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- PDB-5van: Crystal Structure of Beta-Klotho -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5van
タイトルCrystal Structure of Beta-Klotho
要素
  • Beta-klotho
  • Nb914
キーワードSIGNALING PROTEIN / (beta/alpha)8 Receptor for Endocrine FGF
機能・相同性
機能・相同性情報


betaKlotho-mediated ligand binding / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor binding / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / SHC-mediated cascade:FGFR4 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / FRS-mediated FGFR4 signaling ...betaKlotho-mediated ligand binding / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor binding / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / SHC-mediated cascade:FGFR4 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / FRS-mediated FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / carbohydrate metabolic process / positive regulation of cell population proliferation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-D-mannopyranose / Beta-klotho
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Lee, S. / Schlessinger, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structures of beta-klotho reveal a 'zip code'-like mechanism for endocrine FGF signalling.
著者: Lee, S. / Choi, J. / Mohanty, J. / Sousa, L.P. / Tome, F. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Lemmon, M.A. / Lax, I. / Schlessinger, J.
履歴
登録2017年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月24日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-klotho
B: Nb914
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,43611
ポリマ－124,4322
非ポリマー2,0049
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area38220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.683, 144.069, 215.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-klotho / BetaKlotho / Klotho beta-like protein


分子量: 109594.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues30-983 / 変異: N308Q, N611Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLB / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86Z14
#2: 抗体 Nb914


分子量: 14837.451 Da / 分子数: 1 / 断片: Nanobody / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6

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糖 , 4種, 8分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 113分子

#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 14% PEG 4000, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.202→47.488 Å / Num. obs: 77797 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1093 / Net I/σ(I): 20.13
反射 シェル解像度: 2.202→2.281 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8798 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique obs: 7442 / CC1/2: 0.763 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.202→47.488 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 3890 5 %
Rwork0.1862 --
obs0.1874 77784 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.41 Å2 / Biso mean: 43.3013 Å2 / Biso min: 22.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.202→47.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7731 0 125 112 7968
Biso mean--65.37 39.59 -
残基数----983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94311001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0724665
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2017-2.22850.26521280.25112364249291
2.2285-2.25670.26731350.252225902725100
2.2567-2.28640.26571330.239526082741100
2.2864-2.31780.23481300.233226442774100
2.3178-2.35090.27611230.236126072730100
2.3509-2.3860.24471450.233125822727100
2.386-2.42320.27651330.229726642797100
2.4232-2.4630.2471360.219925792715100
2.463-2.50540.27351350.214426152750100
2.5054-2.5510.27551400.218126412781100
2.551-2.60010.30281400.214825962736100
2.6001-2.65310.25031500.209326022752100
2.6531-2.71080.2291460.211726732819100
2.7108-2.77390.24151340.221225902724100
2.7739-2.84320.2561240.211626562780100
2.8432-2.92010.27461470.214926062753100
2.9201-3.0060.25351350.212626402775100
3.006-3.1030.22291490.208426482797100
3.103-3.21390.20991470.202826412788100
3.2139-3.34250.24491390.197626382777100
3.3425-3.49460.21091320.186726682800100
3.4946-3.67880.18071580.177626192777100
3.6788-3.90920.19091430.159326712814100
3.9092-4.21080.1951400.151326772817100
4.2108-4.63430.16641340.139927032837100
4.6343-5.30410.18591480.147627242872100
5.3041-6.67960.16041360.185427472883100
6.6796-47.49860.1751500.180129013051100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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