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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v9p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pyrrolidine amide inhibitor [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone (compound 35) in complex with KDM5A | ||||||
要素 | (Lysine-specific demethylase ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / epigenetics / histone demethylase / cancer / inhibitor / selective / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones ...facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Kiefer, J.R. / Liang, J. / Vinogradova, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017 タイトル: From a novel HTS hit to potent, selective, and orally bioavailable KDM5 inhibitors. 著者: Liang, J. / Labadie, S. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Patel, S. / Vinogradova, M. / Kiefer, J.R. / Mauer, T. / Gehling, V.S. / Harmange, J.C. / Cummings, R. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. / ...著者: Liang, J. / Labadie, S. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Patel, S. / Vinogradova, M. / Kiefer, J.R. / Mauer, T. / Gehling, V.S. / Harmange, J.C. / Cummings, R. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. / Liu, Y. / Gustafson, A. / Van der Porten, E. / Mao, W. / Liederer, B.M. / Deshmukh, G. / An, L. / Ran, Y. / Classon, M. / Trojer, P. / Dragovich, P.S. / Murray, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v9p.cif.gz | 348.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v9p.ent.gz | 286.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/5v9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/5v9p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Lysine-specific demethylase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 90703.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2 / プラスミド: pACGP67 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / Fragment: Internal region with unknown reference frame / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2 / プラスミド: pACGP67 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 |
-非ポリマー , 5種, 17分子
#3: 化合物 | ChemComp-NI / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-90S / [( | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 詳細: 200 uM inhibitor, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 12% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→35 Å / Num. obs: 26796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 51.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5CEH 解像度: 3→34.163 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.13
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 221.02 Å2 / Biso mean: 61.5634 Å2 / Biso min: 10.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→34.163 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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