PDB-5vcp: Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia xeno...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vcp

タイトル

Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia xenovorans in complex with actinonin

要素

Peptide deformylase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SSGCID / Burkholderia xenovorans / peptide deformylase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / actinonin / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paraburkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia xenovorans in complex with actinonin
著者: Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vcp.cif.gz	282 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vcp.ent.gz	226.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vcp_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vcp_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5vcp_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	5vcp_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kobS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kob-2 1vez-2 1vey-1 1vev-1 2y9p-d 6p7a-d 3p1j-1 6dae-d 3s1k-d 3vcf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptide deformylase

B: Peptide deformylase

C: Peptide deformylase

D: Peptide deformylase

ヘテロ分子

85.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Peptide deformylase

C: Peptide deformylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Peptide deformylase

D: Peptide deformylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.110, 90.330, 140.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase / BuxeA.00078.a 分子量: 20942.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paraburkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: def, Bxe_A1677 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13XB1, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-BB2 / ACTINONIN / 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEPTANOIC ACID [1-(2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-CARBONYL)-2-METHYL-PROPYL]-AMIDE / (-)-アクチノニン分子量: 385.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₅N₃O₅ / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 22 mg/mL BuxeA.00078.a.B1.PS37823 / Rigaku reagents Morpheus A8 (0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M HEPES/MOPS, pH 7.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350), ...詳細: 1:1 22 mg/mL BuxeA.00078.a.B1.PS37823 / Rigaku reagents Morpheus A8 (0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M HEPES/MOPS, pH 7.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350), crystal id: wda5-2 270123a8

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.44 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 22 mg/mL BuxeA.00078.a.B1.PS37823 / Rigaku reagents Morpheus A8 (0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M HEPES/MOPS, pH 7.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350), ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月24日

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→48.536 Å / Num. obs: 59117 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.138 % / B_iso Wilson estimate: 34.02 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 23.88 / Num. measured all: 362861 / Scaling rejects: 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	6.205	0.53	3.79	4328	0.944	0.578	100
2-2.06	6.22	0.405	4.78	4197	0.96	0.442	99.9
2.06-2.12	6.222	0.305	6.29	4114	0.976	0.332	100
2.12-2.18	6.219	0.229	8.12	3995	0.984	0.25	100
2.18-2.25	6.215	0.187	9.75	3884	0.987	0.203	99.9
2.25-2.33	6.209	0.143	12.27	3725	0.992	0.157	99.9
2.33-2.42	6.227	0.121	13.98	3605	0.995	0.132	99.9
2.42-2.52	6.191	0.102	16.45	3495	0.996	0.111	99.9
2.52-2.63	6.214	0.081	20.22	3346	0.997	0.088	99.9
2.63-2.76	6.189	0.066	24.03	3186	0.998	0.072	99.8
2.76-2.91	6.159	0.052	29.23	3061	0.998	0.057	99.9
2.91-3.08	6.162	0.044	34.01	2875	0.999	0.048	99.7
3.08-3.3	6.123	0.036	39.98	2715	0.999	0.04	99.9
3.3-3.56	6.069	0.03	48	2562	0.999	0.033	99.9
3.56-3.9	6.017	0.026	52.34	2348	0.999	0.029	99.7
3.9-4.36	6.006	0.024	56.4	2141	0.999	0.026	99.9
4.36-5.03	5.924	0.023	58.14	1912	0.999	0.025	99.8
5.03-6.17	5.876	0.023	57.23	1633	0.999	0.025	99.9
6.17-8.72	5.7	0.022	57.51	1284	0.999	0.024	99.8
8.72-48.536	5.093	0.021	56.67	711	0.999	0.023	93.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5KOB

5kob

解像度: 1.95→48.536 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1918	1926	3.26 %
R_work	0.1615	-	-
obs	0.1625	59092	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.7 Å² / B_iso mean: 47.11 Å² / B_iso min: 21.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→48.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4934	0	115	348	5397
B_iso mean	-	-	66.48	48.96	-
残基数	-	-	-	-	640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5198
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	7065
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	777
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.498	1927

