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- PDB-5ve9: Structure of hACF7 EF1-EF2-GAR domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ve9
タイトルStructure of hACF7 EF1-EF2-GAR domains
要素(Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / Spectraplakin / EF-Hand / microtubule binding / GAS2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuron projection arborization / microtubule minus-end binding / regulation of epithelial cell migration / intermediate filament cytoskeleton organization / Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of microtubule-based process / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of axon extension / regulation of cell migration ...regulation of neuron projection arborization / microtubule minus-end binding / regulation of epithelial cell migration / intermediate filament cytoskeleton organization / Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of microtubule-based process / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of axon extension / regulation of cell migration / wound healing / Wnt signaling pathway / ruffle membrane / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / microtubule / cytoskeleton / cadherin binding / calcium ion binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / GAR domain / GAR domain superfamily / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / GAR domain profile. / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / Spectrin repeat / : / Spectrin-like repeat / Desmoplakin, spectrin-like domain ...Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / GAR domain / GAR domain superfamily / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / GAR domain profile. / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / Spectrin repeat / : / Spectrin-like repeat / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Spectrin-like repeat / Plectin repeat / Plakin / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/4/5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.795 Å
データ登録者Lane, T.R. / Slep, K.C.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R03HD084980 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094415 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008570 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R37AR27883 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structure of the ACF7 EF-Hand-GAR Module and Delineation of Microtubule Binding Determinants.
著者: Lane, T.R. / Fuchs, E. / Slep, K.C.
履歴
登録2017年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02017年11月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5
C: Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5
B: Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4559
ポリマ－30,1633
非ポリマー2916
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area13840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.984, 92.984, 90.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5 / 620 kDa actin-binding protein / ABP620 / Actin cross-linking family protein 7 / Macrophin-1 / ...620 kDa actin-binding protein / ABP620 / Actin cross-linking family protein 7 / Macrophin-1 / Trabeculin-alpha / ACF7


分子量: 10788.280 Da / 分子数: 2 / 断片: EF1-EF2 domains (UNP residues 7024-7108) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MACF1, ABP620, ACF7, KIAA0465, KIAA1251 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPN3
#2: タンパク質 Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5 / 620 kDa actin-binding protein / ABP620 / Actin cross-linking family protein 7 / Macrophin-1 / ...620 kDa actin-binding protein / ABP620 / Actin cross-linking family protein 7 / Macrophin-1 / Trabeculin-alpha / ACF7


分子量: 8586.892 Da / 分子数: 1 / 断片: GAR domain (UNP residues 7118-7191) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MACF1, ABP620, ACF7, KIAA0465, KIAA1251 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPN3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Chain C is not an independent entity, but has been modeled as a separate chain because there is ...Chain C is not an independent entity, but has been modeled as a separate chain because there is insufficient electron density to determine whether it is contiguous with chain A or chain B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: potassium chloride, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.28295 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月24日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28295 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 11525 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 69.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 244650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.918.71.15611310.8620.2671.1880.81499.9
2.9-3.0220.80.95511320.930.2130.9790.863100
3.02-3.1521.60.64211380.9660.1410.6570.945100
3.15-3.3222.10.39311480.9870.0850.4031.087100
3.32-3.53220.26711210.9920.0580.2731.113100
3.53-3.821.90.19611530.9960.0430.21.107100
3.8-4.1821.80.14211470.9980.0310.1451.097100
4.18-4.7921.50.10211580.9980.0230.1050.9100
4.79-6.0321.30.09911740.9980.0220.1020.928100
6.03-5020.10.06812440.9990.0160.070.98999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.795→41.349 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.69 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2788 1138 10.08 %Random selection
Rwork0.2556 10147 --
obs0.258 11285 97.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.41 Å2 / Biso mean: 92.7363 Å2 / Biso min: 45.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.795→41.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 1 11 2113
Biso mean--105.34 65.71 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.752877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.824812
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7949-2.92210.41731360.36441158129491
2.9221-3.07610.35461330.31631219135295
3.0761-3.26870.35471420.29361227136997
3.2687-3.5210.29141430.26681270141399
3.521-3.87510.33011420.24771280142299
3.8751-4.43520.24251370.22613121449100
4.4352-5.58580.24281470.23613111458100
5.5858-41.35360.25651580.253413701528100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5563-1.61881.61157.305-1.25748.1497-0.00440.4111.55870.2649-0.0722-1.0687-1.7395-0.24170.07980.73230.16490.18680.43690.09481.09749.78265.596110.2986
22.10244.95821.52653.8894.20476.3324-0.19752.8172-0.1657-0.1691-0.0606-1.0135-0.34330.52630.31280.64850.19760.06370.67770.28220.830647.49142.46980.3165
38.0987-1.12670.54664.67482.26123.94860.6260.46770.0374-0.2366-0.83371.1683-0.3798-0.20130.11980.68920.1769-0.00740.4184-0.00720.838842.9642-1.41748.1747
48.03142.86084.04149.55385.22787.15330.1099-0.9046-0.27540.9898-0.30291.36570.2605-0.71240.150.62770.02340.12680.61790.14740.854336.8451-24.884225.9358
58.10996.57951.05228.78291.84647.86080.1479-1.1041-1.1784-0.3743-0.4426-21.7820.66470.40480.75990.13130.15540.56180.12550.71346.7386-25.773724.9573
67.04354.0751-1.79397.9743-7.21739.0135-0.3380.6375-0.6552-0.41450.1272-0.39020.5392-0.56470.19750.6050.00680.11720.4101-0.00460.65141.7893-26.144215.3313
74.91492.3494-4.36531.1656-2.21978.75571.14740.06060.8050.1511-0.0225-0.3696-0.0660.2146-1.02420.61070.1596-0.08030.63290.22411.107649.9046-9.18414.6654
82.01060.02352.01827.48632.46492.14451.19232.9033-0.1433-1.8337-0.5657-1.55780.25841.3806-0.90561.06840.23570.24910.8611-0.04611.001267.54-15.8535.6608
98.5061-0.7809-3.88238.4876-0.23637.4152-0.71080.53720.04510.5535-0.3412-2.02480.38532.03980.640.59920.1093-0.16310.82780.10821.384775.5782-19.529915.7092
106.91261.3415-3.13685.4971-5.58256.33090.5242-0.61820.60841.272-0.0661-0.7294-0.95870.9579-0.28310.8340.1021-0.11340.5242-0.22331.190969.2332-14.317722.7983
115.9188-0.5311-0.29523.0604-3.05173.40110.5966-0.4752.2566-0.1966-0.743-1.2736-0.43420.68310.12890.66080.1266-0.05280.42490.09861.226562.3276-9.378613.7806
129.5602-3.12321.1752.5179-0.04615.89120.84010.3882-0.1381-0.5779-0.4635-0.21620.0845-0.0936-0.2790.72470.1214-0.10650.4858-0.09981.102362.2233-22.645418.8312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7019 through 7051 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 7052 through 7076 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 7077 through 7106 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 7116 through 7145 )C0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 7146 through 7160 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 7161 through 7189 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 7016 through 7025 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 7026 through 7040 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 7041 through 7051 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 7052 through 7071 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 7072 through 7087 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 7088 through 7106 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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