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- PDB-5vbl: Structure of apelin receptor in complex with agonist peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vbl
タイトルStructure of apelin receptor in complex with agonist peptide
要素
  • Apelin receptor,Rubredoxin,Apelin receptor Chimera
  • agonist peptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human apelin receptor complex / agonist peptide / AMG3054 / GPCR / Rubredoxin / LCP / synchrotron radiation / peptide-GCPR recognition / cardiovascular drug target / specific recognition / binding specificity / designed agonist peptide mimic / ISOPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development / alkane catabolic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development / alkane catabolic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / endocardial cushion formation / negative regulation of cAMP-mediated signaling / coronary vasculature development / adult heart development / vasculature development / aorta development / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / heart looping / vasculogenesis / gastrulation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of angiogenesis / heart development / signaling receptor activity / G alpha (i) signalling events / regulation of gene expression / angiogenesis / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apelin receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : ...Apelin receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Rubredoxin / Apelin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ma, Y. / Yue, Y. / Ma, Y. / Zhang, Q. / Zhou, Q. / Song, Y. / Shen, Y. / Li, X. / Ma, X. / Li, C. ...Ma, Y. / Yue, Y. / Ma, Y. / Zhang, Q. / Zhou, Q. / Song, Y. / Shen, Y. / Li, X. / Ma, X. / Li, C. / Hanson, M.A. / Han, G.W. / Sickmier, E.A. / Swaminath, G. / Zhao, S. / Stevems, R.C. / Hu, L.A. / Zhong, W. / Zhang, M. / Xu, F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Apelin Control of the Human Apelin Receptor
著者: Ma, Y. / Yue, Y. / Ma, Y. / Zhang, Q. / Zhou, Q. / Song, Y. / Shen, Y. / Li, X. / Ma, X. / Li, C. / Hanson, M.A. / Han, G.W. / Sickmier, E.A. / Swaminath, G. / Zhao, S. / Stevens, R.C. / Hu, ...著者: Ma, Y. / Yue, Y. / Ma, Y. / Zhang, Q. / Zhou, Q. / Song, Y. / Shen, Y. / Li, X. / Ma, X. / Li, C. / Hanson, M.A. / Han, G.W. / Sickmier, E.A. / Swaminath, G. / Zhao, S. / Stevens, R.C. / Hu, L.A. / Zhong, W. / Zhang, M. / Xu, F.
履歴
登録2017年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22021年6月30日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: agonist peptide
B: Apelin receptor,Rubredoxin,Apelin receptor Chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2494
ポリマ－48,8272
非ポリマー4222
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.580, 44.300, 79.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド agonist peptide


分子量: 2383.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Apelin receptor,Rubredoxin,Apelin receptor Chimera / Angiotensin receptor-like 1 / G-protein coupled receptor APJ / G-protein coupled receptor HG11 / Rd


分子量: 46443.621 Da / 分子数: 1
Fragment: UNP residues 7-229, UNP residues 1-54, UNP residues 243-330
Mutation: V117A, T177N,W261K, C325L, C326M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: APLNR, AGTRL1, APJ
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35414, UniProt: P00268
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM MES pH 6.1, 26% PEG500 DME, 125mM MgCl2, 100mM NaCl, 500uM AMG3054

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→41.61 Å / Num. obs: 13686 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 54.49 Å2 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EJ4

4ej4


解像度: 2.6→41.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.799 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.721 / SU Rfree Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.317
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 686 5.01 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.24 13686 91.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3238 Å20 Å2-3.7033 Å2
2---10.2815 Å20 Å2
3---13.6053 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→41.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2878 0 71 4 2953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083034HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.874132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d998SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes451HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3034HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion396SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3369SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 124 4.6 %
Rwork0.233 2569 -
all0.233 2693 -
obs--88.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67-1.2314-0.03140-0.03511.3396-0.0044-0.01060.01190.01090-0.0095-0.0057-0.00850.0044-0.015-0.00580.02520.0522-0.0236-0.0119191.2978-8.745363.5302
21.32320.423-0.17861.14960.37982.97830.0005-0.06880.01670.0387-0.0246-0.0814-0.02210.00240.024-0.17350.05660.0050.05040.0019-0.1991189.2486-8.017337.708
30.2141.7297-0.49791.54210.50322.06970.0184-0.0206-0.00750.0212-0.00460.0569-0.0031-0.0211-0.01380.1846-0.04820.02640.0453-0.0658-0.2181184.8994-31.4301-0.6365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|17}
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|19 - B|229 or B|243 - B|330}
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|1001 - B|1054 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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