PDB-5vhu: E. coli CFT073 c3406

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vhu

タイトル

E. coli CFT073 c3406

要素

Isomerase

キーワード

ISOMERASE / Sugar isomerase domain / arabinose-5-phosphate isomerase / API

機能・相同性

Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Cech, D.L. / Pratt, A.C. / Woodard, R.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into the mechanism of arabinose-5-phosphate isomerases.
著者: Cech, D.L. / Pratt, A.C. / Cheng, M. / Barraza, S. / Yep, A. / Holler, T.P. / Woodard, R.W.

履歴

登録	2017年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vhu.cif.gz	50.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vhu.ent.gz	34.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vhu_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vhu_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	5vhu_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	5vhu_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/5vhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/5vhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uqiC 3fxaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fxa-d 5uqi-2 2v4m-1 5kp2-d 6tt4-2 4x0o-3 4kh2-2 6smo-2 2zj3-1 6en6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isomerase

ヘテロ分子

21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isomerase

ヘテロ分子

A: Isomerase

ヘテロ分子

A: Isomerase

ヘテロ分子

A: Isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
84 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Isomerase

ヘテロ分子

A: Isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.832, 71.489, 77.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Isomerase 分子量: 20912.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: OK10_20845 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A148HHT8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 % / 解説: colorless rods
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic pH 5.6, 0.5 M NaCl, 2% v/v ethylene imine polymer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→52.6 Å / Num. obs: 17785 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 14.7 % / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FXA

3fxa

解像度: 1.8→52.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 1.949 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20806	961	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17353	-	-	-
obs	0.17523	17785	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→52.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1405	0	5	85	1495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.972	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.535	5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.421	25	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.208	15	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.608	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.176	1.275	751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.693	1.901	937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.455	1.612	681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.291	18.323	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	66	-
R_work	0.188	1300	-
obs	-	-	99.35 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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