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- PDB-5vc2: Crystal structure of a serine hydroxymethyltransferase from Helic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vc2
タイトルCrystal structure of a serine hydroxymethyltransferase from Helicobacter pylori
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / NIAID / digestive disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a serine hydroxymethyltransferase from Helicobacter pylori
著者: Edwards, T.E. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7232
ポリマ－93,7232
非ポリマー00
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area29430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.970, 91.020, 161.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase / Serine methylase


分子量: 46861.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: glyA, HPG27_169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z9V7, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: HepyC.00008.a.B1.PS38187 at 21.07 mg/mL against Morpheus screen condition F10: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 ...詳細: HepyC.00008.a.B1.PS38187 at 21.07 mg/mL against Morpheus screen condition F10: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine, 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.813 Å / Num. obs: 67402 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.889 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 17.07
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.954.990.572.6749540.8270.639100
1.95-24.9910.4253.6148700.8970.476100
2-2.065.0070.3224.7847110.9330.361100
2.06-2.124.9740.2486.1745630.9560.279100
2.12-2.194.9560.1947.9544350.9710.21899.8
2.19-2.274.9390.1569.7442950.9830.17499.6
2.27-2.364.9340.12911.6541390.9890.14599.7
2.36-2.454.9180.11113.1540190.9910.12499.3
2.45-2.564.9230.09515.3637780.9930.10698.8
2.56-2.694.8890.07618.5236500.9950.08598.6
2.69-2.834.8630.06421.6234480.9970.07298.2
2.83-34.8350.05325.4132540.9970.0697.6
3-3.214.8040.04828.3330800.9970.05497.9
3.21-3.474.7470.04131.7228590.9980.04697.7
3.47-3.84.730.03535.4126460.9980.03997.5
3.8-4.254.7530.03237.9824140.9990.03698.1
4.25-4.914.7270.02939.0221780.9990.03298.4
4.91-6.014.7840.02838.0118390.9990.03298.5
6.01-8.54.7190.02639.0414580.9990.02998.2
8.5-41.8134.4050.02440.598120.9990.02792.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_2719精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3n0l

3n0l


解像度: 1.9→41.813 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 1956 2.9 %
Rwork0.1645 --
obs0.1655 67395 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.02 Å2 / Biso mean: 37.3795 Å2 / Biso min: 14.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5833 0 0 595 6428
Biso mean---44.04 -
残基数----766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.788128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5693636
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94750.28411530.25246284781100
1.9475-2.00010.28331350.221946794814100
2.0001-2.0590.24891470.204246194766100
2.059-2.12540.26941440.196246624806100
2.1254-2.20140.2321360.184146774813100
2.2014-2.28950.2321550.183346524807100
2.2895-2.39370.22891260.173946864812100
2.3937-2.51990.21481250.17094684480999
2.5199-2.67780.20521270.16714622474999
2.6778-2.88450.1951440.16474630477498
2.8845-3.17470.19981470.16454632477998
3.1747-3.63380.21621340.15654645477998
3.6338-4.57730.16511310.13284727485898
4.5773-41.82290.1581520.15874896504898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.03944.9773-4.4445.3539-6.44318.7439-0.1680.56790.2641-0.2550.64010.43370.0608-0.7793-0.4440.18550.0225-0.03140.36170.00730.267-8.588335.813611.0656
20.10940.1847-0.423.1426-0.95721.61850.0868-0.10190.04690.2258-0.0927-0.233-0.17750.1274-0.03050.17260.0246-0.0290.2208-0.02310.23270.530336.510825.4078
34.0549-1.23310.96984.9025-1.8362.224-0.08580.00060.2797-0.2058-0.0452-0.5749-0.16910.18950.11750.2125-0.0455-0.00680.2124-0.03950.234413.299734.520236.2835
43.85564.5166-1.41235.4435-0.89864.3703-0.26040.56310.1498-0.57020.43730.12990.27390.4917-0.08240.29420.07120.03340.47630.0160.418524.837916.667429.4988
51.6771-0.55740.45312.5831-0.48611.2882-0.0265-0.2079-0.0097-0.00130.0196-0.22680.08110.16290.00920.17120.02230.0010.2361-0.00920.156510.813222.285937.7382
62.63010.33781.30151.39870.69092.94260.17910.2971-0.2560.01710.0384-0.00260.44470.1247-0.22440.21850.0119-0.02390.24020.0060.19-8.518511.701123.8777
76.08463.6879-6.23552.7015-4.46837.69470.37880.21660.66580.42810.08810.3984-0.8864-0.3378-0.39410.36370.07340.01370.2239-0.06520.3186-0.957551.986430.4944
82.08190.6781-0.85420.6597-0.20671.65520.0050.0385-0.12080.0131-0.07920.00790.07960.02460.08350.19120.029-0.01770.2226-0.00420.19447.066641.341310.974
93.6153-1.87640.10222.6543-0.02741.62070.1948-0.0287-0.0239-0.0723-0.12-0.5078-0.04660.4073-0.07160.193-0.0434-0.00750.32790.03820.288832.157244.4415.8363
104.43740.7564-1.49582.0633-0.1762.820.1080.0625-0.23360.073-0.1507-0.0839-0.01260.1010.02990.14940.0128-0.04330.1789-0.01770.156714.363640.52436.0772
112.54150.5711-0.30092.49510.75022.86250.3055-0.35160.56030.1869-0.12010.143-0.51540.4459-0.11970.4017-0.12260.09540.265-0.02380.343117.353566.455916.5968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 25 )A3 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 69 )A26 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 106 )A70 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 107 through 137 )A107 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 285 )A138 - 285
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 286 through 416 )A286 - 416
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 25 )B2 - 25
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 94 )B26 - 94
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 95 through 205 )B95 - 205
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 206 through 274 )B206 - 274
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 275 through 416 )B275 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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