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- PDB-5va0: Glucocorticoid Receptor DNA Binding Domain in complex with AP-1 r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5va0
タイトルGlucocorticoid Receptor DNA Binding Domain in complex with AP-1 response element from VCAM-1 Promoter
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
  • Glucocorticoid receptor
キーワードtranscription/dna / Nuclear Receptor / Transcription Factor / DNA Binding / Development / Protein-DNA complex / transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / motor behavior / estrogen response element binding / cellular response to dexamethasone stimulus / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / core promoter sequence-specific DNA binding / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / promoter-specific chromatin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.295 Å
データ登録者Weikum, E.R. / Ortlund, E.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Tethering not required: the glucocorticoid receptor binds directly to activator protein-1 recognition motifs to repress inflammatory genes.
著者: Weikum, E.R. / de Vera, I.M.S. / Nwachukwu, J.C. / Hudson, W.H. / Nettles, K.W. / Kojetin, D.J. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2017年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
C: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3')
B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1548
ポリマ－25,8924
非ポリマー2624
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, In addition, NMR titration experiments.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.442, 96.280, 105.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 8047.488 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 84-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 4883.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 4914.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M Na Cacodylate (pH 7), 5 mM MgCl2, 1 mM Spermine, and 2 % t-Butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 18797 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 41.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.398 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 130117
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.28-2.366.70.80717230.7170.3380.8770.80190.1
2.36-2.467.30.53718840.9340.2140.5790.844100
2.46-2.577.30.42419080.9520.1680.4570.949100
2.57-2.77.30.37619090.9570.150.4051.359100
2.7-2.877.30.24719230.9820.0980.2661.255100
2.87-3.097.30.17819230.9870.070.1921.391100
3.09-3.417.20.09119310.9990.0370.0991.74100
3.41-3.95.30.12617670.9920.0590.142.02889.8
3.9-4.916.90.07917270.9950.0320.0851.93987.3
4.91-506.60.13221020.9830.0560.1441.88599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX1.9_1692位相決定
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HN5

4hn5


解像度: 2.295→34.483 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 1231 7.02 %
Rwork0.1974 16302 -
obs0.1999 17533 94.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.18 Å2 / Biso mean: 42.9987 Å2 / Biso min: 22.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.295→34.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 650 4 42 1788
Biso mean--32.56 39.1 -
残基数----174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9722595
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.335993
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2946-2.38650.31091380.25821841197998
2.3865-2.4950.26071430.244318962039100
2.495-2.62650.32621430.239319002043100
2.6265-2.7910.25421430.225218842027100
2.791-3.00640.26861430.238319022045100
3.0064-3.30870.2421440.21431906205099
3.3087-3.7870.3033920.23441197128963
3.787-4.76920.17741290.16141715184488
4.7692-34.48650.18261560.154920612217100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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