PDB-5vdu: Human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with Compound F2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vdu

タイトル

Human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with Compound F2

要素

Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / STING / cGAMP

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of T cell activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.729 Å

データ登録者

Byrnes, L.J. / Hall, J.D.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: The catalytic mechanism of cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) and implications for innate immunity and inhibition.
著者: Hall, J. / Ralph, E.C. / Shanker, S. / Wang, H. / Byrnes, L.J. / Horst, R. / Wong, J. / Brault, A. / Dumlao, D. / Smith, J.F. / Dakin, L.A. / Schmitt, D.C. / Trujillo, J. / Vincent, F. / ...

履歴

登録	2017年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vdu.cif.gz	300.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vdu.ent.gz	242 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vdu_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vdu_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	5vdu_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	5vdu_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/5vdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/5vdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vdoC 5vdpC 5vdqC 5vdrC 5vdsC 5vdtC 5vdvC 5vdwC 4o67S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vdq-1 5vdo-1 5vds-2 5vdw-2 5vdv-1 5vdv-2 5vds-1 6nfo-2 5v0w-3 5vdr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic GMP-AMP synthase

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	216.415, 48.019, 86.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.940, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ZN / End label comp-ID: ZN / Auth seq-ID: 160 - 601 / Label seq-ID: 1

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A - C
2	chain B	B	B - E

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42536.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 161-521 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MB21D1, C6orf150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-9BS / 2-(pyridin-2-yl)pyrimidine / 2-(2-ピリジニル)ピリミジン分子量: 157.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇N₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18-20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate pH 7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.729→52.274 Å / Num. obs: 22940 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 46.77 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.73-2.88	3.4	0.692	3365	0.696	0.437	0.82	99.6
8.63-83.54	3.1	0.027		0.998	0.018	0.033	95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.12	データスケーリング
PHENIX	dev_1999	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Aimless		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O67

4o67

解像度: 2.729→52.274 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2521	1061	4.63 %
R_work	0.2223	-	-
obs	0.2237	22914	98.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 229.12 Å² / B_iso mean: 65.174 Å² / B_iso min: 12.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.729→52.274 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5574	0	98	52	5724
B_iso mean	-	-	80.37	37.31	-
残基数	-	-	-	-	722

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.665	7843
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	870
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1099
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.39	2158

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3326	X-RAY DIFFRACTION	7.344	TORSIONAL
1	2	B	3326	X-RAY DIFFRACTION	7.344	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7287-2.8529	0.3669	120	0.3253	2774	2894	99
2.8529-3.0033	0.3192	144	0.2821	2750	2894	99
3.0033-3.1914	0.2781	138	0.264	2701	2839	99
3.1914-3.4378	0.284	135	0.2588	2732	2867	99
3.4378-3.7837	0.301	111	0.2319	2674	2785	97
3.7837-4.331	0.2259	122	0.1984	2690	2812	96
4.331-5.4556	0.2256	141	0.1804	2724	2865	98
5.4556-52.2839	0.2065	150	0.1928	2808	2958	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4115	0.2144	0.6271	2.0702	0.5036	1.5627	0.2359	0.1582	-0.2167	-0.0466	-0.2151	-0.3047	0.3093	0.5628	-0.0125	0.473	0.0775	0.0061	0.526	0.0881	0.2471	-25.9808	7.7507	-21.1454
2	5.2532	2.1631	2.9859	5.4672	4.1804	6.0262	0.196	0.4877	-0.2579	-0.1549	-0.0727	-1.292	0.3577	1.1049	-0.3941	0.3416	0.085	0.1477	0.9648	0.2306	0.6214	-9.7022	13.0036	-25.745
3	2.8223	0.0731	-0.9586	0.9351	0.0232	4.0211	0.0263	0.07	0.0614	0.16	-0.0886	0.0241	-0.0612	0.4724	0.0034	0.2778	0.0335	-0.0648	0.3309	0.0383	0.2511	-30.4012	14.0892	-14.4197
4	2.2891	-0.3785	0.4888	2.7578	-0.4942	4.1799	0.018	0.2872	-0.0345	-0.2052	0.0274	-0.135	0.0603	0.0533	-0.0456	0.2918	0.0068	0.0508	0.1984	-0.0264	0.1977	-44.936	15.1102	-26.1604
5	8.7604	-0.7321	-1.539	0.4829	0.1123	0.889	0.1305	0.0995	0.6468	-0.1747	-0.1599	-0.355	-0.3696	0.3737	-0.0499	0.5655	-0.1203	0.0632	0.6324	0.0273	0.7218	-26.9618	16.574	21.078
6	6.7056	2.1719	0.5983	6.9019	-1.8265	2.8923	0.0157	0.6331	-0.5137	-0.0948	-0.0822	-1.0107	0.2044	0.9202	0.089	0.3777	0.1527	0.073	0.7226	0.0167	0.6769	-12.8807	-4.431	15.4286
7	2.9268	-3.4115	-2.0416	7.1062	4.0388	2.7281	-0.1502	-0.3016	0.9863	0.587	0.4295	-1.0757	-0.5803	1.1737	-0.0261	0.5811	-0.1883	-0.1017	0.8041	-0.0399	0.7547	-12.693	11.4318	26.7653
8	5.79	-1.9586	0.7056	2.9667	-0.421	4.2941	-0.0008	-0.0578	0.1071	-0.1023	0.0309	-0.2974	0.1004	0.4772	-0.1097	0.3249	-0.0567	0.0564	0.2362	0.0078	0.2724	-31.1224	0.5937	10.5015
9	5.3191	0.6003	-1.4169	4.3551	3.0351	3.8834	-0.0555	-0.9111	0.055	0.8965	-0.0011	-0.4758	-0.6387	0.4804	0.0221	0.3345	-0.1059	-0.0689	0.3229	-0.0239	0.2821	-38.6169	5.5425	31.1124
10	2.8296	-0.0538	-1.2143	2.3111	-0.2326	5.6434	0.0229	-0.2006	-0.0874	-0.008	0.0281	-0.0201	0.1087	0.1833	-0.0735	0.2791	-0.0287	-0.0118	0.1697	-0.0026	0.2293	-43.2939	-1.4004	24.0481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 160 through 253 )	A	160 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 254 through 307 )	A	254 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 308 through 405 )	A	308 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 406 through 520 )	A	406 - 520
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 160 through 224 )	B	160 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 225 through 272 )	B	225 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 273 through 326 )	B	273 - 326
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 327 through 405 )	B	327 - 405
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 406 through 434 )	B	406 - 434
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 435 through 520 )	B	435 - 520

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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