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- PDB-5vb0: Crystal structure of fosfomycin resistance protein FosA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vb0
タイトルCrystal structure of fosfomycin resistance protein FosA3
要素Fosfomycin resistance protein FosA3
キーワードTRANSFERASE / FosA / FosA3 / fosfomycin / glutathione transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / FosA3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.689 Å
データ登録者Klontz, E. / Guenther, S. / Silverstein, Z. / Sundberg, E.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Structure and Dynamics of FosA-Mediated Fosfomycin Resistance in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli.
著者: Klontz, E.H. / Tomich, A.D. / Gunther, S. / Lemkul, J.A. / Deredge, D. / Silverstein, Z. / Shaw, J.F. / McElheny, C. / Doi, Y. / Wintrode, P.L. / MacKerell, A.D. / Sluis-Cremer, N. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fosfomycin resistance protein FosA3
B: Fosfomycin resistance protein FosA3
C: Fosfomycin resistance protein FosA3
D: Fosfomycin resistance protein FosA3
E: Fosfomycin resistance protein FosA3
F: Fosfomycin resistance protein FosA3
G: Fosfomycin resistance protein FosA3
H: Fosfomycin resistance protein FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,76122
ポリマ－129,9708
非ポリマー79214
水00
1
A: Fosfomycin resistance protein FosA3
B: Fosfomycin resistance protein FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7206
ポリマ－32,4922
非ポリマー2274
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
2
C: Fosfomycin resistance protein FosA3
D: Fosfomycin resistance protein FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7206
ポリマ－32,4922
非ポリマー2274
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
3
E: Fosfomycin resistance protein FosA3
F: Fosfomycin resistance protein FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6615
ポリマ－32,4922
非ポリマー1693
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
4
G: Fosfomycin resistance protein FosA3
H: Fosfomycin resistance protein FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6615
ポリマ－32,4922
非ポリマー1693
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
5
A: Fosfomycin resistance protein FosA3
B: Fosfomycin resistance protein FosA3
C: Fosfomycin resistance protein FosA3
D: Fosfomycin resistance protein FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,43912
ポリマ－64,9854
非ポリマー4558
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14420 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
6
E: Fosfomycin resistance protein FosA3
F: Fosfomycin resistance protein FosA3
G: Fosfomycin resistance protein FosA3
H: Fosfomycin resistance protein FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,32210
ポリマ－64,9854
非ポリマー3376
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.608, 87.608, 357.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...
21(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...
31(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...
41(chain E and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...
51(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...
61(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...
71(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALA(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA1 - 201 - 20
12PHEPHEPHEPHE(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA2121
13METMETHISHIS(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA1 - 1431 - 143
14METMETHISHIS(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA1 - 1431 - 143
15METMETHISHIS(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA1 - 1431 - 143
16METMETHISHIS(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA1 - 1431 - 143
17METMETHISHIS(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA1 - 1431 - 143
18METMETHISHIS(chain A and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...AA1 - 1431 - 143
21METMETALAALA(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB1 - 201 - 20
22PHEPHEPHEPHE(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB2121
23METMETASPASP(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB1 - 1381 - 138
24METMETASPASP(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB1 - 1381 - 138
25METMETASPASP(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB1 - 1381 - 138
26METMETASPASP(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB1 - 1381 - 138
27METMETASPASP(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB1 - 1381 - 138
28METMETASPASP(chain B and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...BB1 - 1381 - 138
31METMETALAALA(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC1 - 201 - 20
32PHEPHEPHEPHE(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC2121
33METMETHISHIS(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC1 - 1431 - 143
34METMETHISHIS(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC1 - 1431 - 143
35METMETHISHIS(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC1 - 1431 - 143
36METMETHISHIS(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC1 - 1431 - 143
37METMETHISHIS(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC1 - 1431 - 143
38METMETHISHIS(chain C and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...CC1 - 1431 - 143
41METMETALAALA(chain E and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...EE1 - 201 - 20
42PHEPHEPHEPHE(chain E and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...EE2121
43METMETASPASP(chain E and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...EE1 - 1381 - 138
44METMETASPASP(chain E and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...EE1 - 1381 - 138
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47METMETASPASP(chain E and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...EE1 - 1381 - 138
48METMETASPASP(chain E and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...EE1 - 1381 - 138
51METMETALAALA(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 201 - 20
52PHEPHEPHEPHE(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF2121
53METMETHISHIS(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1431 - 143
54METMETHISHIS(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1431 - 143
55METMETHISHIS(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1431 - 143
56METMETHISHIS(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1431 - 143
57METMETHISHIS(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1431 - 143
58METMETHISHIS(chain F and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...FF1 - 1431 - 143
61METMETALAALA(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG1 - 201 - 20
62PHEPHEPHEPHE(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG2121
63METMETPHEPHE(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG1 - 1371 - 137
64METMETPHEPHE(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG1 - 1371 - 137
65METMETPHEPHE(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG1 - 1371 - 137
66METMETPHEPHE(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG1 - 1371 - 137
67METMETPHEPHE(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG1 - 1371 - 137
68METMETPHEPHE(chain G and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...GG1 - 1371 - 137
71METMETALAALA(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH1 - 201 - 20
72PHEPHEPHEPHE(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH2121
73METMETHISHIS(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH1 - 1431 - 143
74METMETHISHIS(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH1 - 1431 - 143
75METMETHISHIS(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH1 - 1431 - 143
76METMETHISHIS(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH1 - 1431 - 143
77METMETHISHIS(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH1 - 1431 - 143
78METMETHISHIS(chain H and (resseq 1:20 or (resid 21 and (name...HH1 - 1431 - 143

