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万見
- PDB-5vba: Structure of EspG1 chaperone from the type VII (ESX-1) secretion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vba
タイトルStructure of EspG1 chaperone from the type VII (ESX-1) secretion system determined with the assistance of N-terminal T4 lysozyme fusion
要素Lysozyme, ESX-1 secretion-associated protein EspG1 chimera
キーワードCHAPERONE / HYDROLASE / ESX-1 / type VII secretion system / Rv3866 / snm5 / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EspG family / EspG family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme ...EspG family / EspG family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Endolysin / ESX-1 secretion-associated protein EspG1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Mycobacterium kansasii ATCC 12478 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI119022 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103486 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110787 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Variability of EspG Chaperones from Mycobacterial ESX-1, ESX-3, and ESX-5 Type VII Secretion Systems.
著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / ...著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / Parret, A.H.A. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2017年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme, ESX-1 secretion-associated protein EspG1 chimera
B: Lysozyme, ESX-1 secretion-associated protein EspG1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,35412
ポリマ－95,9992
非ポリマー35510
水1,00956
1
A: Lysozyme, ESX-1 secretion-associated protein EspG1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1776
ポリマ－48,0001
非ポリマー1775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysozyme, ESX-1 secretion-associated protein EspG1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1776
ポリマ－48,0001
非ポリマー1775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.140, 81.690, 160.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND (RESID 16 THROUGH 46 OR RESID 56 THROUGH 160 OR RESID 165 THROUGH 1162))
211(CHAIN B AND (RESID 16 THROUGH 104 OR RESID 107...

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme, ESX-1 secretion-associated protein EspG1 chimera / EspG1


分子量: 47999.500 Da / 分子数: 2
断片: T4 lysozyme (UNP residues 2-162) + EspG1 (UNP residues 16-271)
変異: lysozyme: C54T, C97A, K162A, EspG1: V16M, C114A, C170A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Mycobacterium kansasii ATCC 12478 (バクテリア)
遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: X7YCN8, UniProt: P00720*PLUS, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Bicine, pH 9.0, 1.0 M lithium chloride, 10% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日 / 詳細: SI(111)
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→59.536 Å / Num. obs: 39581 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.341 % / Biso Wilson estimate: 47.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.07
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.27-2.336.5411.111.7428740.5831.206100
2.33-2.396.5930.8862.328080.6980.962100
2.39-2.466.610.7442.7927570.7660.807100
2.46-2.546.6250.6023.4926630.8430.653100
2.54-2.626.6040.524.0125710.8830.564100
2.62-2.716.1510.4574.9825010.8910.599.7
2.71-2.826.5970.3126.2924330.9520.338100
2.82-2.936.5870.2447.7123370.9680.265100
2.93-3.066.560.1839.9322410.980.199100
3.06-3.216.4830.1412.1421480.9880.153100
3.21-3.386.4170.11714.4420390.990.127100
3.38-3.595.8340.09817.4219350.9890.10899.6
3.59-3.845.810.08219.3418070.9920.09199.3
3.84-4.145.7360.0721.6216910.9940.07798.9
4.14-4.546.0230.0624.3415960.9960.06599.6
4.54-5.086.1080.05425.2914180.9970.05999.6
5.08-5.866.1580.05224.3712940.9970.05799.8
5.86-7.186.1420.04825.0910930.9980.05399.8
7.18-10.155.9430.04227.058700.9980.04699.7
10.15-59.5365.2790.04826.265050.9960.05497.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å59.63 Å
Translation2.3 Å59.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_2722精密化
XSCALENovember 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSNovember 3, 2014データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4GBR & 4L4W

4gbr

4l4w


解像度: 2.27→59.54 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 3530 4.74 %RANDOM SELECTION
Rwork0.214 ---
obs0.216 39576 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→59.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6288 0 10 56 6354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6578699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1743835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051120
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A4645X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4645X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.30110.33071320.32962879X-RAY DIFFRACTION100
2.3011-2.3340.39871530.30952823X-RAY DIFFRACTION100
2.334-2.36880.2961390.30752862X-RAY DIFFRACTION100
2.3688-2.40580.30231410.28932854X-RAY DIFFRACTION100
2.4058-2.44530.3541520.29222841X-RAY DIFFRACTION100
2.4453-2.48740.351330.29022834X-RAY DIFFRACTION100
2.4874-2.53270.33231560.27682915X-RAY DIFFRACTION100
2.5327-2.58140.28191410.27672849X-RAY DIFFRACTION100
2.5814-2.63410.3261270.25652835X-RAY DIFFRACTION100
2.6341-2.69130.35821140.29362819X-RAY DIFFRACTION97
2.6913-2.7540.31461500.25742857X-RAY DIFFRACTION100
2.754-2.82280.31841590.25182838X-RAY DIFFRACTION100
2.8228-2.89910.31061330.25742878X-RAY DIFFRACTION100
2.8991-2.98450.24391460.23572844X-RAY DIFFRACTION100
2.9845-3.08080.32521510.23752844X-RAY DIFFRACTION100
3.0808-3.19090.23321290.232860X-RAY DIFFRACTION100
3.1909-3.31860.2421370.232844X-RAY DIFFRACTION99
3.3186-3.46970.27221260.22562805X-RAY DIFFRACTION97
3.4697-3.65260.25431320.2072797X-RAY DIFFRACTION98
3.6526-3.88140.23191320.2072783X-RAY DIFFRACTION97
3.8814-4.1810.22431580.18892777X-RAY DIFFRACTION98
4.181-4.60160.20531630.1682833X-RAY DIFFRACTION99
4.6016-5.26710.21291310.1652827X-RAY DIFFRACTION99
5.2671-6.63460.2541290.19542846X-RAY DIFFRACTION99
6.6346-59.5560.19651660.17192785X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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