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9499-1.9987	0.2624	132	0.2055	4034	4166	100
1.9987-2.0527	0.2503	135	0.1902	4045	4180	100
2.0527-2.1131	0.2105	142	0.1793	4008	4150	100
2.1131-2.1813	0.1968	125	0.1692	4048	4173	100
2.1813-2.2593	0.252	130	0.1799	4096	4226	100
2.2593-2.3497	0.24	134	0.173	4025	4159	100
2.3497-2.4567	0.2437	133	0.1821	4038	4171	100
2.4567-2.5862	0.2324	156	0.1778	4050	4206	100
2.5862-2.7482	0.2026	137	0.1824	4086	4223	100
2.7482-2.9604	0.2649	128	0.1775	4042	4170	100
2.9604-3.2582	0.193	153	0.1769	4096	4249	100
3.2582-3.7295	0.1721	135	0.1499	4136	4271	100
3.7295-4.6982	0.1464	145	0.1271	4152	4297	100
4.6982-48.5507	0.1687	141	0.1604	4310	4451	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4392	1.4432	-1.9314	7.9607	-1.8563	5.0045	0.0567	-0.15	0.3018	0.4228	-0.0728	0.6536	-0.5174	-0.537	-0.0673	0.3032	0.0281	0.0177	0.2749	-0.044	0.2835	-22.0917	9.4963	1.2684
2	8.572	5.1989	-6.6981	4.3882	-5.8554	7.9824	0.1294	-0.7364	-0.1799	0.467	-0.3827	0.2107	0.1755	0.3831	0.4031	0.406	-0.0294	0.0583	0.3419	-0.0108	0.2392	-20.1314	-4.5659	13.1852
3	5.3497	-1.151	3.3502	8.549	-5.8299	6.1907	-0.2294	-0.1593	0.5128	0.3053	0.3622	0.518	-0.7757	-2.2197	-0.1856	0.2658	0.0436	0.0724	0.7153	-0.0374	0.3754	-32.5287	2.7362	11.0316
4	1.5779	0.2593	-0.7161	7.5291	0.8177	3.3305	-0.0603	0.0899	-0.1294	-0.4049	-0.1733	0.6288	0.3801	-0.7923	0.206	0.2802	-0.0853	0.0174	0.3766	-0.05	0.2412	-28.8834	-4.3661	3.0933
5	2.5685	-0.5154	0.2352	6.0205	-0.7416	3.4891	0.0643	0.1587	-0.2057	-0.2986	-0.2112	0.1626	0.4653	-0.3826	0.1607	0.2794	-0.0681	0.0228	0.3264	0.0114	0.2151	-26.7058	-4.2159	-12.1789
6	2.2726	0.8711	-0.5352	3.2874	2.2303	3.6025	0.0945	-0.2452	-0.0289	0.7521	-0.0587	0.3632	1.3853	-0.3157	0.1886	0.5349	-0.1415	0.0977	0.3419	0.0052	0.3331	-28.5835	-13.4934	6.1264
7	2.2124	0.2904	-0.3731	2.9503	-1.3204	5.2166	-0.052	-0.0127	-0.2965	0.0159	0.0368	0.3133	0.6651	-0.7811	-0.0152	0.3633	-0.0916	0.0588	0.2744	-0.0044	0.242	-28.161	-9.3323	-2.2941
8	4.6735	-0.6804	4.018	4.7877	-2.8933	4.7297	0.1838	0.3766	-0.0915	-0.0945	0.0234	-0.1768	0.48	1.0574	-0.1031	0.2335	0.0087	-0.0101	0.2555	-0.0017	0.2419	-19.2363	-0.1032	-11.341
9	6.9213	-0.4699	-1.8609	2.3397	1.0853	4.8678	0.0312	0.1393	0.3512	-0.3398	0.1176	0.3748	-0.2852	-0.5292	-0.1745	0.2758	0.0087	-0.038	0.3542	0.0339	0.3177	-29.3355	6.8501	-19.229
10	2.6154	2.9434	-0.2119	8.7843	-2.3068	3.9611	0.0348	-0.2933	-0.2323	0.7199	-0.3053	0.0838	0.5761	-0.5941	0.3219	0.3598	-0.0509	0.0782	0.3244	0.0033	0.3077	-26.3001	-5.6537	-34.2287
11	7.1864	-1.7966	3.1648	7.4759	-4.8023	3.5694	-0.3662	-0.6348	-0.077	0.9776	-0.2408	-0.4851	-0.4021	0.1489	0.8185	0.4281	0.0251	0.019	0.3626	0.0111	0.2189	-12.9839	-3.8457	-21.7005
12	8.2937	0.888	3.4305	5.5902	0.7076	2.6568	0.2875	-0.3084	-0.7374	-0.0404	-0.2533	0.1888	1.6717	-0.4824	-0.0425	0.594	-0.032	0.0399	0.2489	0.0599	0.3635	-19.5405	-16.1889	-24.8436
13	6.5529	-0.5474	1.2286	4.6667	-0.8217	6.9716	0.0317	0.198	-0.4414	-0.16	-0.0441	0.0919	0.8951	-0.0334	0.0155	0.3038	0.0025	0.0489	0.2248	0.0389	0.209	-17.691	-10.6096	-31.3394
14	2.6031	2.0532	1.2949	4.3766	4.1068	4.0218	-1.3916	0.6818	-1.711	0.105	1.105	0.3706	-0.193	-0.5236	-0.0085	0.8481	0.1063	0.1503	0.6714	-0.205	1.0368	-9.7164	-22.8488	-37.5664
15	1.9399	-1.1294	-2.5671	0.8762	1.5018	7.3859	0.2127	-0.3529	0.0599	0.4536	-0.4682	-0.4125	0.2268	1.2787	0.3032	0.2939	0.1488	0.0109	0.46	0.1257	0.3385	-5.5385	-8.4978	-31.1777
