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- PDB-5vds: Human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with 3',3'-cdUMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vds
タイトルHuman cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with 3',3'-cdUMP
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE / STING / cGAMP
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of T cell activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of T cell activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3',3'-cdUMP / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.766 Å
データ登録者Byrnes, L.J. / Hall, J.D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: The catalytic mechanism of cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) and implications for innate immunity and inhibition.
著者: Hall, J. / Ralph, E.C. / Shanker, S. / Wang, H. / Byrnes, L.J. / Horst, R. / Wong, J. / Brault, A. / Dumlao, D. / Smith, J.F. / Dakin, L.A. / Schmitt, D.C. / Trujillo, J. / Vincent, F. / ...著者: Hall, J. / Ralph, E.C. / Shanker, S. / Wang, H. / Byrnes, L.J. / Horst, R. / Wong, J. / Brault, A. / Dumlao, D. / Smith, J.F. / Dakin, L.A. / Schmitt, D.C. / Trujillo, J. / Vincent, F. / Griffor, M. / Aulabaugh, A.E.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
B: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4326
ポリマ－85,0722
非ポリマー1,3604
水1,62190
1
A: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2163
ポリマ－42,5361
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2163
ポリマ－42,5361
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)215.450, 48.408, 86.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 160 - 521 / Label seq-ID: 1 - 362

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42536.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 161-521 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MB21D1, C6orf150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-9BJ / 3',3'-cdUMP / 1-{(2R,6R,8R,10aR,12R,13R,13aS)-6-[(1R,2R)-2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-1,2-dihydroxyethyl]-2,8,13-trihydroxy-2,8-dioxohexahydro-2H,4H,8H,10H-2lambda~5~,8lambda~5~-furo[3,2-d][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-12-yl}pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 614.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24N4O16P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18-20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.766→58.165 Å / Num. obs: 22387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 38.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Rpim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル最高解像度: 2.766 Å / Rmerge(I) obs: 0.764 / Rpim(I) all: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1999精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimlessデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O67

4o67


解像度: 2.766→58.165 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 1132 5.06 %
Rwork0.206 21241 -
obs0.208 22373 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.23 Å2 / Biso mean: 53.5442 Å2 / Biso min: 7.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.766→58.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5502 0 82 90 5674
Biso mean--59.26 30.93 -
残基数----685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5367712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8322128
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3212X-RAY DIFFRACTION7.094TORSIONAL
12B3212X-RAY DIFFRACTION7.094TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7662-2.89210.31351380.279726252763
2.8921-3.04460.31821400.25826312771
3.0446-3.23530.30031290.232326452774
3.2353-3.48510.29131360.226826312767
3.4851-3.83570.24541470.202926232770
3.8357-4.39060.26061440.182426672811
4.3906-5.5310.19081490.172126632812
5.531-58.17780.19261490.190727562905
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.19840.275-1.01130.04130.03160.34180.0621-0.30321.66460.1317-0.0739-0.3818-0.42010.5145-0.14220.4352-0.1321-0.05060.50690.0320.9828-29.115220.315422.6281
25.1385-0.5903-4.80970.1180.53654.5071-0.2591.12010.78440.23470.1533-0.0628-0.6659-0.9543-0.00530.52470.0457-0.09651.24140.21681.1481-21.531613.536519.8851
32.0979-0.03750.28911.3501-0.05031.3875-0.13110.10420.1820.1730.2143-0.7713-0.08260.7516-0.05230.27870.0573-0.12110.88540.13860.9747-11.2362-0.268317.9972
41.5306-1.2113-1.23414.09210.42772.43470.1131-0.61330.42721.24670.023-0.6433-0.2840.7686-0.05730.5777-0.2053-0.12050.7251-0.04350.6126-16.2313.288727.0892
55.2727-1.70271.03952.5574-1.0533.24380.0216-0.0760.2363-0.0471-0.0907-0.4928-0.07170.34870.04360.1772-0.04410.02890.1929-0.00720.3009-31.25082.21629.6077
66.07630.2382-0.74074.60752.25634.5248-0.2057-0.58870.05370.73870.0372-0.5775-0.08030.55850.18380.2464-0.0535-0.05160.2153-0.02230.2328-38.39096.173531.0153
73.2823-0.3187-0.13822.8793-0.11294.45740.064-0.3483-0.02570.14570.0513-0.2040.11450.077-0.07390.1636-0.0388-0.03910.12460.00290.1658-42.9115-0.530824.4283
83.2162.78671.06132.76461.2161.48580.3127-0.2877-1.7250.1823-0.1076-0.37720.46920.2798-0.20760.61770.0266-0.01380.27740.09760.3737-31.041-1.5008-23.3951
92.77830.9998-0.70881.88480.18321.31780.1066-0.07490.31280.0844-0.0836-0.53390.03310.4021-0.02880.2542-0.0503-0.06090.54440.07730.7141-18.726417.3026-18.9652
102.75880.1706-0.56422.65670.23952.3310.18730.15730.2261-0.18080.1079-0.53240.05780.5604-0.31840.19950.0523-0.07240.36690.05240.3251-22.033413.5942-19.3595
111.7821-0.19970.53251.13180.02042.79050.04990.1690.0166-0.2063-0.0671-0.19530.0889-0.0192-0.01070.19740.02490.05520.11850.01610.2142-42.460815.0352-23.2069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 160 through 199 )A160 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 200 through 224 )A200 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 225 through 288 )A225 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 289 through 326 )A289 - 326
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 327 through 405 )A327 - 405
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 406 through 434 )A406 - 434
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 435 through 521 )A435 - 521
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 160 through 199 )B160 - 199
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 200 through 272 )B200 - 272
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 273 through 361 )B273 - 361
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 362 through 521 )B362 - 521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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