-
要素

#1: タンパク質
Fosfomycin resistance protein FosA3 / Fosfomycin resistance protein / Fosfomycin resistance protein FosA / Fosfomycin resistance protein ...Fosfomycin resistance protein / Fosfomycin resistance protein FosA / Fosfomycin resistance protein FosA3 / FosA3 / Glutathione transferase / Glutathione transferase FosA


分子量: 16246.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: fosA3, BJJ90_27535, BJJ90_28665, BK248_24890, BK251_28530, BK259_26930, BK292_28610, BK334_27385, BK337_26185, BK373_27910, BK375_28485, BK383_28445, BK400_25020, pCTXM123_C0996_13, pEC012_ ...遺伝子: fosA3, BJJ90_27535, BJJ90_28665, BK248_24890, BK251_28530, BK259_26930, BK292_28610, BK334_27385, BK337_26185, BK373_27910, BK375_28485, BK383_28445, BK400_25020, pCTXM123_C0996_13, pEC012_00045, pHN7A8_014, pHNFP460_053
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7UQM0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ni

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.95
詳細: FosA3, protein was concentrated to 9mg/ml and combined with 6mM fosfomycin and 6mM MnCl2. The solution was centrifuged (13500 rpm for 5 minutes) and 250nL of the supernatant was combined with ...詳細: FosA3, protein was concentrated to 9mg/ml and combined with 6mM fosfomycin and 6mM MnCl2. The solution was centrifuged (13500 rpm for 5 minutes) and 250nL of the supernatant was combined with 250nL of mother liquor (7% ethylene glycol, 7% PEG6000, 0.1M HEPES pH 6.95) in sitting drops

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68856→29.7532 Å / Num. obs: 39913 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.69-2.89.70.6470.9580.2180.68399.7
9.69-29.757.80.030.9990.0110.03296.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V3D

5v3d


解像度: 2.689→29.753 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 -4.79 %
Rwork0.205 --
obs0.2071 39869 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.23 Å2 / Biso mean: 65.6076 Å2 / Biso min: 32.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.689→29.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8586 0 14 0 8600
Biso mean--70.37 --
残基数----1091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97311972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3845104
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3693X-RAY DIFFRACTION7.918TORSIONAL
12B3693X-RAY DIFFRACTION7.918TORSIONAL
13C3693X-RAY DIFFRACTION7.918TORSIONAL
14E3693X-RAY DIFFRACTION7.918TORSIONAL
15F3693X-RAY DIFFRACTION7.918TORSIONAL
16G3693X-RAY DIFFRACTION7.918TORSIONAL
17H3693X-RAY DIFFRACTION7.918TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6886-2.72540.35931340.31282783291798
2.7254-2.76430.361510.286927762927100
2.7643-2.80550.33011480.289228603008100
2.8055-2.84930.36211220.288727742896100
2.8493-2.8960.30651400.279928102950100
2.896-2.94590.36591480.271528112959100
2.9459-2.99940.29941580.245827542912100
2.9994-3.0570.31671610.24828012962100
3.057-3.11940.3641410.251928252966100
3.1194-3.18710.30911550.239927462901100
3.1871-3.26120.29471410.246428803021100
3.2612-3.34260.35891260.252428162942100
3.3426-3.43290.26371460.242827722918100
3.4329-3.53370.26851040.229128632967100
3.5337-3.64760.27461480.229228312979100
3.6476-3.77770.28381300.20427802910100
3.7777-3.92860.23281180.206828172935100
3.9286-4.1070.23021360.183928332969100
4.107-4.32290.20811100.172928272937100
4.3229-4.59290.21551500.159228232973100
4.5929-4.9460.16011320.161128082940100
4.946-5.4410.2151630.172128022965100
5.441-6.2220.22451740.193827712945100
6.222-7.81550.25731340.198628202954100
7.8155-29.7550.17931620.161627792941100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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