PDB-5vbu: Crystal Structure of Human Cytochrome P450 21A2 Hydroxyprogestero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vbu

タイトル

Crystal Structure of Human Cytochrome P450 21A2 Hydroxyprogesterone Complex

要素

Cytochrome P450 21-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STEROID HYDROXYLATION / MONOOXYGENASES / ADRENAL STEROIDOGENESIS / CONGENITAL ADRENAL HYPERPLASIA / ADDISON'S DISEASE / KINETIC ISOTOPE EFFECTS / Hydroxyprogesterone

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP21A2 causes AH3 / steroid 21-monooxygenase / steroid 21-monooxygenase activity / 17-hydroxyprogesterone 21-hydroxylase activity / progesterone 21-hydroxylase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.31 Å

データ登録者

Pallan, P.S. / Egli, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Functional analysis of human cytochrome P450 21A2 variants involved in congenital adrenal hyperplasia.
著者: Wang, C. / Pallan, P.S. / Zhang, W. / Lei, L. / Yoshimoto, F.K. / Waterman, M.R. / Egli, M. / Guengerich, F.P.

履歴

登録	2017年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2022年3月23日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.5	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vbu.cif.gz	547.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vbu.ent.gz	455.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vbu_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vbu_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5vbu_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	5vbu_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4y8w-3 3qz1-2 5fhd-1 3qz1-3 2ve4-2 6s3h-2 6iq5-2 4y8w-2 2ve4-1 6s3m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 21-hydroxylase

B: Cytochrome P450 21-hydroxylase

C: Cytochrome P450 21-hydroxylase

ヘテロ分子

164 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Cytochrome P450 21-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cytochrome P450 21-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytochrome P450 21-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.431, 88.385, 111.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cytochrome P450 21-hydroxylase / Cytochrome P450 / family 21 / subfamily A / polypeptide 2 / isoform CRA_b / DJ34F7.3 (Cytochrome ...Cytochrome P450 / family 21 / subfamily A / polypeptide 2 / isoform CRA_b / DJ34F7.3 (Cytochrome P450 / subfamily XXIA (Steroid 21-hydroxylase / congenital adrenal hyperplasia) / polypeptide 2 (CYP21 / P450c21B)) / Steroid 21-hydroxylase / cDNA / FLJ95495 / Homo sapiens cytochrome P450 / polypeptide 2(CYP21A2) / mRNA 分子量: 53710.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P450-CYP21B, CYP21A2, CYP21B, hCG_1999926 / プラスミド: PET17B / Cell (発現宿主): BL21-GOLD DE(3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16874
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-3QZ / (9beta)-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione / 17α-ヒドロキシプロゲステロン分子量: 330.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₃ / コメント: ホルモン*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% W/V PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月10日 / 詳細: Diamond (111)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.31→108.83 Å / Num. obs: 19819 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.79
反射シェル	解像度: 3.31→3.42 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 1982 / R_pim(I) all: 0.456 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
MD2	MD2 diffractometer with LS-CAT software extensions	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.31→108.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 71.111 / SU ML: 0.495 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.65 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24106	1549	7.8 %	RANDOM
R_work	0.19056	-	-	-
obs	0.1945	18270	91.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5 Å²	-0 Å²	1.54 Å²
2-	-	-1.98 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.31→108.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10589	0	201	5	10795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	11090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.194	2.008	15157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.526	5	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.767	23.038	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.893	15	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.805	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.022	8366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.805	6.565	5291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.343	9.848	6598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.098	6.821	5799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.421		46648
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.313→3.398 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	115	-
R_work	0.309	1148	-
obs	-	-	78.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2996	-0.4378	0.0183	0.6497	-0.1016	0.0534	0.0731	-0.0606	0.081	0.1288	-0.0367	0.1441	-0.0469	-0.0847	-0.0364	0.2907	-0.0415	0.0061	0.3083	-0.0073	0.0798	-36.8922	-26.5054	26.6798
2	0.0122	0.0008	0.1176	0.001	0.0065	1.1655	0.0008	0.0014	-0.0121	0.0017	0.007	0.011	-0.0033	-0.0014	-0.0078	0.007	0.0099	0.0619	0.0436	0.029	1.3253	-36.9237	-26.5103	29.5725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 485
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	29 - 484
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	29 - 485
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	501 - 502
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 502
6	X-RAY DIFFRACTION	2	C	501 - 502

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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