PDB-5vg3: Structure of Oxalate Decarboxylase from Bacillus subtilis at pH 4.6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vg3

タイトル

Structure of Oxalate Decarboxylase from Bacillus subtilis at pH 4.6

要素

Oxalate decarboxylase

キーワード

LYASE / oxalate decarboxylase / Bacillus subtilis

機能・相同性

機能・相同性情報

oxalate decarboxylase / oxalate decarboxylase activity / oxalate metabolic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.451 Å

データ登録者

Angerhofer, A. / Burg, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Oxalate Decarboxylase from Bacillus subtilis at pH 4.6
著者: Angerhofer, A. / Burg, M.J.

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vg3.cif.gz	279.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vg3.ent.gz	224.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vg3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vg3_validation.pdf.gz	484.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vg3_full_validation.pdf.gz	497.1 KB	表示
XML形式データ	5vg3_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	5vg3_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vg3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4met-1 1j58-1 1l3j-1 5hi0-1 1uw8-1 6tzp-1 2v09-1 2uyb-1 2uy8-1 3s0m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxalate decarboxylase

B: Oxalate decarboxylase

C: Oxalate decarboxylase

ヘテロ分子

132 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxalate decarboxylase

B: Oxalate decarboxylase

C: Oxalate decarboxylase

ヘテロ分子

A: Oxalate decarboxylase

B: Oxalate decarboxylase

C: Oxalate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
263 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.484, 156.657, 79.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-754- HOH
2	1	A-827- HOH
3	1	B-521- HOH
4	1	C-807- HOH
5	1	C-900- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Oxalate decarboxylase 分子量: 43301.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A162QMS4, UniProt: O34714*PLUS, oxalate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 1236分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 0.2 M sodium chloride, 30% v/v MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.451→35.21 Å / Num. obs: 203372 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.09705 / R_pim(I) all: 0.05608 / R_sym value: 0.1123 / Net I/σ(I): 8.78
反射シェル	解像度: 1.451→1.503 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.5748 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 20279 / CC_1/2: 0.747 / R_pim(I) all: 0.3359 / R_sym value: 0.6678 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.451→35.21 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	10131	4.98 %
R_work	0.154	-	-
obs	0.1551	203364	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.451→35.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9064	0	96	1211	10371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.862	13405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.662	3655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1791

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.451-1.4675	0.2555	356	0.2385	6445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4675-1.4848	0.2418	326	0.2253	6365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4848-1.5029	0.2531	344	0.2207	6443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5029-1.5219	0.234	319	0.2125	6402	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5219-1.5419	0.2294	317	0.2075	6506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5419-1.563	0.2253	335	0.1944	6428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.563-1.5854	0.2224	327	0.1914	6455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5854-1.609	0.2108	333	0.1869	6400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.609-1.6342	0.2054	331	0.1815	6411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6342-1.661	0.214	322	0.1809	6504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.661-1.6896	0.205	320	0.1739	6450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6896-1.7203	0.2153	324	0.17	6437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7203-1.7534	0.2042	353	0.1679	6431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7534-1.7892	0.2125	364	0.1657	6413	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7892-1.8281	0.1941	344	0.1596	6402	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8281-1.8707	0.1921	380	0.1605	6398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8707-1.9174	0.1866	360	0.1553	6413	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9174-1.9693	0.1698	275	0.1515	6487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9693-2.0272	0.1679	339	0.1476	6495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0926	0.1712	339	0.1464	6405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0926-2.1674	0.163	352	0.1465	6451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1674-2.2542	0.1804	369	0.1433	6396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2542-2.3568	0.1821	322	0.15	6427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3568-2.481	0.1638	326	0.151	6477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.6364	0.1866	327	0.1483	6470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6364-2.8399	0.1771	343	0.1459	6430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8399-3.1256	0.1539	360	0.1394	6407	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1256-3.5777	0.1416	331	0.1264	6473	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5777-4.5064	0.1336	335	0.122	6511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5064-39.1785	0.1616	358	0.1544	6501	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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