PDB-5vb2: Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vb2

タイトル

Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in a closed conformation

要素

Ion transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / voltage-gated sodium channel

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structures of closed and open states of a voltage-gated sodium channel.
著者: Lenaeus, M.J. / Gamal El-Din, T.M. / Ing, C. / Ramanadane, K. / Pomes, R. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2017年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vb2.cif.gz	632.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vb2.ent.gz	536.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vb2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vb2_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vb2_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	5vb2_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	5vb2_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vb2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vb8C 3rvyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6j8e-d 6juh-d 7dtd-d 6agf-d 5xsy-d 5mwn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (5) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.963, 129.853, 196.128
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 33225.219 Da / 分子数: 4 / 変異: T206F, V213Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5

-
非ポリマー , 5種, 48分子

#2: 化合物	ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS 分子量: 614.877 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₈N₂O₇S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.62 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate, 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC):CHAPSO bicelles

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→29.627 Å / Num. obs: 53226 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 3.2→3.26 Å / R_merge(I) obs: 0.811 / CC_1/2: 0.855

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy

解像度: 3.2→29.63 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	1994	3.75 %
R_work	0.233	-	-
obs	0.235	53218	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8179	0	570	22	8771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8962
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.701	12277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.234	5005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2799	0.3239	137	0.3306	3339	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2799-3.3685	0.2755	134	0.2798	3549	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3685-3.4675	0.2978	140	0.258	3638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4675-3.5792	0.2874	144	0.245	3636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5792-3.7069	0.2426	138	0.2325	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7069-3.855	0.2764	137	0.2161	3636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.855-4.0301	0.2268	140	0.2005	3638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0301-4.242	0.2546	143	0.2089	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.242-4.5069	0.2107	146	0.2005	3662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5069-4.8535	0.2285	142	0.1984	3691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8535-5.3393	0.2618	147	0.2149	3694	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3393-6.106	0.3446	138	0.2866	3712	X-RAY DIFFRACTION	100
6.106-7.6708	0.3121	149	0.2903	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6708-29.6285	0.2603	159	0.2204	3894	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.303	0.2578	0.7113	2.691	-0.4524	0.3248	0.4059	0.0628	-0.1491	-0.4125	-0.052	-0.1573	1.2903	0.8077	0.0001	0.9666	0.379	-0.1307	1.1922	0.0187	1.0069	25.9908	130.9711	24.5537
2	-0.0422	0.1922	-0.8025	1.3195	0.5816	3.1943	0.1881	-0.1987	-0.1689	0.3556	0.13	-0.0149	0.4319	0.4073	0.002	0.5557	-0.0235	0.0251	0.7522	0.0189	0.7912	-2.1995	151.9049	37.2144
3	1.5895	0.6595	0.5007	0.8084	0.6664	0.4825	0.184	0.2438	0.349	0.1907	-0.1496	0.062	-1.2613	1.9704	-0.0027	1.3927	-0.6193	-0.0531	1.5217	-0.133	1.1095	32.7299	184.5122	22.8048
4	1.3163	-0.544	0.0932	0.2971	-1.2617	2.9356	-0.0997	-0.481	0.0787	0.273	0.0587	-0.073	-0.5337	0.5576	-0.0006	0.7213	-0.025	-0.0378	0.7498	-0.0406	0.8019	13.8888	154.3618	34.0068
5	1.5708	-0.5487	-0.918	1.654	0.0173	0.4764	-0.1315	-0.1506	0.1347	-0.0474	0.2099	0.1839	-1.9194	-0.6632	-0.0006	1.6711	0.4919	0.0671	1.0563	-0.1485	1.1056	-19.1636	191.0354	29.2786
6	0.5251	0.1644	1.6432	0.9706	-0.6346	2.9698	0.0721	-0.2519	0.0534	0.455	0.0068	-0.0914	-1.0256	-0.2024	0.0038	0.8713	-0.1454	0.0134	0.8005	-0.072	0.8239	11.4505	170.6595	35.4186
7	2.5585	1.1567	-1.5619	2.7865	-0.7735	1.0326	0.0734	0.3461	-0.1427	-0.0745	0.1573	0.2298	0.5287	-1.2166	0.0001	0.8779	-0.2467	0.074	1.2182	0.1392	1.0718	-27.6244	138.4165	30.9126
8	1.2295	0.1777	-0.0279	0.3571	0.9498	2.2196	0.0853	-0.3881	0.0726	0.1319	0.143	-0.0069	0.0983	-0.407	0.0003	0.7699	0.0674	0.0346	0.5894	-0.0731	0.8496	-4.9712	168.1039	37.0189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1000 THROUGH 1113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 1114 THROUGH 1265 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 2001 THROUGH 2112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 2113 THROUGH 2260 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'C' AND (RESID 1002 THROUGH 1113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'C' AND (RESID 1114 THROUGH 1264 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'D' AND (RESID 1995 THROUGH 2111 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'D' AND (RESID 2112 THROUGH 2262 )

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