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万見
- PDB-5vbg: Crystal Structure of full-length LpoA, Monoclinic form 1, from Ha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vbg
タイトルCrystal Structure of full-length LpoA, Monoclinic form 1, from Haemophilus influenzae
要素Penicillin-binding protein activator LpoA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Gram-negative bacteria / Outer membrane lipoprotein / Lipoprotein activator of PBP1A / peptidoglycan
機能・相同性Penicillin-binding protein activator LpoA / LppC putative lipoprotein / periplasmic side of cell outer membrane / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / Periplasmic binding protein-like I / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / regulation of cell shape / Penicillin-binding protein activator LpoA
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sathiyamoorthy, K. / Saper, M.A.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of the Haemophilus influenzae peptidoglycan synthase activator LpoA suggest multiple conformations in solution.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Vijayalakshmi, J. / Tirupati, B. / Fan, L. / Saper, M.A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of YraM, a protein essential for growth of Haemophilus influenzae.
著者: Vijayalakshmi, J. / Akerley, B.J. / Saper, M.A.
履歴
登録2017年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein activator LpoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5973
ポリマ－60,5261
非ポリマー712
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.458, 69.344, 73.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein activator LpoA / PBP activator LpoA


分子量: 60525.926 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: No tags present
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: lpoA, HI_1655 / プラスミド: pETBlue-2 / 詳細 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3)/pLacI / 参照: UniProt: P45299
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Drops were comprised of 1 microliter of concentrated protein (33 mg/ml in 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0), 1 microliter precipitant (8% w/v polyethylene glycol 4000, sodium acetate ...詳細: Drops were comprised of 1 microliter of concentrated protein (33 mg/ml in 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0), 1 microliter precipitant (8% w/v polyethylene glycol 4000, sodium acetate trihydrate, pH 4.6), and 0.2 microliter 30% xylitol. The cryoprotectant was 15% glycerol in the precipitant solution. Crystals frozen in liquid nitrogen.
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 145 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14455 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 50.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.871.80.4010.7170.3360.5261.06740.7
2.87-2.941.90.3290.8860.2610.4220.94957.1
2.94-3.022.20.3510.7810.2620.440.97772.7
3.02-3.12.50.3360.8120.2390.4151.01986.7
3.1-3.2130.2830.8970.1880.3411.01796.8
3.21-3.323.20.2380.9180.1550.2851.02799
3.32-3.453.30.1820.950.1170.2171.09799.8
3.45-3.613.40.1550.9620.0990.1841.299.8
3.61-3.83.40.1260.9690.0810.1511.07799.9
3.8-4.043.40.1070.9750.0690.1281.18299.9
4.04-4.353.30.0910.980.0590.1091.246100
4.35-4.793.40.0790.9890.050.0941.26399.7
4.79-5.483.30.080.9890.0510.0951.259100
5.48-6.93.30.0910.9860.0590.1090.97499.8
6.9-503.20.0720.9920.0470.0871.06299.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20002.39データスケーリング
PHENIXdev-2376精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-20002.39データ削減
PHASER位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KCN

5kcn


解像度: 2.8→35.977 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 1371 5.25 %Random selection
Rwork0.2047 24757 --
obs0.207 26128 84.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.38 Å2 / Biso mean: 56.4417 Å2 / Biso min: 23.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→35.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4221 0 2 24 4247
Biso mean--41.86 42.83 -
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4475884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2842641
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-2.90020.3898580.31781007106535
2.9002-3.01620.358860.30951669175557
3.0162-3.15340.34961480.28432348249681
3.1534-3.31960.34031700.27312729289995
3.3196-3.52740.30691560.24072834299097
3.5274-3.79950.24361460.22082837298397
3.7995-4.18130.25931580.18632865302397
4.1813-4.78520.22651250.1592875300097
4.7852-6.02420.17581790.18412825300497
6.0242-35.98030.18021450.16782768291395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0011-1.33790.75522.1781-0.86280.7932-0.0318-0.0492-0.04670.08320.02950.0891-0.1093-0.0386-00.3509-0.02020.01830.3496-0.0430.3549-7.370916.6234-54.152
21.83550.7682-0.5821.32390.13420.32720.07420.06470.01860.0935-0.0734-0.1675-0.00990.029500.41120.0481-0.06190.3745-0.02240.292812.78215.7254-17.005
33.1029-0.9794-0.04270.9684-0.14910.2611-0.00930.03560.02210.0704-0.1230.0484-0.0585-0.063-00.476-0.02980.03220.4557-0.04810.435-9.817417.9202-13.8201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 245 )A33 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 246 through 376 )A246 - 376
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 377 through 575 )A377 - 575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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