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- PDB-5vbt: Crystal structure of a highly specific and potent USP7 ubiquitin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vbt
タイトルCrystal structure of a highly specific and potent USP7 ubiquitin variant inhibitor
要素UBH04
キーワードDE NOVO PROTEIN / Ubiquitin / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者DONG, A. / DONG, X. / LIU, L. / GUO, Y. / LI, Y. / ZHANG, W. / WALKER, J.R. / SIDHU, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...DONG, A. / DONG, X. / LIU, L. / GUO, Y. / LI, Y. / ZHANG, W. / WALKER, J.R. / SIDHU, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / TONG, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a highly specific and potent USP7 ubiquitin variant inhibitor
著者: DONG, X. / DONG, A. / LIU, L. / GUO, Y. / LI, Y. / ZHANG, W. / WALKER, J.R. / SIDHU, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / TONG, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBH04
B: UBH04


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7532
ポリマ－17,7532
非ポリマー00
水2,810156
1
A: UBH04


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8761
ポリマ－8,8761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UBH04


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8761
ポリマ－8,8761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.011, 30.830, 51.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UBH04


分子量: 8876.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 22616 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 119284
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.534.50.53511470.7920.2680.6020.51497.4
1.53-1.554.60.4990.8360.250.5610.50197
1.55-1.584.90.4180.8840.2040.4680.51996.9
1.58-1.625.30.3870.8850.1840.4310.54999.9
1.62-1.655.40.380.9190.1760.420.54799.6
1.65-1.695.50.3310.920.1550.3670.54299.8
1.69-1.735.40.2790.9410.1320.310.57599.5
1.73-1.785.30.2340.960.110.260.56199.8
1.78-1.835.10.1970.9740.0940.2190.63298.3
1.83-1.895.10.1620.980.0770.180.66797.5
1.89-1.965.60.140.9860.0650.1550.71699.9
1.96-2.045.60.1160.990.0530.1280.82799.6
2.04-2.135.60.0990.9920.0450.110.91100
2.13-2.245.50.0910.9920.0420.10.97799.6
2.24-2.3850.0870.9930.0420.0971.0697.8
2.38-2.565.70.0780.9940.0350.0861.09699.1
2.56-2.825.70.0740.9940.0330.0811.2499.7
2.82-3.235.40.0640.9950.0290.0711.34499.3
3.23-4.075.10.0580.9950.0270.0641.59497.8
4.07-505.20.0670.9950.0310.0742.33297.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AP4

4ap4


解像度: 1.51→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.455 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1899 1263 5.6 %RANDOM
Rwork0.1598 ---
obs0.1616 21344 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.44 Å2 / Biso mean: 18.028 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å2-0.44 Å2
2--1.33 Å2-0 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1227 0 0 157 1384
Biso mean---28.79 -
残基数----158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9981816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94833034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1875176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89524.81554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.10915255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.986159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02243
LS精密化 シェル解像度: 1.505→1.544 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 90 -
Rwork0.227 1570 -
all-1660 -
obs--96.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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