01_14_07062, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_04128
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0C6EV56, UniProt: Q9I6S6*PLUS, malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase

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非ポリマー , 2種, 1463分子

#5: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG3350 and 8% Tacsimate / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 294135 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.203→49.043 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 14608 4.97 %
Rwork0.1857 --
obs0.188 294062 97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.203→49.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35976 0 28 1459 37463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00936724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19249852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20813680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2028-2.22790.33064060.27297801X-RAY DIFFRACTION81
2.2279-2.25410.32364640.26589099X-RAY DIFFRACTION96
2.2541-2.28160.31035310.25449354X-RAY DIFFRACTION96
2.2816-2.31040.31174770.24949255X-RAY DIFFRACTION97
2.3104-2.34080.29184750.24519360X-RAY DIFFRACTION97
2.3408-2.37290.29824720.24459312X-RAY DIFFRACTION97
2.3729-2.40680.29994910.2379380X-RAY DIFFRACTION98
2.4068-2.44270.29295290.2359379X-RAY DIFFRACTION98
2.4427-2.48090.29565170.23299316X-RAY DIFFRACTION98
2.4809-2.52160.28444960.23099434X-RAY DIFFRACTION98
2.5216-2.5650.2955350.22259284X-RAY DIFFRACTION98
2.565-2.61170.27365160.22069350X-RAY DIFFRACTION98
2.6117-2.66190.28984790.21929404X-RAY DIFFRACTION98
2.6619-2.71620.28794820.21479407X-RAY DIFFRACTION98
2.7162-2.77530.26584830.20919453X-RAY DIFFRACTION98
2.7753-2.83980.29534860.21429391X-RAY DIFFRACTION98
2.8398-2.91090.25864830.21799399X-RAY DIFFRACTION98
2.9109-2.98960.2674650.21779421X-RAY DIFFRACTION98
2.9896-3.07750.27934800.21949404X-RAY DIFFRACTION98
3.0775-3.17680.27864840.22159451X-RAY DIFFRACTION98
3.1768-3.29030.25975230.21339397X-RAY DIFFRACTION98
3.2903-3.42210.25254690.20679401X-RAY DIFFRACTION98
3.4221-3.57780.23654960.19189419X-RAY DIFFRACTION98
3.5778-3.76630.22154370.17319447X-RAY DIFFRACTION98
3.7663-4.00220.2074810.15569309X-RAY DIFFRACTION97
4.0022-4.3110.17054840.13639377X-RAY DIFFRACTION97
4.311-4.74450.15344880.12479299X-RAY DIFFRACTION97
4.7445-5.43030.15864880.13129314X-RAY DIFFRACTION97
5.4303-6.83870.17764910.14469458X-RAY DIFFRACTION98
6.8387-49.05480.15885000.12819379X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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