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- PDB-5vge: Crystal structure of HLA-C*07:02 in complex with RYR peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vge
タイトルCrystal structure of HLA-C*07:02 in complex with RYR peptide
要素
  • ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
  • Beta-2-microglobulin
  • cDNA FLJ54183, highly similar to HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human leukocyte antigen Major histocompatibility complex Antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex ...antigen processing and presentation / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / : / : / DNA methylation / negative regulation of receptor binding / Condensation of Prophase Chromosomes / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / epigenetic regulation of gene expression / DAP12 interactions / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / cellular response to iron ion / Defective pyroptosis / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / Transcriptional regulation by small RNAs / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HFE-transferrin receptor complex / HDMs demethylate histones / T cell mediated cytotoxicity / NoRC negatively regulates rRNA expression / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / Transcriptional regulation of granulopoiesis / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / HCMV Early Events / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / structural constituent of chromatin / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / nucleosome / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / negative regulation of neuron projection development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / iron ion transport / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / ER-Phagosome pathway
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Histone H3/CENP-A / : / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ54183, highly similar to HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Beta-2-microglobulin / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mobbs, J.I. / Vivian, J.P. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and regulatory diversity shape HLA-C protein expression levels.
著者: Kaur, G. / Gras, S. / Mobbs, J.I. / Vivian, J.P. / Cortes, A. / Barber, T. / Kuttikkatte, S.B. / Jensen, L.T. / Attfield, K.E. / Dendrou, C.A. / Carrington, M. / McVean, G. / Purcell, A.W. / ...著者: Kaur, G. / Gras, S. / Mobbs, J.I. / Vivian, J.P. / Cortes, A. / Barber, T. / Kuttikkatte, S.B. / Jensen, L.T. / Attfield, K.E. / Dendrou, C.A. / Carrington, M. / McVean, G. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / Fugger, L.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ54183, highly similar to HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7656
ポリマ－44,5683
非ポリマー1963
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.670, 99.670, 77.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ54183, highly similar to HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain


分子量: 31654.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DVY0, UniProt: P10321*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU


分子量: 1034.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 8.5 2 mM ZnSO4 28 % jeffamine ED-2001 (Hampton)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.68
11K, H, -L20.32
反射解像度: 2.6→43.16 Å / Num. obs: 13655 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NT6

4nt6


解像度: 2.6→43.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.613 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22082 698 5.1 %RANDOM
Rwork0.1632 ---
obs0.16629 12942 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.78 Å20 Å20 Å2
2---27.78 Å20 Å2
3---55.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→43.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 3 20 3157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.9394365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94136526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2685381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.52823.277177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75315524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9471533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1525.5711532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1455.571531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.928.3541909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9188.3551910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1755.7971685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1755.7971685
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0478.562456
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.51261.5773406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.51161.5883407
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 39 -
Rwork0.25 960 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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