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- PDB-5v8s: Flavo di-iron protein H90D mutant from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v8s
タイトルFlavo di-iron protein H90D mutant from Thermotoga maritima
要素Flavoprotein
キーワードELECTRON TRANSPORT / TM0755 / FLAVOPROTEIN / DI-IRON PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin ...Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MU-OXO-DIIRON / Flavodoxin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Becker, A. / Giri, N. / Hart, P.J. / Kurtz Jr., D.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Flavo Di-iron protein H90D Mutant from Thermotoga Maritima
著者: Kurtz Jr., D.M.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年12月25日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavoprotein
B: Flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,26011
ポリマ－93,5432
非ポリマー7169
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area30080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.616, 91.857, 85.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Flavoprotein


分子量: 46771.680 Da / 分子数: 2 / 変異: H90D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0755, Tmari_0756 / プラスミド: pMH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZL4

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非ポリマー , 5種, 524分子

#2: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, 45% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→84.98 Å / Num. obs: 158720 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.41→1.49 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 23232 / Rpim(I) all: 0.345 / Rsym value: 0.659 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DIL

4dil


解像度: 1.41→84.98 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 21.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 3788 1.25 %
Rwork0.151 --
obs0.1513 158607 94.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→84.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 33 516 6947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0169028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6162492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071139
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.42790.31541430.256311405X-RAY DIFFRACTION98
1.4279-1.44660.32731400.251211265X-RAY DIFFRACTION96
1.4466-1.46650.29941420.24311150X-RAY DIFFRACTION96
1.4665-1.48740.23171390.242411118X-RAY DIFFRACTION95
1.4874-1.50960.26581400.219411260X-RAY DIFFRACTION96
1.5096-1.53320.25761400.218310762X-RAY DIFFRACTION93
1.5332-1.55830.22751400.191311128X-RAY DIFFRACTION95
1.5583-1.58520.22011380.184911044X-RAY DIFFRACTION95
1.5852-1.6140.16131480.162811356X-RAY DIFFRACTION97
1.614-1.64510.20091460.155511454X-RAY DIFFRACTION98
1.6451-1.67870.22711450.153111384X-RAY DIFFRACTION98
1.6787-1.71520.17371470.152311444X-RAY DIFFRACTION98
1.7152-1.75510.18911470.145911267X-RAY DIFFRACTION97
1.7551-1.7990.19641450.142711254X-RAY DIFFRACTION97
1.799-1.84760.19831480.139711315X-RAY DIFFRACTION97
1.8476-1.9020.19021370.146911027X-RAY DIFFRACTION95
1.902-1.96340.20371260.158210355X-RAY DIFFRACTION89
1.9634-2.03360.15571410.14411139X-RAY DIFFRACTION95
2.0336-2.1150.14761400.140910789X-RAY DIFFRACTION93
2.115-2.21130.15311460.138311180X-RAY DIFFRACTION96
2.2113-2.32780.18461330.138610516X-RAY DIFFRACTION90
2.3278-2.47370.19221340.145810837X-RAY DIFFRACTION93
2.4737-2.66470.1921340.155210641X-RAY DIFFRACTION91
2.6647-2.93290.20841320.158110455X-RAY DIFFRACTION90
2.9329-3.35730.18161380.148810976X-RAY DIFFRACTION94
3.3573-4.22980.16061410.133510940X-RAY DIFFRACTION94
4.2298-85.13420.13341380.141310968X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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