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- PDB-5vg0: Room temperature X-ray crystallographic structure of a Jonesia de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vg0
タイトルRoom temperature X-ray crystallographic structure of a Jonesia denitrificans lytic polysaccharide monooxygenase at 1.1 angstrom resolution.
要素Chitinase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / histidine brace / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily ...Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PEROXIDE ION / chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Jonesia denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Bacik, J.-P. / Unkefer, C.J. / Chen, J.C.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Neutron and Atomic Resolution X-ray Structures of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase Reveal Copper-Mediated Dioxygen Binding and Evidence for N-Terminal Deprotonation.
著者: Bacik, J.P. / Mekasha, S. / Forsberg, Z. / Kovalevsky, A.Y. / Vaaje-Kolstad, G. / Eijsink, V.G.H. / Nix, J.C. / Coates, L. / Cuneo, M.J. / Unkefer, C.J. / Chen, J.C.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2776
ポリマ－31,0862
非ポリマー1914
水5,386299
1
A: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6383
ポリマ－15,5431
非ポリマー962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6383
ポリマ－15,5431
非ポリマー962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.040, 75.560, 120.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chitinase


分子量: 15542.896 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 32-173 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Jonesia denitrificans (strain ATCC 14870 / DSM 20603 / CIP 55134) (バクテリア)
株: ATCC 14870 / DSM 20603 / CIP 55134 / 遺伝子: Jden_1381 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7R4I0, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Purified enzyme was incubated with a threefold molar excess of CuSO4 for 30 min at room temperature. To remove excess copper, the protein was loaded onto a desalting column equilibrated with ...詳細: Purified enzyme was incubated with a threefold molar excess of CuSO4 for 30 min at room temperature. To remove excess copper, the protein was loaded onto a desalting column equilibrated with 20 mM Tris-HCl pH 8.0. 30 ul protein solution at 48 mg/ml was mixed with 30 ul reservoir buffer consisting of 1.9 M DL-malic acid pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→32 Å / Num. obs: 1248110 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 10.7 % / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 10.4 % / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AA7

5aa7


解像度: 1.1→32 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 13.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.128 2000 1.72 %
Rwork0.114 --
obs0.114 116060 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 6 299 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9753285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.245869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.12750.27071370.24567807X-RAY DIFFRACTION95
1.1275-1.1580.20741380.21437851X-RAY DIFFRACTION95
1.158-1.19210.23211390.19937906X-RAY DIFFRACTION95
1.1921-1.23060.18841390.17997929X-RAY DIFFRACTION95
1.2306-1.27450.15771400.15468005X-RAY DIFFRACTION96
1.2745-1.32560.14141410.13018025X-RAY DIFFRACTION97
1.3256-1.38590.15291410.11348090X-RAY DIFFRACTION97
1.3859-1.4590.13251440.10158151X-RAY DIFFRACTION97
1.459-1.55040.10491430.08888211X-RAY DIFFRACTION98
1.5504-1.67010.11511450.08538284X-RAY DIFFRACTION99
1.6701-1.83810.09921460.08628297X-RAY DIFFRACTION99
1.8381-2.10410.09021480.0858439X-RAY DIFFRACTION99
2.1041-2.65070.111500.10298517X-RAY DIFFRACTION100
2.6507-32.01080.12891490.11378548X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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