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- PDB-5vdc: Crystal structure of the human DPF2 tandem PHD finger domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vdc
タイトルCrystal structure of the human DPF2 tandem PHD finger domain
要素Zinc finger protein ubi-d4
キーワードGENE REGULATION / Histone Reader / Tandem PHD Finger / AML / Myeloid Differentiation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / histone H4K16ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance ...negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / histone H4K16ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / apoptotic signaling pathway / transcription corepressor activity / nervous system development / chromatin remodeling / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DPF1-3, N-terminal domain / DPF1-3, N-terminal / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / zinc finger / PHD-finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...DPF1-3, N-terminal domain / DPF1-3, N-terminal / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / zinc finger / PHD-finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein ubi-d4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Huber, F.M. / Davenport, A.M. / Hoelz, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Heritage Medical Research Institute 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Histone-binding of DPF2 mediates its repressive role in myeloid differentiation.
著者: Huber, F.M. / Greenblatt, S.M. / Davenport, A.M. / Martinez, C. / Xu, Y. / Vu, L.P. / Nimer, S.D. / Hoelz, A.
履歴
登録2017年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein ubi-d4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,69610
ポリマ－14,0641
非ポリマー6329
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.500, 107.500, 53.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein ubi-d4 / Apoptosis response zinc finger protein / BRG1-associated factor 45D / BAF45D / D4 / zinc and double ...Apoptosis response zinc finger protein / BRG1-associated factor 45D / BAF45D / D4 / zinc and double PHD fingers family 2 / Protein requiem


分子量: 14063.899 Da / 分子数: 1
断片: DPF2 tandem PHD finger domain (UNP residues 270-391)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPF2, BAF45D, REQ, UBID4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92785
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.2 M Ammonium sulfate, 0.15 M Ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.2818, 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28181
20.97951
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 20713 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 26.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3249 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→47.753 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1906 1035 5 %
Rwork0.1406 --
obs0.1431 20701 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数908 0 28 117 1053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2851386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.418389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.68440.26591460.18242733X-RAY DIFFRACTION98
1.6844-1.78990.23491460.14112759X-RAY DIFFRACTION99
1.7899-1.92810.16431440.11572761X-RAY DIFFRACTION99
1.9281-2.12220.14981450.11132803X-RAY DIFFRACTION99
2.1222-2.42920.16631480.11572795X-RAY DIFFRACTION99
2.4292-3.06050.20771490.1542845X-RAY DIFFRACTION99
3.0605-47.77390.19431570.14722970X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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