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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vee | |||||||||
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タイトル | PAK4 kinase domain in complex with FRAX486 | |||||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase PAK 4 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Kinase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOH GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / cellular response to organic cyclic compound / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell growth / adherens junction / positive regulation of angiogenesis / cell migration / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, E.Y. / Ha, B.H. / Boggon, T.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018 タイトル: PAK4 crystal structures suggest unusual kinase conformational movements. 著者: Zhang, E.Y. / Ha, B.H. / Boggon, T.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vee.cif.gz | 75.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vee.ent.gz | 53.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5vee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5vee | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36025.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 286-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / プラスミド: MODIFIED PET VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RILP 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-981 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5) and 1.5 - 2.0 M Na acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13760 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.1 % / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1313 / Rpim(I) all: 0.835 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FIJ 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 16.485 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.305 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 115.572 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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