16	2.1008	1.0242	3.5497	4.6287	0.7721	6.72	-0.3452	0.8255	-0.2609	-0.5583	0.0507	-0.5212	0.6472	1.5752	0.1137	0.3631	0.1823	0.0838	0.5969	0.1061	0.3107	-5.451	-8.8231	-48.9884
17	2.3647	-0.3492	1.1073	0.724	-1.196	3.1155	-0.0978	-0.0468	-0.3068	0.1164	-0.0734	-0.0606	0.6644	0.5379	0.1118	0.3874	0.1682	0.0347	0.3748	0.0375	0.2717	-10.96	-10.8163	-37.8356
18	2.6677	0.0094	1.1283	1.3296	0.6192	4.8308	-0.0413	0.0699	-0.2442	-0.0255	-0.1012	-0.1533	0.4301	0.7532	0.1326	0.2738	0.0874	0.0507	0.3328	0.0508	0.2334	-10.2589	-8.3083	-40.2329
19	8.6357	0.591	-0.1062	7.2777	-0.5171	2.2613	0.1089	0.3604	-0.7561	-0.0804	-0.0415	0.4567	0.8766	-0.1197	-0.027	0.403	0.0141	-0.0381	0.325	-0.0568	0.3115	-22.7922	-11.7483	-55.0754
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21	4.8565	0.5337	-1.5396	4.2425	-5.5698	7.5144	-0.238	1.1907	0.3627	-1.8677	0.896	1.2077	0.1495	-0.9042	-0.3848	0.8634	-0.1176	-0.059	0.4594	0.0984	0.4192	-18.8288	17.811	-42.8941
22	5.9555	-0.6707	-1.161	6.2627	4.8211	4.5008	0.008	0.2078	0.9252	0.8736	-0.0227	1.1585	-2.5011	-0.1471	-0.0394	1.1288	0.0032	0.0737	0.2859	0.1235	0.6486	-22.4836	28.2092	-33.8738
23	2.8431	1.0505	-2.779	6.6664	-1.9967	5.7821	0.2713	-0.1787	0.4065	0.3483	0.0501	0.1404	-1.1551	-0.062	-0.2677	0.4527	-0.0798	-0.0208	0.3299	0.0362	0.3163	-19.6147	20.9067	-30.5822
24	6.6285	5.2111	6.6299	6.4533	4.4186	7.4679	-0.2688	-1.5868	1.6834	1.7739	-1.173	-0.7721	-2.7873	-0.6006	1.1313	0.9842	-0.2049	-0.075	0.654	-0.0495	0.538	-8.6356	30.1063	-24.6209
25	4.2427	0.5364	1.1484	1.9198	-1.0937	5.375	-0.0312	0.5763	0.2273	-0.5803	-0.1269	-0.0175	-0.2543	0.5419	0.2365	0.4243	-0.1539	0.0229	0.3873	0.0041	0.3308	-8.4467	18.5639	-35.3412
26	4.8918	-3.2096	-6.9413	4.5433	3.9161	2.1592	-0.131	-0.8801	-0.0696	0.0785	0.2516	-0.753	0.4807	1.2376	-0.1928	0.309	0.038	-0.0008	0.7231	0.0948	0.5423	-2.9051	13.1043	-19.0704
27	3.5879	1.1514	-1.8745	1.9117	-2.0936	4.5044	-0.132	0.1877	0.1974	-0.2252	0.1017	-0.1765	-0.4179	0.4092	0.0432	0.3878	-0.1452	-0.003	0.313	0.0042	0.3251	-11.2126	18.6162	-26.8937
28	3.7096	0.4702	-1.2062	3.3558	-1.2879	3.5834	-0.2538	0.1494	0.1828	-0.2433	0.2547	-0.3992	-0.5971	0.7546	-0.025	0.3703	-0.1618	0.0152	0.4087	0.0158	0.2937	-8.0092	19.139	-28.5251
29	3.6372	2.4813	-1.1035	6.7473	2.9508	3.0984	-0.381	-0.4632	-0.4327	0.1485	0.1964	-0.133	0.2752	1.1338	0.0762	0.2226	0.0327	-0.0002	0.4015	0.0816	0.3133	-14.4694	8.0443	-20.0657
30	2.2797	0.0051	0.2987	9.2599	0.1046	3.0009	-0.3268	-0.5219	0.3105	0.7256	-0.1977	0.0266	-1.1074	1.2083	0.5304	0.4415	-0.0754	0.0056	0.4218	0.068	0.4007	-16.9663	14.5599	-7.2256
31	7.5533	-0.3543	4.9639	3.7954	-0.4202	6.3739	0.202	-0.2855	-0.522	-0.3576	-0.2014	0.5162	1.0545	-0.7539	-0.0879	0.3883	-0.0754	-0.0675	0.3292	-0.0731	0.402	-30.6294	-9.4577	-62.7091
32	3.5713	-0.938	4.2614	1.3956	-1.7683	5.6289	0.8161	1.3377	-0.4268	-1.0218	-0.5487	0.5089	0.7641	0.2921	-0.3508	0.6509	0.2269	-0.1836	0.7379	-0.0885	0.445	-32.145	-0.6378	-78.8731
33	6.0708	-0.4477	-0.7082	6.5697	-2.925	8.4139	-0.0122	0.0448	-0.5341	-0.7297	-0.2959	1.7185	0.3984	-2.1537	-0.2906	0.3808	0.0151	-0.2376	0.9572	-0.2164	0.9328	-43.4005	-4.1221	-70.5444
34	3.9367	0.2025	0.1094	6.266	-2.2701	4.2648	0.1361	0.2147	0.2386	-0.0288	-0.1019	0.7222	-0.3429	-0.7604	-0.0352	0.2924	0.12	-0.0738	0.4338	-0.1032	0.3982	-36.3987	3.7203	-67.452
35	3.2463	-1.2048	0.2515	8.3663	-3.2267	8.9229	-0.1214	-0.0949	0.4257	0.4947	-0.3738	-0.1737	-1.1663	-0.3673	0.3789	0.3037	0.0646	-0.0948	0.3247	-0.0448	0.3193	-29.2524	8.3492	-54.2007
