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万見
- PDB-5vgr: Human Atlastin-3, GDP-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vgr
タイトルHuman Atlastin-3, GDP-bound
要素Atlastin-3
キーワードHYDROLASE / G proteins / GTPase / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum tubular network membrane / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / GTPase-dependent fusogenic activity / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum membrane fusion / endoplasmic reticulum organization / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane ...endoplasmic reticulum tubular network membrane / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / GTPase-dependent fusogenic activity / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum membrane fusion / endoplasmic reticulum organization / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AHSP / Guanylate-binding protein/Atlastin, C-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...AHSP / Guanylate-binding protein/Atlastin, C-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Atlastin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.096 Å
データ登録者O'Donnell, J.P. / Sondermann, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008500 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Timing and Reset Mechanism of GTP Hydrolysis-Driven Conformational Changes of Atlastin.
著者: O'Donnell, J.P. / Cooley, R.B. / Kelly, C.M. / Miller, K. / Andersen, O.S. / Rusinova, R. / Sondermann, H.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atlastin-3
B: Atlastin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2364
ポリマ－98,3492
非ポリマー8862
水4,306239
1
A: Atlastin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6182
ポリマ－49,1751
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Atlastin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6182
ポリマ－49,1751
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.666, 57.057, 143.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Atlastin-3


分子量: 49174.582 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-442 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATL3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q6DD88, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350, 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6362 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6362 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.096→29.305 Å / Num. obs: 55378 / % possible obs: 98.41 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル解像度: 2.096→2.171 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 4912 / % possible all: 88.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q5E

3q5e


解像度: 2.096→29.305 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1992 3.61 %
Rwork0.1975 --
obs0.1986 55138 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.096→29.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5964 56 0 239 6259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0518359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4464412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.096-2.14830.35611200.32173167X-RAY DIFFRACTION83
2.1483-2.20630.31491430.29323810X-RAY DIFFRACTION99
2.2063-2.27120.29221380.27013811X-RAY DIFFRACTION100
2.2712-2.34450.26151460.25323832X-RAY DIFFRACTION100
2.3445-2.42830.24591420.24773818X-RAY DIFFRACTION100
2.4283-2.52540.27471440.23663839X-RAY DIFFRACTION100
2.5254-2.64030.27021460.22173860X-RAY DIFFRACTION100
2.6403-2.77940.22341450.21643805X-RAY DIFFRACTION100
2.7794-2.95340.27241430.2213879X-RAY DIFFRACTION100
2.9534-3.18120.23361440.20463842X-RAY DIFFRACTION100
3.1812-3.50080.23941470.18773855X-RAY DIFFRACTION100
3.5008-4.00630.20481400.16473894X-RAY DIFFRACTION100
4.0063-5.04340.1871490.15833903X-RAY DIFFRACTION100
5.0434-29.3050.20771450.18713831X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28540.6383-0.34212.6462-0.96663.38130.0286-0.42990.13820.4384-0.0219-0.093-0.0094-0.2290.00410.2371-0.0353-0.04430.2829-0.04410.2333133.8037.947918.8497
22.08651.0732-0.50832.388-0.92362.64990.031-0.09120.10980.22810.00760.13610.056-0.5557-0.02920.2183-0.0396-0.01830.3604-0.04560.2774128.32347.910316.1784
38.1169-0.7105-3.36230.53150.043.1451-0.07010.14640.3338-0.00520.025-0.1187-0.17190.16080.04440.3091-0.0811-0.03130.2555-0.02090.4548156.744126.41314.6045
43.1341-0.6641-0.97670.69240.92172.8272-0.07360.25090.24360.05590.06230.0705-0.5226-0.12080.00850.7113-0.12330.02130.42210.09980.3174169.041629.748243.917
59.56652.3409-1.14333.00362.05694.5469-0.1536-0.454-0.56821.4957-0.3243-0.76230.38370.28260.47871.37090.1470.09420.67520.34011.1079156.868347.45341.2546
66.63850.3742-2.9421.3484-0.10893.80960.10770.28270.9534-0.36670.42110.4133-0.2493-0.6633-0.52831.01260.1083-0.03990.57260.07450.5863147.568445.018758.8652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:232)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 233:331)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 332:438)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 22:328)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 329:333)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 334:421)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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