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- PDB-5vfn: Crystal structure of BnSP-7 from Bothrops pauloensis complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vfn
タイトルCrystal structure of BnSP-7 from Bothrops pauloensis complexed with cinnamic acid
要素Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7
キーワードHYDROLASE / Lys49-PLA2 / Bothrops pauloensis / cinnamic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROCINNAMIC ACID / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops pauloensis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.389 Å
データ登録者De Lima, L.F.G. / Fontes, M.R.M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)140501/2014-2 ブラジル
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Structural studies with BnSP-7 reveal an atypical oligomeric conformation compared to phospholipases A2-like toxins.
著者: de Lima, L.F.G. / Borges, R.J. / Viviescas, M.A. / Fernandes, C.A.H. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2017年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7
B: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,52711
ポリマ－27,5042
非ポリマー1,0239
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.775, 58.655, 58.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7 / svPLA2 homolog / Phospholipase A2 II


分子量: 13752.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops pauloensis (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9IAT9
#2: 化合物 ChemComp-HCI / HYDROCINNAMIC ACID / 3PP / 3-PHENYLPROPIONIC ACID / 3-フェニルプロピオン酸


分子量: 150.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O2
#3: 化合物 ChemComp-ME2 / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 1-エトキシ-2-(2-メトキシエトキシ)エタン


分子量: 148.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% polyethylene glycol 4000, 100 mM TrisHCl pH 8.5 and 150 mM lithium sulfate
PH範囲: 8.3-8.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459, 1.500
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.4591
21.51
反射解像度: 2.389→45.54 Å / Num. obs: 12111 / % possible obs: 98.45 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 8.47
反射 シェル解像度: 2.389→2.474 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Num. unique obs: 1084 / % possible all: 87.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000v714データ削減
HKL-2000v714データスケーリング
PHASER2.1位相決定
Coot0.8.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1pa0

1pa0


解像度: 2.389→45.536 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 1208 10 %
Rwork0.2169 --
obs0.2212 12086 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.389→45.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 57 97 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0232618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.794723
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3889-2.48450.37821200.31671079X-RAY DIFFRACTION89
2.4845-2.59760.32571340.28141201X-RAY DIFFRACTION99
2.5976-2.73450.27591340.25621214X-RAY DIFFRACTION99
2.7345-2.90580.28391330.2441219X-RAY DIFFRACTION99
2.9058-3.13010.32431350.23141205X-RAY DIFFRACTION99
3.1301-3.4450.26391380.2271232X-RAY DIFFRACTION100
3.445-3.94330.21461370.17891232X-RAY DIFFRACTION100
3.9433-4.96710.22721360.17561231X-RAY DIFFRACTION100
4.9671-45.54420.23951410.21361265X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77830.24550.20712.14640.63262.2659-0.0562-0.2849-0.250.08520.0571-0.001-0.0291-0.03070.03680.2552-0.00040.00680.32620.06940.340444.95437.2852128.1041
22.4416-0.6005-1.4750.884-1.14484.86080.3866-0.21180.24580.3316-0.2821-0.0467-1.03620.0929-0.1180.461-0.08650.01350.3576-0.08110.371846.832921.89130.3801
32.23370.7275-0.97553.043-0.44320.46820.059-0.0659-0.1730.2385-0.03240.0415-0.0341-0.1621-0.00380.26850.0041-0.0140.32250.05940.225246.9365.5997128.3652
41.90771.1819-0.00761.67390.72642.3785-0.16930.07220.11210.04320.11670.06970.15280.40260.00580.26680.0555-0.03420.29880.01810.356325.8042-2.7864124.8271
52.12381.0503-0.22021.9893-0.6393.3791-0.05580.21470.69660.31370.17070.112-0.14780.0470.00520.26250.0105-0.03330.3501-0.05490.420119.44924.4808133.1067
61.86560.33630.16151.30.27085.67340.2084-0.1237-0.2190.3706-0.0159-0.00731.2632-0.1046-0.08710.409-0.02690.04330.29170.02820.477320.8574-13.9992131.634
72.3088-0.17540.78822.1708-0.59210.32250.04510.29930.3371-0.0228-0.00210.13910.06520.2448-0.02560.27860.00990.03980.3302-0.03710.288721.01042.2891128.5797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 90 through 133 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 32 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 57 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 58 through 88 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 90 through 133 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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