36	4.5186	2.0904	2.6168	8.8535	3.3405	6.9795	-0.3922	0.4336	0.4894	-0.8408	0.0598	0.9049	-1.1229	-0.517	0.5161	0.601	0.2434	-0.1466	0.576	0.0189	0.521	-36.2729	12.0432	-72.7341
37	1.8513	-0.0277	0.1653	3.7056	-1.4522	4.337	-0.126	-0.0454	0.2621	0.0584	0.0128	0.2978	-0.8464	-0.6597	0.0805	0.3276	0.1154	-0.0588	0.3195	-0.0329	0.3093	-30.4034	7.8658	-61.5788
38	8.7531	-0.0659	-1.0179	9.3338	-0.355	7.6314	-0.1813	-0.3192	0.192	0.6958	0.1655	0.6208	-0.4503	-0.8221	-0.0109	0.3486	0.0669	0.0183	0.421	-0.0172	0.2966	-30.3316	0.1937	-43.3081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 14 )	A	2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 25 )	A	15 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 41 )	A	26 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 42 through 87 )	A	42 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 88 through 112 )	A	88 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 125 )	A	113 - 125
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 147 )	A	126 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 148 through 157 )	A	148 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 158 through 169 )	A	158 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 14 )	B	2 - 14
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 15 through 25 )	B	15 - 25
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 26 through 41 )	B	26 - 41
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 42 through 61 )	B	42 - 61
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 62 through 77 )	B	62 - 77
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 78 through 87 )	B	78 - 87
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 88 through 97 )	B	88 - 97
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 98 through 125 )	B	98 - 125
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 126 through 157 )	B	126 - 157
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 158 through 169 )	B	158 - 169
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 2 through 14 )	C	2 - 14
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 15 through 25 )	C	15 - 25
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 26 through 41 )	C	26 - 41
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 42 through 61 )	C	42 - 61
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 62 through 77 )	C	62 - 77
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 78 through 87 )	C	78 - 87
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 88 through 97 )	C	88 - 97
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 98 through 125 )	C	98 - 125
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 126 through 147 )	C	126 - 147
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 148 through 157 )	C	148 - 157
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 158 through 170 )	C	158 - 170
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	1 - 14
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 15 through 25 )	D	15 - 25
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 26 through 41 )	D	26 - 41
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 42 through 87 )	D	42 - 87
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 88 through 112 )	D	88 - 112
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 113 through 125 )	D	113 - 125
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 126 through 157 )	D	126 - 157
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 158 through 169 )	D	158 - 169

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)